中根 大介
| 基盤理工学専攻 | 准教授 |
| Ⅲ類（理工系） | 准教授 |
- プロフィール:
2010年大阪市立大学博士課程修了。学振特別研究員、学習院大学 助教を経て、現職。主な研究テーマは、細菌が動く仕組みとその意味。
研究者情報
経歴
学歴
委員歴
- 2024年04月 - 2026年03月
シンポジウム企画調整委員会, 細菌学会, 学協会 - 2024年04月 - 2026年03月
評議員（学術集会員）, 細菌学会関東支部会, 学協会 - 2023年04月 - 2025年03月
分野別専門委員（細胞運動）, 生物物理学会, 学協会 - 2023年04月 - 2025年03月
理事, 生物物理学会, 学協会 - 2021年07月 - 2023年07月
Local Organizing Committees, International Organization for Mycoplasmology, 学協会 - 2021年01月 - 2021年12月
分野別専門委員（細胞運動）, 生物物理学会, 学協会 - 2013年08月 - 2015年08月
ワーキンググループ, 細菌学若手コロッセウム, 学協会 - 2014年02月 - 2015年01月
世話人, 生体運動合同班会議, 学協会 - 2010年02月 - 2011年01月
世話人, 生体運動合同班会議, 学協会
研究活動情報
受賞
- 受賞日 2024年02月
第14回 マイクロ・ナノ工学シンポジウム
細菌のべん毛巻き付き運動解析のためのマイクロ流体デバイス
優秀講演論文表彰, 島田 佳季;吉岡 青葉;中根 大介;菅 哲朗
国内学会・会議・シンポジウム等の賞 - 受賞日 2023年11月
日本微生物生態学会第36回大会
Symbiotic bacteria break through the host's narrow passage by flagellar wrapping
Young Scientist Multidisciplinary Award, 吉岡青葉 - 受賞日 2023年11月
日本微生物生態学会第36回大会
Water flow navigates the long journey of surface-associated bacteria living in hot springs
Rising to the Challenge Award, 上村直輝 - 受賞日 2023年11月
第61回日本生物物理学会年会
Symbiotic bacteria break through narrow passage by flagellar wrapping
学生発表賞, 吉岡青葉 - 受賞日 2023年08月
American Society for Microbiology
自然環境中の流れがナビゲートするⅣ型線毛細菌の長旅
ASM Best Poster Award, 上村直輝 - 受賞日 2023年06月
Gordon Research Conference (Animal-Microbe Symbioses)
Symbiotic bacteria break through the host's narrow gate by flagellar wrapping
Poster Award, 吉岡 青葉
国際学会・会議・シンポジウム等の賞 - 受賞日 2021年04月
文部科学省
バクテリア生体運動の高精度分子イメージングの研究
科学技術分野の文部科学大臣表彰 若手研究者賞 - 受賞日 2017年
シアノバクテリアは光の向きを認識してIV型線毛を非対称に分布する
日本生物物理学会 若手奨励賞 - 受賞日 2015年
細菌の滑走運動メカニズムに関する研究
日本細菌学会 黒屋奨学賞 - 受賞日 2011年
マイコプラズマ滑走運動の“あし”の動きと、ささえる構造
井上科学技術振興財団 研究奨励賞 - 受賞日 2010年07月
国際マイコプラズマ学会
ルイスディーンズ賞(最優秀ポスター賞), 中根 大介 - 受賞日 2010年06月
日本マイコプラズマ学会
ベストプレゼンティション賞, 中根 大介 - 受賞日 2010年
国際マイコプラズマ学会 Louis Dienes Award
国際学会・会議・シンポジウム等の賞 - 受賞日 2009年
Mycoplasma mobile はシアル酸をつかんで 80 nm ずつ前進する
日本マイコプラズマ学会 ベストプレゼンティション賞
国内学会・会議・シンポジウム等の賞 - 受賞日 2007年11月
大阪市立大学
学友会成績優秀賞受賞, 中根 大介
論文
- Cell surface architecture of the cultivated DPANN archaeon Nanobdella aerobiophila
Shingo Kato; Yuhei O. Tahara; Yuki Nishimura; Katsuyuki Uematsu; Takahiro Arai; Daisuke Nakane; Ayaka Ihara; Takayuki Nishizaka; Wataru Iwasaki; Takashi Itoh; Makoto Miyata; Moriya Ohkuma
Journal of Bacteriology, 出版日 2024年02月22日
研究論文（学術雑誌） - Internal structure ofMycoplasma mobilegliding machinery analyzed by negative staining electron tomography
Minoru Fukushima; Takuma Toyonaga; Yuhei O. Tahara; Daisuke Nakane; Makoto Miyata
出版日 2024年02月09日 - Evolution of a large periplasmic disk inCampylobacterotaflagella facilitated efficient motility alongside autoagglutination
Eli J. Cohen; Tina Drobnič; Deborah A. Ribardo; Aoba Yoshioka; Trishant Umrekar; Xuefei Guo; Jose-Jesus Fernandez; Emma Brock; Laurence Wilson; Daisuke Nakane; David R. Hendrixson; Morgan Beeby
出版日 2023年09月08日 - Rheotaxis in Mycoplasma gliding.
Daisuke Nakane
Microbiology and immunology, 67巻, 9号, 掲載ページ 389-395, 出版日 2023年09月, 国際誌, This review describes the upstream-directed movement in the small parasitic bacterium Mycoplasma. Many Mycoplasma species exhibit gliding motility, a form of biological motion over surfaces without the aid of general surface appendages such as flagella. The gliding motility is characterized by a constant unidirectional movement without changes in direction or backward motion. Unlike flagellated bacteria, Mycoplasma lacks the general chemotactic signaling system to control their moving direction. Therefore, the physiological role of directionless travel in Mycoplasma gliding remains unclear. Recently, high-precision measurements under an optical microscope have revealed that three species of Mycoplasma exhibited rheotaxis, that is, the direction of gliding motility is lead upstream by the water flow. This intriguing response appears to be optimized for the flow patterns encountered at host surfaces. This review provides a comprehensive overview of the morphology, behavior, and habitat of Mycoplasma gliding, and discusses the possibility that the rheotaxis is ubiquitous among them.
研究論文（学術雑誌）, 英語 - Live Cell Imaging of the Twitching Motility of Cyanobacteria by High-Resolution Microscopy.
Daisuke Nakane
筆頭著者, Methods in Molecular Biology, 2646巻, 掲載ページ 255-263, 出版日 2023年03月, 査読付, 国際誌, Many cyanobacteria show directional movement either toward or away from light sources. The cell movement, also known as twitching motility, is usually driven by type IV pili (T4P), a bacterial molecular machine. The machine generates a propulsion force through repeated cycles of extension and retraction of pilus filaments. Here, I describe a phototaxis assay for observing Synechocystis sp. PCC6803 and Thermosynechococcus vulcanus at the single-cell level with optical microscopy. By adding fluorescent beads, I also describe a method how to visualize the asymmetric activation of T4P during phototaxis.
研究論文（学術雑誌）, 英語 - Isolation and Visualization of Gliding Motility Machinery in Bacteroidota
Satoshi Shibata; Daisuke Nakane
Methods in Molecular Biology, Springer US, 掲載ページ 267-276, 出版日 2023年02月27日, 査読付, 招待
論文集(書籍)内論文 - Live Cell Imaging of Gliding Motility of Flavobacterium johnsoniae Under High-Resolution Microscopy
Daisuke Nakane; Satoshi Shibata
筆頭著者, Methods in Molecular Biology, Springer US, 掲載ページ 277-286, 出版日 2023年02月27日, 査読付, 招待
論文集(書籍)内論文 - Filamentous structures in the cell envelope are associated with bacteroidetes gliding machinery
Satoshi Shibata; Yuhei O. Tahara; Eisaku Katayama; Akihiro Kawamoto; Takayuki Kato; Yongtao Zhu; Daisuke Nakane; Keiichi Namba; Makoto Miyata; Mark J. McBride; Koji Nakayama
Communications Biology, Springer Science and Business Media LLC, 6巻, 1号, 出版日 2023年01月23日, 査読付, Abstract
Many bacteria belonging to the phylum Bacteroidetes move on solid surfaces, called gliding motility. In our previous study with the Bacteroidetes gliding bacterium Flavobacterium johnsoniae, we proposed a helical loop track model, where adhesive SprB filaments are propelled along a helical loop on the cell surface. In this study, we observed the gliding cell rotating counterclockwise about its axis when viewed from the rear to the advancing direction of the cell and revealed that one labeled SprB focus sometimes overtook and passed another SprB focus that was moving in the same direction. Several electron microscopic analyses revealed the presence of a possible multi-rail structure underneath the outer membrane, which was associated with SprB filaments and contained GldJ protein. These results provide insights into the mechanism of Bacteroidetes gliding motility, in which the SprB filaments are propelled along tracks that may form a multi-rail system underneath the outer membrane. The insights may give clues as to how the SprB filaments get their driving force.
研究論文（学術雑誌） - Swimming Motility Assays of Spiroplasma.
Daisuke Nakane
筆頭著者, Methods in Molecular Biology, 2646巻, 掲載ページ 373-381, 出版日 2023年, 査読付, 招待, 国際誌, Spiroplasma swim in liquids without the use of the bacterial flagella. This small helical bacterium propels itself by generating kinks that travel down the cell body. The kink translation is unidirectional, from the leading pole to the lagging pole, during cell swimming in viscous environments. This protocol describes a swimming motility assay of Spiroplasma eriocheiris for visualizing kink translations of the absolute handedness of the body helix with optical microscopy.
研究論文（学術雑誌）, 英語 - Interference of flagellar rotation up-regulates the expression of small RNA contributing to Bordetella pertussis infection.
Yukihiro Hiramatsu; Takashi Nishida; Dendi Krisna Nugraha; Mayuko Osada-Oka; Daisuke Nakane; Katsumi Imada; Yasuhiko Horiguchi
Science advances, 8巻, 51号, 掲載ページ eade8971, 出版日 2022年12月21日, 査読付, 国際誌, Bacterial small RNAs (sRNAs) posttranscriptionally regulate gene expressions involved in various biological processes, including pathogenicity. Our previous study identified sRNAs, the expression of which was up-regulated in Bordetella pertussis, the causative agent of whooping cough, upon tracheal colonization of the bacteria; however, their roles in bacterial infection remain unknown. Here, we found that one sRNA, Bpr4, contributes to B. pertussis infection by posttranscriptionally up-regulating filamentous hemagglutinin (FHA), a major adhesin of the bacteria. Bpr4 bound to the 5' untranslated region of fhaB mRNA encoding FHA and inhibited its degradation mediated by RNaseE. Our results demonstrated that Bpr4 up-regulation was triggered by the interference of flagellar rotation, which caused the disengagement of MotA, a flagellar stator. Subsequently, MotA activated a diguanylate cyclase to generate cyclic di-GMP, which plays a role in Bpr4 up-regulation through the RisK/RisA two-component system. Our findings indicate that a flagellum-triggered sensory system contributes to B. pertussis infection.
研究論文（学術雑誌）, 英語 - Self-Assembled Micro-Sized Hexagons Built from Short DNA in a Crowded Environment.
Tetsunao Makino; Daisuke Nakane; Makiko Tanaka
Chembiochem : a European journal of chemical biology, 23巻, 22号, 掲載ページ e202200360, 出版日 2022年11月18日, 査読付, 国際誌, DNA programmable structures of various morphologies have attracted extensive attention due to their potential for materials science and biomedical applications. Here, we report the formation of micro-sized hexagons via assembly of only one pair of short double-stranded DNA in buffer-salt poly(ethylene glycol) solution. Each DNA strand had complementary bases with a two-base overhang. The procedure of heating and subsequent cooling of blunt-ended double-stranded DNA resulted in different assemblies. These results indicated that end-to-end adhesion at the terminals induced by complementary overhangs were required to construct the hexagonal DNA assemblies. The stable formation of the hexagons was highly dependent on heating temperature. In addition, concentration adjustments of DNA and poly(ethylene glycol) were essential. Circular dichroism spectral measurements and polarization microscopy observations indicated parallel alignment of double-stranded DNA in the hexagonal platelet. Self-assembled micro-sized hexagons composed of simple building blocks may have great potential for future biomedical device development.
研究論文（学術雑誌）, 英語 - Cell shape controls rheotaxis in small parasitic bacteria
Nakane, D.; Kabata, Y.; Nishizaka, T.
筆頭著者, PLoS Pathogens, 18巻, 7号, 出版日 2022年07月14日, 査読付
研究論文（学術雑誌） - A Multi-Rail Structure in the Cell Envelope for the Bacteroidetes Gliding Machinery
Satoshi Shibata; Yuhei O. Tahara; Eisaku Katayama; Akihiro Kawamoto; Takayuki Kato; Yongtao Zhu; Daisuke Nakane; Keiichi Namba; Makoto Miyata; Mark J. McBride; Koji Nakayama
Research Square, Research Square Platform LLC, 出版日 2022年06月30日, Abstract
Many bacteria belonging to the phylum Bacteroidetes move on solid surfaces, which is called gliding motility. In our previous study with the Bacteroidetes gliding bacterium Flavobacterium johnsoniae, we proposed a helical loop track model, where adhesive SprB filaments are propelled along a left-handed closed helical loop on the cell surface. Attachment of SprB to the substratum results in cell movement. In this study, we observed the gliding cell rotating counterclockwise about its axis when viewed from the rear to the advancing direction of the cell, which was consistent with the helical loop track model. Total internal reflection fluorescence microscopy of SprB on a gliding cell revealed that one labeled SprB focus sometimes overtook and passed another SprB focus that was moving in the same direction, suggesting the presence of multiple lanes in the helical loop track. Several electron microscopic analyses revealed the presence of a multi-rail structure underneath the outer membrane, which was associated with SprB filaments and contained GldJ protein. A similar structure was observed in the distantly related marine gliding Bacteroidetes Saprospira grandis. These results provide new insights into the mechanism of Bacteroidetes gliding motility, in which the SprB filaments are propelled along the multi-rails underneath the outer membrane.
研究論文（学術雑誌） - Thermosynechococcus switches the direction of phototaxis by a c-di-GMP-dependent process with high spatial resolution
Daisuke Nakane; Gen Enomoto; Heike Bähre; Yuu Hirose; Annegret Wilde; Takayuki Nishizaka
筆頭著者, eLife, 11巻, 掲載ページ 73405, 出版日 2022年05月10日, 査読付, 国際誌, Many cyanobacteria, which use light as an energy source via photosynthesis, show directional movement towards or away from a light source. However, the molecular and cell biological mechanisms for switching the direction of movement remain unclear. Here, we visualized type IV pilus-dependent cell movement in the rod-shaped thermophilic cyanobacterium Thermosynechococcus vulcanus using optical microscopy at physiological temperature and light conditions. Positive and negative phototaxis were controlled on a short time scale of 1 min. The cells smoothly moved over solid surfaces towards green light, but the direction was switched to backward movement when we applied additional blue light illumination. The switching was mediated by three photoreceptors, SesA, SesB, and SesC, which have cyanobacteriochrome photosensory domains and synthesis/degradation activity of the bacterial second messenger cyclic dimeric GMP (c-di-GMP). Our results suggest that the decision-making process for directional switching in phototaxis involves light-dependent changes in the cellular concentration of c-di-GMP. Direct visualization of type IV pilus filaments revealed that rod-shaped cells can move perpendicular to the light vector, indicating that the polarity can be controlled not only by pole-to-pole regulation but also within-a-pole regulation. This study provides insights into previously undescribed rapid bacterial polarity regulation via second messenger signalling with high spatial resolution.
研究論文（学術雑誌）, 英語 - Design Principles of the Rotary Type 9 Secretion System
Trivedi, A.; Gosai, J.; Nakane, D.; Shrivastava, A.
Frontiers in Microbiology, Frontiers Media {SA}, 13巻, 出版日 2022年05月10日, 査読付, 招待,
研究論文（学術雑誌） - Molecular ruler of the attachment organelle in Mycoplasma pneumoniae
Daisuke Nakane; Kohki Murata; Tsuyoshi Kenri; Keigo Shibayama; Takayuki Nishizaka
筆頭著者, PLOS Pathogens, Public Library of Science (PLoS), 17巻, 6号, 掲載ページ e1009621-e1009621, 出版日 2021年06月10日, 査読付, 細菌学と生物物理学
研究論文（学術雑誌） - Large-scale vortices with dynamic rotation emerged from monolayer collective motion of gliding Flavobacteria
Daisuke Nakane; Shoko Odaka; Kana Suzuki; Takayuki Nishizaka
筆頭著者, Journal of Bacteriology, 出版日 2021年04月26日, 査読付, 国際誌, A collective motion of self-driven particles has been a fascinating subject in physics and biology. Sophisticated macroscopic behavior emerges through a population in thousands or millions of bacterial cells, propelling itself by flagellar rotation and its chemotactic response. Here we found a series of collective motions accompanying successive phase-transitions in a non-flagellated rod-shaped soil bacterium, Flavobacterium johnsoniae, which was driven by a surface cell movement known as gliding motility. When we spot the cells on an agar plate with a low level of nutrients, the bacterial community exhibited vortex patterns that spontaneously appeared as lattice and integrated into a large-scale circular plate. All patterns exhibit with monolayer of bacteria, which enable to visualize an individual cell with a high resolution among a wide-range pattern two-dimensionally. The single cells moved at random orientation, but the cells connected with one another showed left-turn biased trajectories in starved environment. This feature is possibly due to the collision of cells inducing a nematic alignment of dense cells as self-propelled rods. Subsequently, each vortex oscillated independently, and then transformed to the rotating mode as an independent circular plate. Notably, the rotational direction of the circular plate was counterclockwise without exception. The plates developed accompanying rotation with constant angular velocity, suggesting that the mode is an efficient strategy for bacterial survival.ImportanceSelf-propelled bacteria propelled by flagella rotation often display highly organized dynamic patterns at high cell densities. Here we found a new mode of collective motion in non-flagellated bacteria: vortex patterns were spontaneously appeared as lattice and integrated into a large-scale circular plate comprising hundreds of thousands of cells, which exhibited unidirectional rotation in a counterclockwise manner and expanded in size on agar. A series of collective motions was driven by gliding motility of the rod-shaped soil bacterium Flavobacterium johnsoniae In a low nutrient environment, single cells moved at random orientation while cells at high density moved together as a unitary cluster. This might be an efficient strategy for cells of this species to find nutrients.
研究論文（学術雑誌）, 英語 - Campylobacter jejuni motility integrates specialized cell shape, flagellar filament, and motor, to coordinate action of its opposed flagella
Eli J. Cohen; Daisuke Nakane; Yoshiki Kabata; David R. Hendrixson; Takayuki Nishizaka; Morgan Beeby
筆頭著者, PLOS Pathogens, Public Library of Science ({PLoS}), 16巻, 7号, 掲載ページ e1008620, 出版日 2020年07月02日, 査読付, 国際誌, Campylobacter jejuni rotates a flagellum at each pole to swim through the viscous mucosa of its hosts' gastrointestinal tracts. Despite their importance for host colonization, however, how C. jejuni coordinates rotation of these two opposing flagella is unclear. As well as their polar placement, C. jejuni's flagella deviate from the norm of Enterobacteriaceae in other ways: their flagellar motors produce much higher torque and their flagellar filament is made of two different zones of two different flagellins. To understand how C. jejuni's opposed motors coordinate, and what contribution these factors play in C. jejuni motility, we developed strains with flagella that could be fluorescently labeled, and observed them by high-speed video microscopy. We found that C. jejuni coordinates its dual flagella by wrapping the leading filament around the cell body during swimming in high-viscosity media and that its differentiated flagellar filament and helical body have evolved to facilitate this wrapped-mode swimming.
研究論文（学術雑誌）, 英語 - Coexistence of Two Chiral Helices Produces Kink Translation in Spiroplasma Swimming
Daisuke Nakane; Tatsuro Ito; Takayuki Nishizaka; Ann M. Stock
筆頭著者, Journal of Bacteriology, American Society for Microbiology, 202巻, 8号, 出版日 2020年02月10日, 査読付, 国際誌, The mechanism underlying Spiroplasma swimming is an enigma. This small bacterium possesses two helical shapes with opposite-handedness at a time, and the boundary between them, called a kink, travels down, possibly accompanying the dual rotations of these physically connected helical structures, without any rotary motors such as flagella. Although the outline of dynamics and structural basis has been proposed, the underlying cause to explain the kink translation is missing. We here demonstrated that the cell morphology of Spiroplasma eriocheiris was fixed at the right-handed helix after motility was stopped by the addition of carbonyl cyanide 3-chlorophenylhydrazone (CCCP), and the preferential state was transformed to the other-handedness by the trigger of light irradiation. This process coupled with the generation and propagation of the artificial kink, presumably without any energy input through biological motors. These findings indicate that the coexistence of two chiral helices is sufficient to propagate the kink and thus to propel the cell body.IMPORTANCE Many swimming bacteria generate a propulsion force by rotating helical filaments like a propeller. However, the nonflagellated bacteria Spiroplasma spp. swim without the use of the appendages. The tiny wall-less bacteria possess two chiral helices at a time, and the boundary called a kink travels down, possibly accompanying the dual rotations of the helices. To solve this enigma, we developed an assay to determine the handedness of the body helices at the single-wind level, and demonstrated that the coexistence of body helices triggers the translation of the kink and that the cell body moves by the resultant cell bend propagation. This finding provides us a totally new aspect of bacterial motility, where the body functions as a transformable screw to propel itself forward.
研究論文（学術雑誌）, 英語 - 動きの可視化から紐解くバクテリアの新しい世界
中根大介; 西坂崇之
日本乳酸菌学会誌, 31巻, 掲載ページ 10, 出版日 2020年, 査読付, 招待
研究論文（学術雑誌）, 日本語 - Tree of motility - A proposed history of motility systems in the tree of life.
Makoto Miyata; Robert C Robinson; Taro Q P Uyeda; Yoshihiro Fukumori; Shun-Ichi Fukushima; Shin Haruta; Michio Homma; Kazuo Inaba; Masahiro Ito; Chikara Kaito; Kentaro Kato; Tsuyoshi Kenri; Yoshiaki Kinosita; Seiji Kojima; Tohru Minamino; Hiroyuki Mori; Shuichi Nakamura; Daisuke Nakane; Koji Nakayama; Masayoshi Nishiyama; Satoshi Shibata; Katsuya Shimabukuro; Masatada Tamakoshi; Azuma Taoka; Yosuke Tashiro; Isil Tulum; Hirofumi Wada; Ken-Ichi Wakabayashi
Genes to cells : devoted to molecular & cellular mechanisms, 25巻, 1号, 掲載ページ 6-21, 出版日 2020年01月, 査読付, 国際誌, Motility often plays a decisive role in the survival of species. Five systems of motility have been studied in depth: those propelled by bacterial flagella, eukaryotic actin polymerization and the eukaryotic motor proteins myosin, kinesin and dynein. However, many organisms exhibit surprisingly diverse motilities, and advances in genomics, molecular biology and imaging have showed that those motilities have inherently independent mechanisms. This makes defining the breadth of motility nontrivial, because novel motilities may be driven by unknown mechanisms. Here, we classify the known motilities based on the unique classes of movement-producing protein architectures. Based on this criterion, the current total of independent motility systems stands at 18 types. In this perspective, we discuss these modes of motility relative to the latest phylogenetic Tree of Life and propose a history of motility. During the ~4 billion years since the emergence of life, motility arose in Bacteria with flagella and pili, and in Archaea with archaella. Newer modes of motility became possible in Eukarya with changes to the cell envelope. Presence or absence of a peptidoglycan layer, the acquisition of robust membrane dynamics, the enlargement of cells and environmental opportunities likely provided the context for the (co)evolution of novel types of motility.
研究論文（学術雑誌）, 英語 - Refined Mechanism of Mycoplasma mobile Gliding Based on Structure, ATPase Activity, and Sialic Acid Binding of Machinery
Miyuki S. Nishikawa; Daisuke Nakane; Takuma Toyonaga; Akihiro Kawamoto; Takayuki Kato; Keiichi Namba; Makoto Miyata; Richard Gerald Brennan
筆頭著者, mBio, American Society for Microbiology, 10巻, 6号, 出版日 2019年12月24日, 査読付
研究論文（学術雑誌） - Preparation of Actinoplanes missouriensis Zoospores and Assay for Their Adherence to Solid Surfaces.
Takeaki Tezuka; Daisuke Nakane; Tomohiro Kimura; Yasuo Ohnishi
Bio-protocol, 9巻, 24号, 掲載ページ e3458, 出版日 2019年12月20日, 国際誌, Spherical zoospores of a rare actinomycete, Actinoplanes missouriensis, adhere to various hydrophobic solid surfaces by means of type IV pili. The purpose of this protocol is to provide detailed descriptions of the preparation of A. missouriensis zoospores and an assay for the adhesion of the zoospores to solid surfaces. This adhesion assay, which measures numbers of zoospores that adhered to the dish surface and swimming zoospores in a tunnel chamber by using a phase-contrast microscope, can also be used for swimming cells of other microorganisms.
研究論文（学術雑誌）, 英語 - Motor torque measurement of Halobacterium salinarum archaellar suggests a general model for ATP-driven rotary motors
Seiji Iwata; Yoshiaki Kinosita; Nariya Uchida; Daisuke Nakane; Takayuki Nishizaka
責任著者, Communications Biology, Springer Science and Business Media {LLC}, 2巻, 1号, 出版日 2019年12月, 査読付
研究論文（学術雑誌） - Single-molecule pull-out manipulation of the shaft of the rotary motor F1-ATPase
Tatsuya M. Naito; Tomoko Masaike; Daisuke Nakane; Mitsuhiro Sugawa; Kaoru A. Okada; Takayuki Nishizaka
Scientific Reports, Springer Science and Business Media {LLC}, 9巻, 1号, 出版日 2019年12月, 査読付
研究論文（学術雑誌） - Insights into the mechanism of ATP-driven rotary motors from direct torque measurement.
Takayuki Nishizaka; Tomoko Masaike; Daisuke Nakane
Biophysical reviews, 11巻, 4号, 掲載ページ 653-657, 出版日 2019年08月, 査読付, 国際誌, Motor proteins are molecular machines that convert chemical energy into mechanical work. In addition to existing studies performed on the linear motors found in eukaryotic cells, researchers in biophysics have also focused on rotary motors such as F1-ATPase. Detailed studies on the rotary F1-ATPase motor have correlated all chemical states to specific mechanical events at the single-molecule level. Recent studies showed that there exists another ATP-driven protein motor in life: the rotary machinery that rotates archaeal flagella (archaella). Rotation speed, stepwise movement, and variable directionality of the motor of Halobacterium salinarum were described in previous studies. Here we review recent experimental work discerning the molecular mechanism underlying how the archaellar motor protein FlaI drives rotation by generation of motor torque. In combination, those studies found that rotation slows as the viscous drag of markers increases, but torque remains constant at 160 pN·nm independent of rotation speed. Unexpectedly, the estimated work done in a single rotation is twice the expected energy that would come from hydrolysis of six ATP molecules in the FlaI hexamer. To reconcile the apparent contradiction, a new and general model for the mechanism of ATP-driven rotary motors is discussed.
英語 - Characterization of Zoospore Type IV Pili in Actinoplanes missouriensis
Tomohiro Kimura; Takeaki Tezuka; Daisuke Nakane; Takayuki Nishizaka; Shin-Ichi Aizawa; Yasuo Ohnishi; Victor J. DiRita
Journal of Bacteriology, American Society for Microbiology, 201巻, 14号, 出版日 2019年04月29日, 査読付
研究論文（学術雑誌） - Three-dimensional tracking of microbeads attached to the tip of single isolated tracheal cilia beating under external load
Takanobu A. Katoh; Koji Ikegami; Nariya Uchida; Toshihito Iwase; Daisuke Nakane; Tomoko Masaike; Mitsutoshi Setou; Takayuki Nishizaka
Scientific Reports, Springer Nature, 8巻, 1号, 出版日 2018年10月, 査読付
研究論文（学術雑誌） - Identification of a major glucose transporter in Flavobacterium johnsoniae: Inhibition of F. johnsoniae colony spreading by glucose uptake.
Imamura K; Sato K; Narita Y; Kondo Y; Nakane D; Naito M; Fujiwara T; Nakayama K
Microbiology and immunology, 62巻, 8号, 掲載ページ 507-516, 出版日 2018年08月, 査読付
研究論文（学術雑誌） - Immunoglobulin-like domains of the cargo proteins are essential for protein stability during secretion by the type IX secretion system.
Sato K; Kakuda S; Yukitake H; Kondo Y; Shoji M; Takebe K; Narita Y; Naito M; Nakane D; Abiko Y; Hiratsuka K; Suzuki M; Nakayama K
Molecular microbiology, 出版日 2018年07月, 査読付
研究論文（学術雑誌） - Unforeseen swimming and gliding mode of an insect gut symbiont, Burkholderia sp. RPE64, with wrapping of the flagella around its cell body
Yoshiaki Kinosita; Yoshitomo Kikuchi; Nagisa Mikami; Daisuke Nakane; Takayuki Nishizaka
The ISME Journal, Springer Nature, 12巻, 3号, 掲載ページ 838-848, 出版日 2018年03月21日, 査読付
研究論文（学術雑誌） - Asymmetric distribution of type IV pili triggered by directional light in unicellular cyanobacteria
Daisuke Nakane; Takayuki Nishizaka
筆頭著者, Proceedings of the National Academy of Sciences, Proceedings of the National Academy of Sciences, 114巻, 25号, 掲載ページ 6593-6598, 出版日 2017年06月20日, 査読付
研究論文（学術雑誌） - Chemotaxis without Conventional Two-Component System, Based on Cell Polarity and Aerobic Conditions in Helicity-Switching Swimming of Spiroplasma eriocheiris
Peng Liu; Huajun Zheng; Qingguo Meng; Natsuho Terahara; Wei Gu; Shengyue Wang; Guoping Zhao; Daisuke Nakane; Wen Wang; Makoto Miyata
Frontiers in Microbiology, Frontiers Media {SA}, 8巻, 掲載ページ 58, 出版日 2017年02月03日, 査読付
研究論文（学術雑誌）, 英語 - Flavobacterium gliding motility and the type IX secretion system
Mark J McBride; Daisuke Nakane
Current Opinion in Microbiology, Elsevier {BV}, 28巻, 掲載ページ 72-77, 出版日 2015年, 査読付, 国際誌, Cells of Flavobacterium johnsoniae crawl rapidly over surfaces in a process called gliding motility. These cells do not have flagella or pili but instead rely on a novel motility machine composed of proteins that are unique to the phylum Bacteroidetes. The motility adhesins SprB and RemA are propelled along the cell surface by the still poorly-defined gliding motor. Interaction of these adhesins with a surface results in translocation of the cell. SprB and RemA are delivered to the cell surface by the type IX secretion system (T9SS). T9SSs are confined to but common in the phylum Bacteroidetes. Transmembrane components of the T9SS may perform roles in both secretion and gliding motility.
研究論文（学術雑誌）, 英語 - Bacteriocin Protein BacL1of Enterococcus faecalis Targets Cell Division Loci and Specifically Recognizes l-Ala2-Cross-Bridged Peptidoglycan
Jun Kurushima; Daisuke Nakane; Takayuki Nishizaka; Haruyoshi Tomita; P. J. Christie
Journal of Bacteriology, American Society for Microbiology, 197巻, 2号, 掲載ページ 286-295, 出版日 2014年11月03日, 査読付
研究論文（学術雑誌） - Lack of a surface layer in Tannerella forsythia mutants deficient in the type IX secretion system.
Narita Y; Sato K; Yukitake H; Shoji M; Nakane D; Nagano K; Yoshimura F; Naito M; Nakayama K
Microbiology, 160巻, Pt 10号, 掲載ページ 2295-2303, 出版日 2014年10月, 査読付, Narita Y, Sato K, Yukitake H, Shoji M, Nakane D, Nagano K, Yoshimura F, Naito M, Nakayama K, Microbiology (Reading, England), 2014, vol. 160, no. Pt 10, pp. 2295-2303, 2014
研究論文（学術雑誌） - Unitary step of gliding machinery in Mycoplasma mobile
Y. Kinosita; D. Nakane; M. Sugawa; T. Masaike; K. Mizutani; M. Miyata; T. Nishizaka
筆頭著者, Proceedings of the National Academy of Sciences, Proceedings of the National Academy of Sciences, 111巻, 23号, 掲載ページ 8601-8606, 出版日 2014年05月, 査読付
研究論文（学術雑誌） - Gliding mechanism of the Mycoplasma pneumoniaesubgroup
Miyata M; Nakane D
Mollicutes: Molecular Biology and Pathogenesis, 掲載ページ 237-253, 出版日 2014年01月, 査読付 - Decoding system for the AUA codon by tRNAIle with the UAU anticodon in Mycoplasma mobile.
Taniguchi T; Miyauchi K; Nakane D; Miyata M; Muto A; Nishimura S; Suzuki T
Nucleic acids research, 4, 41巻, 4号, 掲載ページ 2621-2631, 出版日 2013年02月, 査読付, Taniguchi T, Miyauchi K, Nakane D, Miyata M, Muto A, Nishimura S, Suzuki T, Nucleic acids research, 2013, vol. 41, no. 4, pp. 2621-2631, 2013
研究論文（学術雑誌） - Role of Binding in Mycoplasma mobile and Mycoplasma pneumoniae Gliding Analyzed through Inhibition by Synthesized Sialylated Compounds
T. Kasai; D. Nakane; H. Ishida; H. Ando; M. Kiso; M. Miyata
Journal of Bacteriology, American Society for Microbiology, 195巻, 3号, 掲載ページ 429-435, 出版日 2012年11月02日, 査読付
研究論文（学術雑誌） - Flavobacterium johnsoniae RemA is a mobile cell surface lectin involved in gliding.
Shrivastava A; Rhodes RG; Pochiraju S; Nakane D; McBride MJ
194巻, 14号, 掲載ページ 3678-3688, 出版日 2012年07月, 査読付, Shrivastava A, Rhodes RG, Pochiraju S, Nakane D, McBride MJ, Journal of bacteriology, 2012, vol. 194, no. 14, pp. 3678-3688, 2012
研究論文（学術雑誌） - Rapid imaging of mycoplasma in solution using Atmospheric Scanning Electron Microscopy (ASEM).
Sato C; Manaka S; Nakane D; Nishiyama H; Suga M; Nishizaka T; Miyata M; Maruyama Y
Biochemical and biophysical research communications, 4, 417巻, 4号, 掲載ページ 1213-1218, 出版日 2012年01月, 査読付, Sato C, Manaka S, Nakane D, Nishiyama H, Suga M, Nishizaka T, Miyata M, Maruyama Y, Biochemical and biophysical research communications, 2012, vol. 417, no. 4, pp. 1213-1218, 2012
研究論文（学術雑誌） - Mycoplasma mobile Cells Elongated by Detergent and Their Pivoting Movements in Gliding
D. Nakane; M. Miyata
筆頭著者, Journal of Bacteriology, American Society for Microbiology, 194巻, 1号, 掲載ページ 122-130, 出版日 2011年10月, 査読付
研究論文（学術雑誌） - Isolation and Characterization of P1 Adhesin, a Leg Protein of the Gliding Bacterium Mycoplasma pneumoniae
D. Nakane; J. Adan-Kubo; T. Kenri; M. Miyata
筆頭著者, Journal of Bacteriology, American Society for Microbiology, 193巻, 3号, 掲載ページ 715-722, 出版日 2010年11月, 査読付
研究論文（学術雑誌） - Cytoskeletal Asymmetrical Dumbbell Structure of a Gliding Mycoplasma, Mycoplasma gallisepticum, Revealed by Negative-Staining Electron Microscopy
D. Nakane; M. Miyata
筆頭著者, Journal of Bacteriology, American Society for Microbiology, 191巻, 10号, 掲載ページ 3256-3264, 出版日 2009年03月, 査読付
研究論文（学術雑誌） - Regions on Gli349 and Gli521 protein molecules directly involved in movements of Mycoplasma mobile gliding machinery, suggested by use of inhibitory antibodies and mutants.
Uenoyama A; Seto S; Nakane D; Miyata M
191巻, 6号, 掲載ページ 1982-1985, 出版日 2009年03月, 査読付, Uenoyama A, Seto S, Nakane D, Miyata M, Journal of bacteriology, 2009, vol. 191, no. 6, pp. 1982-1985, 2009
研究論文（学術雑誌）
MISC
- 精密3次元位置検出が拓く多様な分子モーター研究への新しいアプローチ
西坂崇之; 加藤孝信; 中根大介
出版日 2021年, 生物物理, 61巻, 掲載ページ 395-397, 日本語, 査読付, 記事・総説・解説・論説等（学術雑誌） - シアノバクテリアの運動
中根大介; 西坂崇之
出版日 2018年05月, 生物工学会誌, 96巻, 5号, 掲載ページ 244‐247, 日本語, 査読付, 招待, 0919-3758, 201802237613774240 - マイコプラズマの滑走速度を示す分子速度計(Molecular speedometer indicating gliding speed in Mycoplasma pneumoniae)
村田 幸樹; 見理 剛; 中根 大介; 柴山 恵吾; 西坂 崇之
日本細菌学会, 出版日 2018年02月, 日本細菌学雑誌, 73巻, 1号, 掲載ページ 82-82, 英語, 0021-4930, 1882-4110, 2018289037 - 光に応答したバクテリアIV型線毛の動態制御
中根大介; 西坂崇之
出版日 2018年, 生物物理, 58巻, 4号, 掲載ページ 207‐208(J‐STAGE), 日本語, 査読付, 招待, 1347-4219, 201802259218382666 - Unitary Steps of Supermolecular Motility Machineries in Gliding Bacteria and Swimming Arcaea
Yoshiaki Kinosita; Nakane Daisuke; Nariya Uchida; Makoto Miyata; Takayuki Nishizaka
CELL PRESS, 出版日 2016年02月, BIOPHYSICAL JOURNAL, 110巻, 3号, 掲載ページ 198A-198A, 英語, 研究発表ペーパー・要旨（国際会議）, 0006-3495, 1542-0086, WOS:000375093800478 - 細菌毒素研究フロントライン 基礎から臨床まで 臨床分離Enterococcus faecalisが産生する溶菌タンパク質BacL1の特異的ターゲッティング(The frontline studies on bacterial toxins: basic research and clinical application Specific targeting of a plasmid-encoded bacteriolytic protein BacL1 of Enterococcus faecalis)
久留島 潤; 中根 大介; 野村 隆浩; 西坂 崇之; 富田 治芳
日本細菌学会, 出版日 2015年02月, 日本細菌学雑誌, 70巻, 1号, 掲載ページ 108-108, 英語, 0021-4930, 2015279420 - 細菌の滑走運動メカニズムに関する研究
中根 大介
Bacteria have various way to move over solid surfaces, such as glass, agar, and host cell. These movements involve surface appendages including flagella, type IV pili and other "mysterious" nano-machineries. Gliding motility was a term used various surface movements by several mechanisms that have not been well understood in past few decades. However, development of visualization techniques allowed us to make much progress on their dynamics of machineries. It also provided us better understanding how bacteria move over surfaces and why bacteria move in natural environments. In this review, I will introduce recent studies on the gliding motility of Flavobacteium and Mycoplasma based on the detail observation of single cell and its motility machinery with micro-nano scales., 出版日 2015年, 日本細菌学雑誌, 70巻, 4号, 掲載ページ 375-82, 日本語, 査読付, 国内誌, 31595067, 26632217 - マイコプラズマモービレは70nmの大きさで歩く
木下 佳昭; 中根 大介; 政池 知子; 水谷 佳奈; 宮田 真人; 西坂 崇之
マイコプラズマモービレは、ATPを分解し、50nmの大きさのあしタンパク質がシアル酸オリゴ糖に結合・解離を繰り返すことで滑走運動を行う。この1サイクルにおけるあし1本の動きを検出するために、ゴーストを染色し、低濃度ATP、遊離のシアル酸存在下で運動を蛍光顕微鏡で観察した。遊離のシアル酸を添加したことでガラス面に結合しているあしの本数を減らし、70nmの大きさのステップ状の変位を検出した。この大きさは、これまでの運動に寄与するタンパク質の中で最大の大きさである。(著者抄録), 日本マイコプラズマ学会, 出版日 2014年03月, 日本マイコプラズマ学会雑誌, 40号, 掲載ページ 15-16, 日本語, 1340-2382, 2014254585 - Mycoplasma mobile の滑走運動に方向性を持たせる"あし"の結合の方向性
田中 晃弘; 中根 大介; 西坂 崇之; 宮田 真人
出版日 2013年03月31日, 日本マイコプラズマ学会雑誌 = Japanese Journal of Mycoplasmology, 39巻, 掲載ページ 40-41, 日本語, 1340-2382, 10031161965, AA11179964 - 遊離のシアル酸オリゴ糖によるマイコプラズマの滑走阻害から示唆される"あし"の動き
笠井 大司; 中根 大介; 石田 秀治; 安藤 弘宗; 木曽 真; 宮田 真人
出版日 2013年03月31日, 日本マイコプラズマ学会雑誌 = Japanese Journal of Mycoplasmology, 39巻, 掲載ページ 38-39, 日本語, 1340-2382, 10031161964, AA11179964 - マイコプラズマモービレの単一滑走装置におけるステップの直接観察(Direct observation of unitary step of gliding machinery in Mycoplasma mobile)
木下 佳昭; 中根 大介; 政池 知子; 水谷 加奈; 宮田 真人; 西坂 崇之
日本細菌学会, 出版日 2013年02月, 日本細菌学雑誌, 68巻, 1号, 掲載ページ 141-141, 英語, 0021-4930, 2013249324 - "Chopped head" of Mycoplasma mobile : isolation of gliding machinery
NAKANE Daisuke; MIYATA Makoto
出版日 2012年03月31日, 日本マイコプラズマ学会雑誌 = Japanese Journal of Mycoplasmology, 38巻, 掲載ページ 50-50, 英語, 1340-2382, 10030541593, AA11179964 - マイコプラズマのあしが認識するシアル酸オリゴ糖の構造
笠井 大司; 中根 大介; 石田 秀治; 安藤 弘宗; 木曽 真; 宮田 真人
出版日 2011年03月31日, 日本マイコプラズマ学会雑誌 = Japanese Journal of Mycoplasmology, 37巻, 掲載ページ 59-60, 日本語, 1340-2382, 10029813489, AA11179964 - 界面活性剤の処理によって誘導される Mycoplasma mobile の形態変化とその滑走運動
中根 大介; 宮田 真人
出版日 2011年03月31日, 日本マイコプラズマ学会雑誌 = Japanese Journal of Mycoplasmology, 37巻, 掲載ページ 1-2, 日本語, 1340-2382, 10029813353, AA11179964 - ネガティブ染色電子顕微鏡観察を用いた迅速かつ、自由度の高い Mycoplasma pneumoniae 滑走接着器官の構造解析
松尾 里紗; 中根 大介; 見理 剛; 宮田 真人
出版日 2011年03月31日, 日本マイコプラズマ学会雑誌 = Japanese Journal of Mycoplasmology, 37巻, 掲載ページ 7-8, 日本語, 1340-2382, 10029813365, AA11179964 - Mycoplasma mobile はシアル酸の結合・解離によって80nmずつ前進する
中根 大介; 西坂 崇之; 宮田 真人
出版日 2010年03月31日, 日本マイコプラズマ学会雑誌 = Japanese Journal of Mycoplasmology, 36巻, 掲載ページ 39-40, 日本語, 1340-2382, 10026388752, AA11179964 - バイオイメージング--画像で迫る脅威の世界 病原細菌,マイコプラズマのユニークな滑走運動を支える細胞骨格
宮田 真人; 中根 大介
エヌ・ティー・エス, 出版日 2010年03月, 遺伝, 64巻, 2号, 掲載ページ 47-51, 日本語, 0387-0022, 40016983062, AN00015468 - Mycoplasma pneumoniaeの滑走運動 (特集 感染症の現代的課題)
宮田 真人; 中根 大介
金原一郎記念医学医療振興財団, 出版日 2009年03月, 生体の科学, 60巻, 2号, 掲載ページ 98-102, 日本語, 0370-9531, 40016638972 - Mycoplasma pneumoniae 滑走の足、P1アドヘジンタンパク質の精製と特徴づけ
中根 大介; アダン 純; 見理 剛; 宮田 真人
出版日 2008年05月31日, 日本マイコプラズマ学会雑誌 = Japanese Journal of Mycoplasmology, 35巻, 掲載ページ 22-23, 日本語, 1340-2382, 10026896187, AA11179964 - M. pneumoniae をデフォルメしたような M. gallisepticum の細胞骨格
中根 大介; 宮田 真人
出版日 2007年05月31日, 日本マイコプラズマ学会雑誌 = Japanese Journal of Mycoplasmology, 34巻, 掲載ページ 41-42, 日本語, 1340-2382, 10029813303, AA11179964 - Mycoplasma pneumoniae 滑走の足, P1 adhesin タンパク質の精製と特徴づけ
中根 大介; アダン 純; 見理 剛; 宮田 真人
出版日 2007年02月25日, 日本細菌学雑誌, 62巻, 1号, 掲載ページ 93-93, 日本語, 0021-4930, 10019310141, AN00189800
書籍等出版物
- Isolation and visualization of gliding motility machinery in Bacteroidota (Methods in Molecular Biology)
Shibata S; Nakane D
学術書, 英語, 共著, Springer, 出版日 2023年03月 - Live cell imaging of gliding motility of Bacteroidetes under high-resolution microscopy (Methods in Molecular Biology)
Nakane D; Shibata S
学術書, 英語, 共著, Springer, 出版日 2023年03月 - Swimming motility assays of Spiroplasma (Methods in Molecular Biology)
Nakane D
学術書, 英語, 単著, Springer, 出版日 2023年03月 - Live cell imaging of the twitching motility of cyanobacteria by high-resolution microscopy (Methods in Molecular Biology)
Nakane D
学術書, 英語, 単著, Springer, 出版日 2023年03月 - Gliding mechanism of the Mycoplasma pneumoniae subgroup (Mollicutes: Molecular Biology and Pathogenesis)
Miyata M; Nakane D
英語, 共著, Horizon Press, 出版日 2014年 - Mollicutes: Molecular Biology and Pathogenesis
Miyata M; Nakane D
英語, 共著, Gliding mechanism of the Mycoplasma pneumoniae subgroup (Chapter12), Horizon Press, 出版日 2014年
講演・口頭発表等
- 狭小空間がHelicobacter pyloriのドリル運動を誘起する
横濵さらら; 林原絵美子; 島田佳季; 菅哲朗; 見理剛; 中根大介
第97回 日本細菌学会総会, 査読付
発表日 2024年08月 - Water flow triggers adhesion of gliding bacteria to solid surfaces
荒木亘; 上村直輝; 中根大介
第97回 日本細菌学会総会, 査読付
発表日 2024年08月 - Water flow navigates the long journey of surface-associated bacteria living in hot springs
Naoki Uemura; Naoya Chiba; Masatada Tamakoshi; Daisuke Nakane
第97回 日本細菌学会総会, 査読付
発表日 2024年08月 - Symbiotic bacteria break through narrow passage by flagellar wrapping
Aoba Yoshioka; Tetsuo Kan; Kazutaka Takeshita; Hirofumi Wada; Yoshitomo Kikuchi; Daisuke Nakane
第97回 日本細菌学会総会, 査読付
発表日 2024年08月 - Water flow navigates the long journey of surface-associated bacteria living in hot springs
Naoki Uemura; Naoya Chiba; Masatada Tamakoshi; Daisuke Nakane
IUPAB 2024, 査読付
発表日 2024年06月 - Symbiotic bacteria break through narrow passage by flagellar wrapping
Aoba Yoshioka; Tetsuo Kan; Kazutaka Takeshita; Hirofumi Wada; Yoshitomo Kikuchi; Daisuke Nakane
IUPAB 2024, 査読付
発表日 2024年06月 - Bacterial motility under realistic environmental conditions: A zoo-like approach
Daisuke Nakane
Joint Symposium of the Taiwan Biophysical Society and International Network of Protein Engineering Centers, 招待, 査読付
発表日 2024年05月 - Symbiotic bacteria break through narrow passage by flagellar wrapping
Aoba Yoshioka; Tetsuo Kan; Yoshitomo Kikuchi; Daisuke Nakane
日本微生物生態学会 第36回大会, 査読付
発表日 2023年11月 - Water flow triggers adhesionof gliding bacteria to solid surfaces
Motomu Araki; Naoki Uemura; Daisuke Nakane
日本微生物生態学会 第36回大会
発表日 2023年11月 - Unique swimming style of Helicobacter pylori in thin and narrow environments
Sarara Yokohama; Emiko Rimbara; Aoba Yoshioka; Yoshiki Shimada; Tetsuo Kan; Tsuyoshi Kenri; Daisuke Nakane
日本微生物生態学会 第36回大会
発表日 2023年11月 - Water flow navigates the long journey of surface-associated bacteria living in hot springs
Naoki Uemura; Naoya Chiba; Masatada Tamakoshi; Daisuke Nakane
日本生物物理学会第61回年会, 査読付
発表日 2023年11月 - Symbiotic bacteria break through narrow passage by flagellar wrapping
Aoba Yoshioka; Tetsuo Kan; Yoshitomo Kikuchi; Daisuke Nakane
第61回日本生物物理学会年会, 査読付
発表日 2023年11月 - Water flow navigates the long journey of surface-associated bacteria living in hot springs
Naoki Uemura, Naoya Chiba, Masatada Tamakoshi, Daisuke Nakane
日本微生物生態学会第36回浜松大会, 査読付
発表日 2023年11月 - 細菌の行動展示
Daisuke Nakane
日本生物物理学会第61回年会, 招待
発表日 2023年11月 - Water flow navigates long journey of Thermus thermophilus
Naoki Uemura; Masatada Tamakoshi; Daisuke Nakane
Neotechnologies for ThermusQ initiative, 査読付
発表日 2023年10月 - Thermus thermophilus standing up with type IV pili for rheotaxis
Naoki Uemura; Naoya Chiba; Masatada Tamakoshi; Daisuke Nakane
Neotechnologies for ThermusQ initiative
発表日 2023年10月 - Microfluidic channels for analysis of flagellar wrapping motion of bacteria
Yoshiki Shimada; Aoba Yoshioka; Daisuke Nakane; Tetsuo Kan
口頭発表（一般）, Micro TAS 2023, 査読付
発表日 2023年10月 - 細菌の行動展示
中根大介
日本進化学会第24回学術集会, 招待
発表日 2023年09月 - 細菌の動きを追いかけて20年 ～マニアックすぎる研究の失敗と挑戦～
中根大介
第17回細菌学若手コロッセウム, 招待
発表日 2023年08月 - Flow of water navigates the long journey of surface associated bacteria living in hot springs
Naoki Uemura; Masatada Tamakoshi; Daisuke Nakane
ポスター発表, Gordon Research conference on Microbial Adhesion and Signal Transduction, 査読付
発表日 2023年07月 - Symbiotic bacteria break through narrow spaces with flagellar wrapping
Aoba Yoshioka; Tetsuo Kan; Yoshitomo Kikuchi; Daisuke Nakane
ポスター発表, Gordon Research conference on Animal-Microbe Symbiosis, 査読付
発表日 2023年06月 - 細菌のドリル戦車
中根大介
日本顕微鏡学会第79回学術講演会, 招待
発表日 2023年06月 - 細菌のドリル戦車
中根大介
第96回 日本細菌学会総会, 招待
発表日 2023年03月16日 - 細菌は自然環境中でどのように動くのか？
中根大介
日本微生物生態学会 第35回大会, 招待
発表日 2022年11月02日 - マイコプラズマは流れに逆らって宿主表面を動いている？
中根大介
口頭発表（招待・特別）, 日本語, 第49回日本マイコプラズマ学会学術集会, 招待, 国内会議
発表日 2022年05月29日 - 好熱性シアノバクテリアは c-di-GMP 依存的に走光性方向を切り替える
中根大介; 榎下元; Annegret Wilde; 西坂崇之
口頭発表（一般）, 日本語, 第95回日本細菌学会総会, 国内会議
発表日 2022年03月29日 - Mycoplasma gliding against a fluid flow
Daisuke Nakane; Yoshiki Kabata; Takayuki Nishizaka
口頭発表（一般）, 英語, 23th Congress of International Organization of Mycoplasmology, 国際会議
発表日 2021年11月01日 - 細菌のドリル戦車
中根大介
口頭発表（招待・特別）, 日本語, 細菌学会 関東支部会, 招待, 国内会議
発表日 2021年10月21日 - 微生物はからだの中でかしこく行動するのかな？
中根大介
シンポジウム・ワークショップパネル（指名）, 日本語, 動物行動学会, 招待, 国内会議
発表日 2021年09月23日 - 細菌のドリル戦車
中根大介
口頭発表（基調）, 日本語, エアロ・アクアバイオメカニズム学会, 招待, 国内会議
発表日 2021年09月17日 - 動きの可視化から紐解く原核生物の新しい世界
中根大介
口頭発表（基調）, 日本語, Archaea研究会, 招待, 国内会議
発表日 2021年07月16日 - 肺炎マイコプラズマの走流性
中根大介; 加畑嘉希; 西坂崇之
シンポジウム・ワークショップパネル（公募）, 日本語, 第94回 日本細菌学会総会, 国内会議
発表日 2021年03月23日 - ちょっと変わった微生物の動き
中根大介
口頭発表（招待・特別）, 日本語, 2020年度 生物流体力学におけるモデリング, 招待, 国内会議
発表日 2020年12月17日 - 光刺激によるアーキアラ・モーターの回転方向制御
伊原礼華; 中根大介; 西坂崇之
日本生体エネルギー研究会第46回討論会
発表日 2020年12月 - 滑走するFlavobacteriaの集団運動は動的回転を伴う予期せぬ渦構造を示す
中根大介; 西坂崇之
シンポジウム・ワークショップパネル（公募）, 日本語, 第93回 日本細菌学会総会, 国内会議
発表日 2020年02月20日 - Second messengers mediate directional switching of phototaxis in rod-shaped cyanobacteria
Daisuke Nakane; Gen Enomoto; annegret Wilde; Takayuki Nishizaka
口頭発表（一般）, 英語, Gordon Research Conference (STIM), 招待, 国際会議
発表日 2020年01月13日 - ラン藻はスパイダーマン？ 糸の伸縮で動く仕組み
中根大介; 西坂崇之
口頭発表（招待・特別）, 日本語, 藍藻の分子生物学 2019, 招待, 国内会議
発表日 2019年11月30日 - Mycoplasma pneumoniae の細胞骨格の全長を定義する分子ものさし
村田幸樹; 見理剛; 柴山恵吾; 中根大介; 西坂崇之
日本マイコプラズマ学会 第46回学術集会
発表日 2019年05月 - Asymmetric distribution of type IV pili triggered by directional light in unicellular cyanobacteria
Nakane D; Nishizaka T
口頭発表（招待・特別）, 43rd Indian Biophysical Society Meeting, 招待
発表日 2019年03月 - Molecular speedometer for gliding motility of Mycoplasma pneumoniae
Nakane D; Murata K; Kenri T; Shibayama K; Nishizaka T
ポスター発表, Bacterial locomotion and signal transduction XV
発表日 2019年01月 - Collective motion of gliding Flavobacteria exhibits unforeseen vortex lattice and dynamic plate with rotation
中根大介; 小高祥子; 鈴木香菜; 西坂崇之
日本生物物理学会 第56回年会
発表日 2018年09月 - Measurement of the torque generated by the archaellar rotary motor in microscopic detail
岩田誠司; 木下佳昭; 中根大介; 西坂崇之
口頭発表（一般）, 日本生物物理学会 第56回年会
発表日 2018年09月 - Molecular speedometer for gliding motility of Mycoplasma pneumoniae
Nakane D; Murata K; Kenri T; Nishizaka T
ポスター発表, 22th Congress of International Organization for Mycoplasmology
発表日 2018年07月 - Length of cytoskeletal core acts as a speedometer in the gliding motility of Mycoplasma pneumoniae
Murata K; Nakane D; Kenri T; Shibayama K; Nishizaka T
ポスター発表, 22th Congress of International Organization for Mycoplasmology
発表日 2018年07月 - Co-existence of two chiral helices produces kink translation in Spiroplasma swimming
Nakane D; Ito T; Nishizaka T
ポスター発表, 22th Congress of International Organization for Mycoplasmology
発表日 2018年07月 - ラン藻はスパイダーマン？ 糸の伸縮で動く仕組み
中根 大介; 西坂崇之
ラン藻ゲノム交流会 2018, 招待
発表日 2018年06月30日 - Molecular speedometer for gliding motility of Mycoplasma pneumoniae
中根 大介
The 8th Meeting of Asian Organization for Mycoplasmology, 招待
発表日 2018年05月18日 - Asymmetric distribution of type IV pili triggered by directional light in unicellular cyanobacteria
中根 大介; 西坂崇之
第91回 日本細菌学会総会, 招待
発表日 2018年03月29日 - Bacterial motility on surfaces
中根 大介
第91回 日本細菌学会総会, 招待
発表日 2018年03月28日 - Type IV pilus dynamics in response to directional light
Nakane D; Nishizaka T
ポスター発表, Gordon Research Conferences (Photosensory Receptors and Signal Transduction)
発表日 2018年03月 - 単細胞性のシアノバクテリアは指向性のある光を認識しIV型線毛を非対称に分布させる
Nakane D; Nishizaka T
第91回 日本細菌学会総会
発表日 2018年03月 - Direct visualization of T4P dynamics at 70 degree
Nakane D; Tamakoshi M; Nishizaka T
口頭発表（一般）, Gordon Research Conferences (Sensory Transduction in Microorganisms)
発表日 2018年01月 - 最小の戦車
中根 大介
第7回 日本微生物学連盟フォーラム, 招待
発表日 2017年12月16日 - こいつ…動くぞ！ ねじる・ひっぱる・はうバクテリア
中根 大介
生命科学系学会合同年次大会 ComBio2017, 招待
発表日 2017年12月06日 - 膜デバイス解剖の技術開発とバクテリア／アーキア運動可視化への応用
西坂崇之; 岩田誠司; 中根大介
口頭発表（一般）, 日本生体エネルギー研究会第44回討論会
発表日 2017年12月 - Thermus thermophilusの表面運動とIV型線毛のダイナミクス
中根大介; 玉腰雅忠; 西坂崇之
口頭発表（一般）, 第18回 極限環境生物学会
発表日 2017年11月 - Asymmetric distribution of Type IV pili triggered by directional light in unicellular cyanobacteria
中根 大介
第56回 日本生物物理学会年会, 招待
発表日 2017年09月19日 - How bacteria move without flagella
中根 大介
International Symposium on "Harmonized supramolecular motility machinery and its diversity", 招待
発表日 2017年09月13日 - Direct observation of dynamics in Type IV pili system and archaella motor
Nishizaka T; Kinosita Y; Nakane D
19th International Union for Pure and Applied Biophysics Congress
発表日 2017年05月 - 這う バクテリア Move?
中根 大介
第90回 日本細菌学会総会, 招待
発表日 2017年03月19日 - Direct observation of rotation and steps of the archaellum in the swimming halophilic archaeon Halobacterium salinarum
Kinosita Y; Uchida N; Nakane D; Nishizaka T
日本生物物理学会 第54回年会
発表日 2016年12月 - バクテリアがもつナノサイズのコンパスの極性を逆転させる
葛生祥平; 中根大介; 福森義宏; 田岡東; 西坂崇之
口頭発表（一般）, 第10回細菌学若手コロッセウム
発表日 2016年08月 - Asymmetric distribution of Type IV pili triggered by directional light in unicellular cyanobacteria
Nakane D; Nishizaka T
口頭発表（一般）, Bacterial Flagella, Injectisomes & Type III Secretion Systems
発表日 2016年03月 - 部分的な光照射により誘起されるスピロプラズマの遊泳方向の反転
伊藤竜朗; 中根大介; 西坂崇之
2015年度べん毛交流会
発表日 2016年03月 - Dynamics of Type IV pili controlled by light direction in unicellular cyanobacteria
Nakane D; Nishizaka T
口頭発表（一般）, Gordon Research Conference (Sensory Transduction in Microorganisms)
発表日 2016年01月 - アーキアのべん毛は回転する
木下佳昭; 中根大介; 西坂崇之
2015年生体運動研究合同班会議
発表日 2015年01月 - 戦車のような仕組みで動くバクテリア
中根大介; 佐藤啓子; Mark J McBride; 中山浩次; 西坂崇之
口頭発表（一般）, 第7回細菌学若手コロッセウム
発表日 2013年08月 - Helical flow of surface protein required for Flavobacterium gliding motility
Nakane D; Sato K; Wada H; McBride MJ; Nakayama K
口頭発表（一般）, Bacterial locomotion and signal transduction XII
発表日 2013年01月 - “Helical loop track” model for Bacteroidetes gliding motility
Nakane D; Sato K; Wada H; McBride MJ; Nakayama K
1st International Conference on Porphyromonas gingivalis and Related Bacterial Species, 招待, 査読付
発表日 2012年08月 - バクテロイデーテスは右には曲がれない!?
中根大介; 佐藤啓子; Mark J McBride; 中山浩次
口頭発表（一般）, 2011年度べん毛交流会
発表日 2012年03月 - バクテロイデーテスの滑走運動はプロトン駆動力を用いて菌体表面を動き回る
中根大介; 佐藤啓子; Mark J McBride; 中山浩次
第85回 日本細菌学会総会, 招待
発表日 2012年03月 - Gliding machinery of Flavobacterium johnsoniae moves along the cell surface powered by proton motive force
Nakane D; Sato K; Wada H; McBride MJ; Nakayama K
口頭発表（一般）, Gordon Research Conferences (Sensory Transduction in Microorganisms)
発表日 2012年01月 - バクテリアがもつ“ベルトコンベア”のような運動装置
中根大介; 佐藤啓子; Mark J McBride; 中山浩次
口頭発表（一般）, 2012年生体運動研究合同班会議
発表日 2012年01月 - Chopped head” of Mycoplasma mobile -Isolation of gliding machinery-
Nakane D; Miyata M
The 6th Meeting of the Asian Organization for Mycoplasmology, 招待
発表日 2011年05月 - “Chopped head” of Mycoplasma –Isolation of gliding machinery
中根大介; 宮田真人
口頭発表（一般）, 日本生物物理学会 第48回年会
発表日 2010年09月 - Analyses of “leg” movements of Mycoplasma mobile from stepwise gliding
Nakane D; Nishizaka T; Miyata M
18th Congress of International Organization for Mycoplasmology
発表日 2010年07月 - 界面活性剤の処理によって誘導されるMycoplasma mobileの形態変化と滑走運動
中根大介; 宮田真人
口頭発表（一般）, 日本マイコプラズマ学会第37回学術集会
発表日 2010年06月 - Step detection of gliding bacterium, Mycoplasma mobile
中根大介; 西坂崇之; 宮田真人
口頭発表（一般）, 日本生物物理学会 第47回年会
発表日 2009年11月 - Mycoplasma mobileはシアル酸の結合・解離によって80 nmずつ前進する
中根大介; 西坂崇之; 宮田真人
口頭発表（一般）, 第3回細菌学若手コロッセウム
発表日 2009年10月 - Mycoplasma mobileはシアル酸の結合・解離によって80 nmずつ前進する
中根大介; 西坂崇之; 宮田真人
口頭発表（一般）, 日本マイコプラズマ学会第36回学術集会
発表日 2009年06月 - Tethered Mycoplasma
Nakane D; Miyata M
ポスター発表, Bacterial locomotion and signal transduction X
発表日 2009年01月 - High-resolution quick imaging of cytoskeletal architectures of M. pneumoniae and M. gallisepticum using conventional electron microscopy
Nakane D; Miyata M
口頭発表（一般）, 17th Congress of International Organization for Mycoplasmology
発表日 2008年07月 - Cytoskeletal structure of a gliding mycoplasma, Mycoplasma gallisepticum, revealed by negative staining electron microscopy and image averaging
Nakane D; Miyata M
ポスター発表, 108th General Meeting of the American Society for Microbiology
発表日 2008年06月 - Mycoplasma pneumoniae 滑走の足，P1アドヘジンタンパク質の精製
中根大介; アダン純; 見理剛; 宮田真人
口頭発表（一般）, 日本マイコプラズマ学会第35回学術集会
発表日 2008年05月 - Mycoplasma pneumoniaeの細胞骨格像の平均化と構成タンパク質の特定
中根大介; 見理剛; 宮田真人
口頭発表（一般）, 第82回 日本細菌学会総会
発表日 2008年03月 - M. penumoniae をデフォルメしたような M. gallisepticum の細胞骨格
中根大介; 西坂崇之; 宮田真人
口頭発表（一般）, 日本マイコプラズマ学会第34回学術集会
発表日 2007年05月 - Jellyfish structure of gliding bacterium, Mycoplasma mobile
Nakane D; Miyata M
口頭発表（一般）, Bacterial locomotion and signal transduction (BLAST) IX
発表日 2007年01月 - マイコプラズマの細胞骨格はくらげ構造か?
中根大介; 宮田真人
口頭発表（一般）, 2007年生体運動研究合同班会議
発表日 2007年01月 - Isolation and characterization of P1 adhesin involved in gliding motility of Mycoplasma pneumoniae
Nakane D; Adan-Kubo J; Kenri T; Miyata M
口頭発表（一般）, 16th Congress of International Organization of Mycoplasmology
発表日 2006年07月
担当経験のある科目_授業
- 生命理学特別講義２
2024年04月 - 現在
立教大学 - 生物物理学
2023年10月 - 現在
お茶の水女子大学 - 化学生命工学演習第二
2022年04月 - 現在
The University of Electro-Communications - システム生物学
2022年04月 - 現在
電気通信大学 - 化学生命工学実験第一
2021年04月 - 現在
電気通信大学 - 生物物理学２
2013年04月 - 現在
学習院大学 - インターンシップ（海外）（Ⅲ類）
2024年04月 - 2025年03月
電気通信大学 - インターンシップ（Ⅲ類）
2024年04月 - 2025年03月
電気通信大学 - 物理実験１
2013年04月 - 2021年09月
学習院大学 - 特別講義
2021年05月 - 2021年05月
宇部工業高等専門学校 - 分子細胞生物学特講3
2020年08月 - 2020年08月
千葉大学 - 化学生命工学演習第二
電気通信大学 - システム生物学
The University of Electro-Communications - 化学生命工学実験第二
The University of Electro-Communications - 化学生命工学実験第二
電気通信大学 - 化学生命工学実験第一
The University of Electro-Communications
共同研究・競争的資金等の研究課題
- In vivoドリル戦車の可視化と動態計測
中根大介
研究期間 2022年06月01日 - 2025年03月31日 - 微生物が動く意味～レーウェンフックを超えた微生物行動学の創生～
菊池義智
日本学術振興会, 科学研究費助成事業 学術変革領域研究(B), 国立研究開発法人産業技術総合研究所, 学術変革領域研究(B), 22H05065
研究期間 2022年06月01日 - 2025年03月31日 - 微生物が動く意味～レーウェンフックを超えた微生物行動学の創生～
中根 大介
学術変革領域研究（B), 22H05066
研究期間 2022年05月 - 2025年03月 - 細菌オリンピックによる感染・共生機構の解明
精密測定技術振興財団, 調査・研究助成, 研究代表者
研究期間 2024年01月 - 2024年12月 - 水流操作による病原細菌の動きの制御とそのメカニズム
中根 大介
日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 電気通信大学, 基盤研究(C), 研究代表者, ヒト肺炎の病原菌である Mycoplasma pneumoniae は，気管上皮細胞の表面に付着し，付着したまま滑るように動くことができる。この接着と滑走運動は，マイコプラズマの病原性発揮に必須の能力であると考えられている。これまでの研究から，この運動装置の構成タンパク質やその構造といった分子メカニズムは徐々に明らかとなっている。しかし，何のためにマイコプラズマは動いているのか，宿主細胞表面上における寄生性細菌の生存戦略という視点の研究は十分ではなく，本菌の病原性・感染過程は十分に理解できていなかった。本研究では，微小デバイスを構築し，その中で精密に制御した水流をかけると，それまでランダムであったマイコプラズマの運動方向が，流れに逆らうように方向を変化させることを光学顕微鏡下で観察することに成功した。非対称な形状をもつ菌体が水流の流れを受けてると、運動装置のある膜突起部位は固体表面に付着したままとなり、菌体の長軸が流れの方向と平行になるように配置が変化した。これは、菌体の形態が風見鶏のように流れの方向を認識するアンテナとして機能することを示唆している。このとき、菌体が発生する力は 150 pN ほどであると見積もられた。これは宿主の気管上皮繊毛が発生する力よりも大きい。もし、肺炎マイコプラズマが粘液繊毛輸送の流れに逆らって宿主表面上を動くのであれば、気管から肺の奥の方へと移動することができる。走流性という特徴的な応答機構は、マイコプラズマの運動の宿主環境下での重要な役割を検討するための新しい枠組みを提供するものである。, 21K07020
研究期間 2021年04月01日 - 2024年03月31日 - 宿主感染過程における細菌ドリル戦車運動のメカニクス
中根大介
野口研究所, 野口遵研究助成金
研究期間 2021年04月01日 - 2022年03月31日 - 細菌個体レベルの「光」情報処理の理解
中根 大介
日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 電気通信大学, 新学術領域研究(研究領域提案型), 研究代表者, 細菌という小さな生命体であっても高度な情報理機構をもつことが知られている。本研究では「走光性」という現象に注目する。走光性システムをもつ細菌に光を照射すると、光に向かって動くことが知られている。ここには「光の向きを認識する」という過程が含まれている。細菌には「眼点」は存在しない。では、なぜ彼らはこのような高度な情報処理ができるのだろうか？ここで我々は光の照射を制御した際に細菌1個体がどのように動き回るのか、特殊な光学顕微鏡下で詳細な観察を行った。 光合成細菌である藍藻は「光」という刺激に対して、好きまたは嫌いという2つの真逆の応答を示す。この “好き嫌い” の切り替えがどのように起きるのかはこれまで不明であった。サーモシネココッカスという好熱性藍藻の場合、“光が好き” だという応答は緑色光によって誘起され、藍藻は光に向かって運動した。一方、“光が嫌い” だという応答は、緑色光＋青色光で誘起され、光から離れるように運動をした。この真逆の意思決定は１分程度の光刺激によって可逆的に操作可能であった。一連の意思決定には、c-di-GMP という低分子の細胞内濃度に依存することも見出した。緑色光を検出すると c-di-GMP が分解されて細胞内濃度が低くなったたが、青色光を検出すると c-di-GMP が合成されて濃度が高くなった。この情報伝達物質の濃度変化によって、藍藻は心変わりを引き起こすことを明らかにした。藍藻の心変わりは環境応答という視点でも重要である。日々刻々と移り変わる自然環境にすぐさま応答することで、自身に最適な光環境へと移動できるのだと考えられる。, 20H05543
研究期間 2020年04月01日 - 2022年03月31日 - 肺炎マイコプラズマがもつ分子速度計と病原性
内藤記念科学振興財団, 次世代育成支援研究助成金
研究期間 2018年04月01日 - 2021年03月31日 - バクテリアの “ドリル戦車” 遊泳運動の高精度計測
中根大介
精密測定技術振興財団, 調査・研究助成
研究期間 2019年04月01日 - 2020年03月31日 - 小さなバクテリアがもつ分子速度計
中根大介
加藤記念バイオサイエンス振興財団, 研究助成 (優秀賞)
研究期間 2018年04月01日 - 2020年03月31日 - 視覚を備えたバクテリア
中根大介
光科学技術研究振興財団, 研究助成
研究期間 2018年04月01日 - 2020年03月31日 - 世界最小のスパイダーマンを可視化する
中島記念国際交流財団, 日本人若手研究者助成金
研究期間 2018年04月01日 - 2019年03月31日 - バクテリアの集団運動によって生じる巨大渦パターン
中根大介
長瀬科学技術振興財団, 研究助成
研究期間 2018年04月01日 - 2019年03月31日 - IV型線毛のライブイメージングによる機械的刺激応答機構の解明
中根 大介; 西坂 崇之
日本学術振興会, 科学研究費助成事業 若手研究(A), 学習院大学, 若手研究(A), 研究代表者, バクテリアはもっとも単純な生命体の1つであり，大きさは1ミリの1000分の1程しかありません。ところが，動く仕組みに注目すると，実に多様で複雑な様式を発達させていることが知られています。申請者らは光合成微生物のラン藻が細い糸のような繊維状構造物を持ち，その伸長収縮を繰り返す様子を撮影することに成功しました。さらに，独自の光学顕微鏡を駆使することで，この生命体は指向性のある光という外部シグナルによって，その運動を制御する能力を持つことを明らかにすることができました。, 16H06230
研究期間 2016年04月 - 2019年03月 - 細菌のダイナミックな細胞骨格：その動作原理を求めて
和田 浩史; 田中 良巳; 宮田 真人; 中根 大介
日本学術振興会, 科学研究費助成事業 基盤研究(B), 立命館大学, 基盤研究(B), 本課題研究では、細菌スピロプラズマのユニークな遊泳運動を生み出す細胞変形の仕組みについて、いくつかの理論的成果を得た。特にリボン状の細胞骨格に関する構造生物学的データを元に連続体力学的モデルを構築し、細胞のらせん形状が生まれる仕組みとその形状を理論的に明らかにした。また、一細胞計測データをもとに細胞の剛性を決定した。さらに、弾性リボンのもつ新しい幾何力学的な性質をマクロ模型による実験と理論を組み合わせて明らかにし、細胞力学の観点からそれらの結果を議論した。本研究の成果は、細胞スケールにおいて運動性が創発するために力学がどのような役割を果たすか、というより基本的な問題に新しい知見をもたらす。, 15H03712
研究期間 2015年04月01日 - 2018年03月31日 - 肺炎マイコプラズマが宿主表面で歩くメカニズムの解明
中根大介
上原記念生命科学財団, 研究奨励金
研究期間 2015年04月01日 - 2017年03月31日 - 1 µmの球体の微生物が高速遊泳運動を行う仕組み
中根大介
日揮・実吉奨学会, 研究助成金
研究期間 2015年04月01日 - 2017年03月31日 - べん毛を持たずに高速遊泳運動をするバクテリア
中根 大介
日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 学習院大学, 新学術領域研究(研究領域提案型), 研究代表者, 本研究では，一部のシアノバクテリアで見られるべん毛非依存型の遊泳運動について研究を展開させた。べん毛を使わない遊泳運動は，その現象自体が他に類をみないほどユニークな現象と言える．バクテリアの生体運動の中で，べん毛に依らず，らせん形状をとらずに遊泳運動をするものは，シネココッカス以外に見つかっていない．当該年度は，この研究については，一定の成果は得られたものの，現時点では論文というかたちにまとめるだけの成果は出せていない。一方，計画班・公募班との共同研究が大きく進展した。これは，本領域の目的の１つである新たな生体運動の研究分野の開拓という点で，貢献ができたのではないかと考えている。 １．磁気ピンセットを用いて，磁性細菌の磁極を人為的に反転させることに成功した。２．シネコシスティスがもつIV型線毛の光シグナルによる制御機構を明らかにした。３．スピロプラズマのべん毛非依存的な遊泳について，らせん反転と，それに伴うキンク伝搬の仕組みを明らかにした。４．好熱菌のIV型線毛依存的な運動を最適化し、その動態を画像化した。５．肺炎マイコプラズマの運動装置におけるナノレベルの変位を光学顕微鏡下で検出する方法を確立した。６．バクテロイデス門細菌が集団で滑走運動をするときに，巨大な渦構造を形成することを明らかにした。, 15H01329
研究期間 2015年04月01日 - 2017年03月31日 - 第３の生体運動，戦車のように動くバクテリアの運動メカニズム
中根大介
発酵研究所, 一般研究助成
研究期間 2014年04月01日 - 2016年03月31日 - 先端計測技術と病原細菌学の融合によって展開するシャクトリムシのように動くバクテリアの運動メカニズム
中根大介
旭硝子財団, 研究奨励
研究期間 2014年04月01日 - 2016年03月31日 - バクテロイデス細菌がもつIX型分泌装置の3次元ダイナミクス
中根大介
内藤記念科学振興財団, 奨励金・研究助成
研究期間 2014年04月01日 - 2015年03月31日 - バクテロイデスがもつ滑走・分泌装置の3次元ダイナミクス
中根 大介
日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 学習院大学, 研究活動スタート支援, 研究代表者, バクテロイデテス門に属する細菌 Flavobacterium johnsoniae は固形物表面上を滑走する．この動きにはべん毛線毛といった既知の運動装置とは全く異なる．興味深いことに，歯周病原細菌などの病原因子の分泌システムとも深く結びついており，これらの細菌によって引き起こされる感染症の予防や治療につながる可能性を秘めている．本研究では１．表面タンパク質が左巻きらせんのループに沿って外膜上を動き回ること，２．表面タンパク質が固形物表面との接着力を変えること，を明らかにし，これは戦車の走行装置である『無限軌道』とよく似た運動の仕組みをもつことを明らかにした．, 25893230
研究期間 2013年08月30日 - 2015年03月31日 - バクテロイデスがもつ滑走・分泌装置の形状と挙動
中根 大介
日本学術振興会, 科学研究費助成事業 特別研究員奨励費, 長崎大学, 特別研究員奨励費, 研究代表者, バクテリアの一大グループであるバクテロイデス属は、独自に発達させた滑走・分泌装置をもっている。これらに関わる遺伝子は、既知のアミノ酸配列と全く相同性がないため、既存の知識は、これらのバクテリアが引き起こす病原性やその治療を理解するのに十分ではない。本研究では、この装置のメカニズムにせまるため、土壌に住み、培養の簡単なFlavobacterium johnsoniaeをつかい、主に電子顕微鏡や光学顕微鏡を用いて、ダイナミクスに焦点を当てた研究を進めた。 F.johnsoniaeはガラスや寒天などの固形物表面にはりつき、張り付いたまま滑るように動く、滑走運動をおこなう。この運動時に接着因子としてはたらく700kDaのタンパク質SprBは、既知のどのようなアミノ酸配列とも相同性を持たない。しかし、部分精製した画分をネガティブ染色法で観察すると、長さ150nm、太さ5nmの繊維状の構造をしていた。さらに興味深いことに、抗体と蛍光色素を用いて標識すると、このタンパク質は、バクテリアの外膜表面を約3μmのピッチのらせんに沿って局在し、2μm/sの速さで動き回っていた。 全反射顕微鏡を用いて、この動きを観察すると、タンパク質は必ず左巻きのらせんに沿って動いており、バクテリアが何らかのレールのような構造物を持つことが示唆された。また、SprBの見かけの速さを測定すると、4μm/sとOμm/sの2つのピークをとり、同一のタンパク質が固形物表面との接着力をダイナミックに変化させていることが示唆された。これらの知見は、このバクテリアの複雑な運動様式、例えば前進・後退・反転・回転をうまく説明できる。つまり、接着力の強いSprBのほとんどがバクテリアの末端に向かって動くと、菌体は前進するが、一方、接着力の強いSprBが平行に並んで逆向きに動くとすると、トルクが生まれて、菌体は回転や反転などの挙動を示す。, 11J01792
研究期間 2011年 - 2012年 - マイコプラズマ滑走運動のメカニズム
中根 大介
日本学術振興会, 科学研究費助成事業 特別研究員奨励費, 大阪市立大学, 特別研究員奨励費, 私の所属する研究室では,「マイコプラズマ滑走運動のメカニズム」について研究を行っている.本年度は,最も速く滑走運動を行うMycoplasma mobile,ヒトの病原菌Mycoplasma pneumoniaeを用いて,以下のことを明らかにした. (1)M.mobileを界面活性剤Tween 60の処理により菌体形状の変化を誘導し,菌体長が0.8μmから2.0μmに伸長することを示した.この,のびた菌体の滑走運動を解析し,同じ線上に並んでいる"あし"が必ずしも協同的には動いていないことが示唆された. (2)M.mobileの滑走装置を、膜に埋め込まれたままの状態で単離した.この画分にATPを加えると,バラバラになった菌体の破片が,ガラス表面上で運動した.これを用いて,ATPと結合・滑走の関係を明らかにし,滑走運動の作業仮説を新しくした. (3)M.pneumoniaeの滑走運動をになう細胞骨格構造を調べるために,菌体を界面活性剤で処理し,とけ残った構造を電子顕微鏡で観察した.ネガティブ染色法の改良と画像の平均化により,高解像度な細胞骨格像を以前よりも簡単に得ることができた.さらに,すでにあるYFP融合株を利用して,細胞骨格構成タンパク質を網羅的に特定した. (4)M.pneumoniaeは,菌体表面の"あし"を用いて,滑走運動をおこなう.本研究では,170kDaのあしのタンパク質P1 adhesinの精製をおこなった.そして,部分分解とアミノ酸配列の比較により3つのドメインに分かれること,電子顕微鏡観察により丸い分子形状を持つことを示し,タンパク質の分子モデルを提案した.このタンパク質は,シアル酸との結合能を持つ可能性があり,また抗原性変化のタンパク質としても知られており,マイコプラズマ肺炎の病原性の理解につながることが期待される., 08J10913
研究期間 2008年 - 2010年
社会貢献活動
- 都立 調布北高校生の研究指導
助言・指導, 電気通信大学 調布北高校
2024年04月 - 2025年03月 - 匠ガールプロジェクト 冬休みは電通大でラボ体験
出演, 電気通信大学, スマホで微生物をみてみよう, サイエンスカフェ
2023年12月27日 - 大学出張講義（出前授業）
出演, 電気通信大学, スマホで微生物をみてみよう, 静岡理工科大学 星陵中学校・高等学校, 出前授業
2023年06月21日 - 電気通信大学 オープンキャンパス
出演, 電気通信大学, スマホで微生物を見てみよう
2022年07月17日 - サイエンスカフェ Chofu
出演, 電気通信大学・調布市, こいつ…動くぞ！ スマホで微生物を見てみよう, 小学生
2021年11月13日 - 大学出張講義（出前授業）
出演, 電気通信大学, スマホで微生物を見てみよう, 都立立川国際中等教育学校
2021年10月29日