三瓶 嚴一
| 基盤理工学専攻 | 教授 |
| Ⅲ類（理工系） | 教授 |
- プロフィール:
1983-1990 大腸菌プリンヌクレオチド生合成系遺伝子群の構造と機能に関する研究
1988-1996 大腸菌プリンヌクレオチド生合成系遺伝子群の発現制御に関する研究
1994-1997 大腸菌のゲノム解析
1996- プラスミドゲノムの編成と多様性に関する研究
1997- プリンヌクレオチド生合成系遺伝子の編成に関する研究
2001- 高度好熱菌 Thermus thermophilus プリンヌクレオチド生合成系酵素のＸ線結晶構造解析
2002- 高度好熱菌 Thermus thermophilus プリンヌクレオチド生合成系遺伝子群の発現制御に関する研究
2002- 高度好熱菌 Thermus thermophilus トリプトファン生合成系遺伝子群の発現制御に関する研究
研究者情報
経歴
学歴
研究活動情報
論文
- Crystal structure of adenylosuccinate lyase from the thermophilic bacterium Thermus thermophilus HB8.
Naoki Nemoto; Gota Kawai; Gen Ichi Sampei
Acta crystallographica. Section F, Structural biology communications, 出版日 2023年11月01日, 国際誌, Adenylosuccinate lyase (PurB) catalyzes two distinct reactions in the purine nucleotide biosynthetic pathway using the same active site. The ability to recognize two different sets of substrates is of structural and evolutionary interest. In the present study, the crystal structure of PurB from the thermophilic bacterium Thermus thermophilus HB8 (TtPurB) was determined at a resolution of 2.38 Å by molecular replacement using a structure predicted by AlphaFold2 as a template. The asymmetric unit of the TtPurB crystal contained two TtPurB molecules, and some regions were disordered in the crystal structure. The disordered regions were the substrate-binding site and domain 3. TtPurB forms a homotetramer and the monomer is composed of three domains (domains 1, 2 and 3), which is a typical structure for the aspartase/fumarase superfamily. Molecular dynamics simulations with and without substrate/product were performed using a full-length model of TtPurB which was obtained before deletion of the disordered regions. The substrates and products were bound to the model structures during the MD simulations. The fluctuations of amino-acid residues were greater in the disordered regions and became smaller upon the binding of substrate or product. These results demonstrate that the full-length model obtained using AlphaFold2 can be used to generate the coordinates of disordered regions within the crystal structure.
研究論文（学術雑誌）, 英語 - Convergent evolution of nitrogen-adding enzymes in the purine nucleotide biosynthetic pathway, based on structural analysis of adenylosuccinate synthetase (PurA).
Gen-Ichi Sampei; Hironori Ishii; Hiroyuki Taka; Gota Kawai
The Journal of general and applied microbiology, 出版日 2023年06月10日, 国内誌, Adenylosuccinate synthetase (PurA) is an enzyme responsible for the nitrogen addition to inosine monophosphate (IMP) by aspartate in the purine nucleotide biosynthetic pathway. And after which the fumarate is removed by adenylosuccinate lyase (PurB), leaving an amino group. There are two other enzymes that catalyze aspartate addition reactions similar to PurA, one in the purine nucleotide biosynthetic pathway (SAICAR synthetase, PurC) and the other in the arginine biosynthetic pathway (argininosuccinate sythetase, ArgG). To investigate the origin of these nitrogen-adding enzymes, PurA from Thermus thermophilus HB8 (TtPurA) was purified and crystallized, and crystal structure complexed with IMP was determined with a resolution of 2.10 Å. TtPurA has a homodimeric structure, and at the dimer interface, Arg135 of one subunit interacts with the IMP bound to the other subunit, suggesting that IMP binding contributes to dimer stability. The different conformation of His41 side chain in TtPurA and EcPurA suggests that side chain flipping of the His41might play an important role in orienting γ-phosphate of GTP close to oxygen at position 6 of IMP, to receive the nucleophilic attack. Moreover, through comparison of the three-dimensional structures and active sites of PurA, PurC, and ArgG, it was suggested that the active sites of PurA and PurC converged to similar structures for performing similar reactions.
研究論文（学術雑誌）, 英語 - Non-coding RNAs and functional RNA elements in Thermus thermophilus.
Gota Kawai; Gen-Ichi Sampei; Makoto Nishiyama; Yoshitaka Bessho
The Journal of general and applied microbiology, 出版日 2023年06月02日, 国内誌, To complete the ThermusQ database, small non-coding RNAs (ncRNAs) and functional RNA elements found Thermus thermophilus were summarized with annotations. The well-known three ncRNAs, M1 RNA, tmRNA and SRP RNA, were annotated as ttj8_nc001 to ttj8_nc003, and 10 novel RNAs were annotated as ttj8_nc004 to ttj8_nc013. Antisense RNAs for some ORFs were annotated as ttj8_EST00001 to ttj8_EST00006. In addition, a set of conserved sequences found in T. thermophilus HB27 were also described.
研究論文（学術雑誌）, 英語 - Free-Energy Profile Analysis of the Catalytic Reaction of Glycinamide Ribonucleotide Synthetase
Norifumi Yamamoto; Gen-ichi Sampei; Gota Kawai
Life, MDPI, 12巻, 281号, 出版日 2022年02月, 査読付
研究論文（学術雑誌）, 英語 - Crystal structure of adenylate kinase from an extremophilic archaeon Aeropyrum pernix with ATP and AMP
Yoshinori Shibanuma; Naoki Nemoto; Norifumi Yamamoto; Gen-ichi Sampei; Gota Kawai
J Biochem., 168巻, 3号, 掲載ページ 223-229, 出版日 2020年05月13日, 査読付
研究論文（学術雑誌）, 英語 - Crystal Structure of Flavin Dependent Thymidylate Synthase, Thy1, from Thermus thermophilus having an Extra C Terminal Domain
Aoba Ogawa; Gen-ichi Sampei; Gota Kawai
Acta Crystallogr Sect F Struct Biol Cryst Commun., 75巻, 掲載ページ 450-454, 出版日 2019年06月, 査読付
研究論文（学術雑誌）, 英語 - RNomics of Thermus thermophilus HB8 by DNA microarray and next-generation sequencing
Gota Kawai; Yuri Aoki; Maina Otsu; Naomi Koike; Gen-ichi Sampei
J Biochem., 162巻, 6号, 掲載ページ 423-430, 出版日 2017年11月, 査読付
研究論文（学術雑誌）, 英語 - Crystal structures of a subunit of the formylglycinamide ribonucleotide amidotransferase, PurS, from Thermus thermophilus, Sulfolobus tokodaii and Methanocaldococcus jannaschii
Yuzo Watanabe; Hisaaki Yanai; Mayumi Kanagawa; Sakiko Suzuki; Satoko Tamura; Kiyoshi Okada; Seiki Baba; Takashi Kumasaka; Yoshihiro Agari; Lirong Chen; Zheng-Qing Fu; John Chrzas; Bi-Cheng Wang; Noriko Nakagawa; Akio Ebihara; Ryoji Masui; Seiki Kuramitsu; Shigeyuki Yokoyama; Gen-ichi Sampei; Gota Kawai
ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY COMMUNICATIONS, INT UNION CRYSTALLOGRAPHY, 72巻, 掲載ページ 627-635, 出版日 2016年08月, 査読付, The crystal structures of a subunit of the formylglycinamide ribonucleotide amidotransferase, PurS, from Thermus thermophilus, Sulfolobus tokodaii and Methanocaldococcus jannaschii were determined and their structural characteristics were analyzed. For PurS from T. thermophilus, two structures were determined using two crystals that were grown in different conditions. The four structures in the dimeric form were almost identical to one another despite their relatively low sequence identities. This is also true for all PurS structures determined to date. A few residues were conserved among PurSs and these are located at the interaction site with PurL and PurQ, the other subunits of the formylglycinamide ribonucleotide amidotransferase. Molecular-dynamics simulations of the PurS dimer as well as a model of the complex of the PurS dimer, PurL and PurQ suggest that PurS plays some role in the catalysis of the enzyme by its bending motion.
研究論文（学術雑誌）, 英語 - Crystal structures and ligand binding of PurM proteins from Thermus thermophilus and Geobacillus kaustophilus
Mayumi Kanagawa; Seiki Baba; Yuzo Watanabe; Noriko Nakagawa; Akio Ebihara; Seiki Kuramitsu; Shigeyuki Yokoyama; Gen-ichi Sampei; Gota Kawai
JOURNAL OF BIOCHEMISTRY, OXFORD UNIV PRESS, 159巻, 3号, 掲載ページ 313-321, 出版日 2016年03月, 査読付, Crystal structures of 5-aminoimidazole ribonucleotide (AIR) synthetase, also known as PurM, from Thermus thermophilus (Tt) and Geobacillus kaustophilus (Gk) were determined. For TtPurM, the maximum resolution was 2.2 and the space group was P2(1)2(1)2 with four dimers in an asymmetric unit. For GkPurM, the maximum resolution was 2.2 and the space group was P2(1)2(1)2 with one monomer in asymmetric unit. The biological unit is dimer for both TtPurM and GkPurM and the dimer structures were similar to previously determined structures of PurM in general. For TtPurM, similar to 50 residues at the amino terminal were disordered in the crystal structure whereas, for GkPurM, the corresponding region covered the ATP-binding site forming an alpha helix in part, suggesting that the N-terminal region of PurM changes its conformation upon binding of ligands. FGAM binding site was predicted by the docking simulation followed by the MD simulation based on the SO42- binding site found in the crystal structure of TtPurM.
研究論文（学術雑誌）, 英語 - Structures and reaction mechanisms of the two related enzymes, PurN and PurU
Gen-ichi Sampei; Mayumi Kanagawa; Seiki Baba; Toshiaki Shimasaki; Hiroyuki Taka; Shohei Mitsui; Shinji Fujiwara; Yuki Yanagida; Mayumi Kusano; Sakiko Suzuki; Kayoko Terao; Hiroya Kawai; Yoko Fukai; Noriko Nakagawa; Akio Ebihara; Seiki Kuramitsu; Shigeyuki Yokoyama; Gota Kawai
JOURNAL OF BIOCHEMISTRY, OXFORD UNIV PRESS, 154巻, 6号, 掲載ページ 569-579, 出版日 2013年12月, 査読付, The crystal structures of glycinamide ribonucleotide transformylases (PurNs) from Aquifex aeolicus (Aa), Geobacillus kaustophilus (Gk) and Symbiobacterium toebii (St), and of formyltetrahydrofolate hydrolase (PurU) from Thermus thermophilus (Tt) were determined. The monomer structures of the determined PurN and PurU were very similar to the known structure of PurN, but oligomeric states were different; AaPurN and StPurN formed dimers, GkPurN formed monomer and PurU formed tetramer in the crystals. PurU had a regulatory ACT domain in its N-terminal side. So far several structures of PurUs have been determined, yet, the mechanisms of the catalysis and the regulation of PurU have not been elucidated. We, therefore, modelled ligand-bound structures of PurN and PurU, and performed molecular dynamics simulations to elucidate the reaction mechanisms. The evolutionary relationship of the two enzymes is discussed based on the comparisons of the structures and the catalytic mechanisms.
研究論文（学術雑誌）, 英語 - Structure of N-formylglycinamide ribonucleotide amidotransferase II (PurL) from Thermus thermophilus HB8
Sakiko Suzuki; Hisaaki Yanai; Mayumi Kanagawa; Satoko Tamura; Yuzo Watanabe; Kyotaro Fuse; Seiki Baba; Gen-ichi Sampei; Gota Kawai
ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY AND CRYSTALLIZATION COMMUNICATIONS, WILEY-BLACKWELL, 68巻, 掲載ページ 14-19, 出版日 2012年01月, 査読付, The crystal structure of PurL from Thermus thermophilus HB8 (TtPurL; TTHA1519) was determined in complex with an adenine nucleotide, PO43- and Mg2+ at 2.35 angstrom resolution. TtPurL consists of 29 a-helices and 28 beta-strands, and one loop is disordered. TtPurL consists of four domains, A1, A2, B1 and B2, and the structures of the A1B1 and A2B2 domains were almost identical to each other. Although the sequence identity between TtPurL and PurL from Thermotoga maritima (TmPurL) is higher than that between TtPurL and the PurL domain of the large PurL from Salmonella typhimurium (StPurL), the secondary structure of TtPurL is much more similar to that of StPurL than to that of TmPurL.
研究論文（学術雑誌）, 英語 - Dissecting enzyme mechanisms in the purine nucleotides biosynthetic pathway
Gota Kawai; Seiki Baba; Mayumi Kanagawa; Seiki Kuramitsu; Gen-ichi Sampei
Acta Crystallography, A76巻, 掲載ページ C782, 出版日 2011年08月
研究論文（国際会議プロシーディングス）, 英語 - Crystal structures of glycinamide ribonucleotide synthetase, PurD, from thermophilic eubacteria
Gen-ichi Sampei; Seiki Baba; Mayumi Kanagawa; Hisaaki Yanai; Takeshi Ishii; Hiroya Kawai; Yoko Fukai; Akio Ebihara; Noriko Nakagawa; Gota Kawai
JOURNAL OF BIOCHEMISTRY, OXFORD UNIV PRESS, 148巻, 4号, 掲載ページ 429-438, 出版日 2010年10月, 査読付, Glycinamide ribonucleotide synthetase (GAR-syn, PurD) catalyses the second reaction of the purine biosynthetic pathway; the conversion of phosphoribosylamine, glycine and ATP to glycinamide ribonucleotide (GAR), ADP and Pi. In the present study, crystal structures of GAR-syn's from Thermus thermophilus, Geobacillus kaustophilus and Aquifex aeolicus were determined in apo forms. Crystal structures in ligand-bound forms were also determined for G. kaustophilus and A. aeolicus proteins. In general, overall structures of GAR-syn's are similar to each other. However, the orientations of the B domains are varied among GAR-syn's and the MD simulation suggested the mobility of the B domain. Furthermore, it was demonstrated that the B loop in the B domain fixes the position of the beta- and gamma- phosphate groups of the bound ATP. The structures of GAR-syn's and the bound ligands were compared with each other in detail, and structures of GAR-syn's with full ligands, as well as the possible reaction mechanism, were proposed.
研究論文（学術雑誌）, 英語 - Structures of hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase (TTHA0220) from Thermus thermophilus HB8.
Kanagawa M; Baba S; Ebihara A; Shinkai A; Hirotsu K; Mega R; Kim K; Kuramitsu S; Sampei G; Kawai G
Acta Crystallogr Sect F Struct Biol Cryst Commun., 66巻, 掲載ページ 893-898, 出版日 2010年07月, 査読付
研究論文（学術雑誌）, 英語 - Complete genome sequence of the incompatibility group I1 plasmid R64
Gen-ichi Sampei; Nobuhisa Furuya; Keiko Tachibana; Yasuhiro Saitou; Takuji Suzuki; Kiyoshi Mizobuchi; Teruya Komano
Plasmid, 64巻, 掲載ページ 92-103, 出版日 2010年06月, 査読付
研究論文（学術雑誌）, 英語 - Structural genomics on the purine nucleotides biosynthetic pathway
Sampei G; iv. of Electro-Communications; Baba S.(RIKEN SPring; Center),Kanagawa M; RIKEN SPring; Center),Nakagawa; N; RIKEN SPring; Center),Ebihara A; RIKEN SPring; Center),Kuramitsu S; RIKEN SPring; Center),Kawai; G.(Chiba; Institute of Technology
Acta Crystallographica Section A, The International Union of Crystallography, 64巻, 64号, 掲載ページ C264-C264, 出版日 2008年08月28日
研究論文（国際会議プロシーディングス）, 英語 - Hierarchical Alignment of RNA Secondary Structures Including Pseudonots
Shinnosuke Seki; Atsushi Kijima; Satoshi Kobayashi; Gen-ichi Sampei
Proc. of Genome Informatics Workshop, 掲載ページ 117, 出版日 2004年, 査読付
研究論文（国際会議プロシーディングス）, 英語 - The plasmid F OmpP protease, a homologue of OmpT, as a potential obstacle to E-coli-based protein production
E Matsuo; G Sampei; K Mizobuchi; K Ito
FEBS LETTERS, ELSEVIER SCIENCE BV, 461巻, 1-2号, 掲載ページ 6-8, 出版日 1999年11月, 査読付, OmpT, an outer membrane-localized protease of Escherichia coli, cleaves a number of exogenous and endogenous proteins during their purification. SecY, an endogenous membrane protein, is a target of this artificial proteolysis in vitro. Were we report that SecY cleavage occurs even in cell extracts from omp T-disrupted cells, if they carry an F plasmid derivative, A gene, ompP, On the F plasmid was shown to be responsible for this proteolysis. These results indicate that the absence of an F-like plasmid should be checked when choosing a host strain for E. coli-based protein production. (C) 1999 Federation of European Biochemical Societies.
研究論文（学術雑誌）, 英語 - Organization and diversification of genomes of IncF and IncI plasmids by shuffling of functional modules.
Kiyoshi Mizobuchi; Gen-ichi Sampei
The International Symposium of Frontier of the Genome Biology of Escherichia coli（Okazaki）, 掲載ページ 7, 出版日 1998年11月
研究論文（国際会議プロシーディングス）, 英語 - Construction of a contiguous 874-kb sequence of the Escherichia coli -K12 genome corresponding to 50.0-68.8 min on the linkage map and analysis of its sequence features
Yoshihiro Yamamoto; Hiroji Aiba; Tomoya Baba; Kouji Hayashi; Toshifumi Inada; Katumi Isono; Takeshi Itoh; Sigenobu Kimura; Masanari Kitagawa; Kozo Makino; Takeyoshi Miki; Nobutaka Mitsuhashi; Kiyoshi Mizobuchi; Hirotada Mori; Shinsuke Nakade; Yoshikazu Nakamura; Hiroko Nashimoto; Taku Oshima; Satoshi Oyama; Noriko Saito; Gen-Ichi Sampei; Yu-Ji Satoh; Suharnan Sivasundaram; Hideaki Tagami; Hideyuki Takahashi; Jun-Ichi Takeda; Keiko Takemoto; Kazuyuki Uehara; Chieko Wada; Sayaka Yamagata; Takashi Horiuchi
DNA Research, 4巻, 2号, 掲載ページ 91-113, 出版日 1997年, 査読付, The contiguous 874.423 base pair sequence corresponding to the 50.0-68.8 min region on the genetic map of the Escherichia coli K-12 (W3110) was constructed by the determination of DNA sequences in the 50.0-57.9 min region (360 kb) and two large (100 kb in all) and five short gaps in the 57.9-68.8 min region whose sequences had been registered in the DNA databases. We analyzed its sequence features and found that this region contained at least 894 potential open reading frames (ORFs), of which 346 (38.7%) were previously reported, 158 (17.7%) were homologous to other known genes, 232 (26.0%) were identical or similar to hypothetical genes registered in databases, and the remaining 158 (17.7%) showed no significant similarity to any other genes. A homology search of the ORFs also identified several new gene clusters. Those include two clusters of fimbrial genes, a gene cluster of three genes encoding homologues of the human long chain fatty acid degradation enzyme complex in the mitochondrial membrane, a cluster of at least nine genes involved in the utilization of ethanolamine, a cluster of the secondary set of 11 hyc genes participating in the formate hydrogenlyase reaction and a cluster of five genes coding for the homologues of degradation enzymes for aromatic hydrocarbons in Pseudomonas putida. We also noted a variety of novel genes, including two ORFs, which were homologous to the putative genes encoding xanthine dehydrogenase in the fly and a protein responsible for axonal guidance and outgrowth of the rat, mouse and nematode. An isoleucine tRNA gene, designated ileY, was also newly identified at 60.0 min.
研究論文（学術雑誌）, 英語 - DNA implementation of simple Horn clause computation
S Kobayashi; T Yokomori; G Sampei; K Mizobuchi
PROCEEDINGS OF 1997 IEEE INTERNATIONAL CONFERENCE ON EVOLUTIONARY COMPUTATION (ICEC '97), I E E E, 掲載ページ 213-217, 出版日 1997年, 査読付, In this paper, we propose a method for biologically implementing simple Boolean formulae. This method enables us to compute logical consequences of a given set of simple Horn clauses in parallel and takes advantage of potentially huge number of molecular CPUs of DNA computers. Further, we show that the method is nicely applied to the parallel implementation of a grammatical recognition algorithm which is based on 'dynamic programming.'
研究論文（国際会議プロシーディングス）, 英語 - A 718-kb DNA sequence of the Escherichia coli K-12 genome corresponding to the 12.7-28.0 min region on the linkage map
Taku Oshima; Hiroji Aiba; Tomoya Baba; Katsutoshi Fujita; Kouji Hayashi; Atsuko Honjo; Keiichi Ikemoto; Toshifumi Inada; Takeshi Itoh; Miwako Kajihara; Kiyotaka Kanai; Kaoru Kashimoto; Sigenobu Kimura; Masanari Kitagawa; Kozo Makino; Shinji Masuda; Takeyoshi Miki; Kiyoshi Mizobuchi; Hirotada Mori; Kouji Motomura; Yoshikazu Nakamura; Hiroko Nashimoto; Yoshitaka Nishio; Noriko Saito; Gen-Ichi Sampei; Yasushi Seki; Hideaki Tagami; Keiko Takemoto; Chieko Wada; Yoshihiro Yamamoto; Minoru Yano; Takashi Horiuchi
DNA Research, Universal Academy Press Inc., 3巻, 3号, 掲載ページ 137-155, 出版日 1996年, 査読付, The 718,122 base pair sequence of the Escherichia coli K-12 genome corresponding to the region from 12.7 to 28.0 minutes on the genetic map is described. This region contains at least 681 potential open reading frames, of which 277 (41%) have been previously identified, 147 (22%) are homologous to other known genes, 139 (20%) are identical or similar to the hypothetical genes registered in databases, and the remaining 118 (17%) do not show a significant similarity to any other gene. In this region, we assigned a cluster of cit genes encoding multienzyme citrate lyase, two clusters of fimbrial genes and a set of lysogenic phage genes encoding integrase, excisionase and repressor in the e14 genetic element. In addition, a new valine tRNA gene, designated valZ, and a family of long directly repeated sequences, LDR-A, -B and -C, were found.
研究論文（学術雑誌）, 英語 - A 570-kb DNA sequence of the escherichia coli K-12 genome corresponding to the 28.0-40.1 min region on the linkage map
Hiroji Aiba; Tomoya Baba; Kouji Hayashi; Toshifumi Inada; Katumi Isono; Takeshi Itoh; Hiroaki Kasai; Kaoru Kashimoto; Shigenobu Kimura; Madoka Kitakawa; Masanari Kitagawa; Kozo Making; Takeyoshi Miki; Kiyoshi Mizobuchi; Hirotada Mori; Tomoko Mori; Kouji Motomura; Shinsuke Nakade; Yoshikazu Nakamura; Hiroko Nashimoto; Yoshitaka Nishio; Taku Oshima; Noriko Saito; Gen-Ichi Sampei; Yasushi Seki; Suharnan Sivasundaram; Hideaki Tagami; Jun-Ichi Takeda; Keiko Takemoto; Yasushi Takeuchi; Chieko Wada; Yoshihiro Yamamoto; Takashi Horiuchi
DNA Research, Universal Academy Press Inc., 3巻, 6号, 掲載ページ 363-377, 出版日 1996年, 査読付, The 569,750 base pair sequence corresponding to the 28.0-40.1 min region on the genetic map of Escherichia coli K-12 (W3110) was determined. This region includes the replication terminus region and contained at least 549 potential open reading frames. Among them, 160 (29%) were previously reported, 174 (32%) were homologous to other known genes, 102 (18%) were identical or similar to hypothetical genes registered in databases, and the remaining 113 (21%) did not show a significant similarity to any other gene. Of interest was the finding of a large number of genes and gene clusters in and near the replication termination region which had been thought to be genetically silent. Those included a cluster of genes for fatty acid β-oxidation, the third copy of the pot (spermidine/putrescine transport system) gene cluster, the second dpp (dipeptide transport system) operon, the second dsm (anaerobic dimethyl sulfoxide reductase) operon, a cluster of fim (fimbrial) genes and a DNA helicase-like gene with a high molecular weight. In addition, we found the dnaC- and dnaT-like genes in the cryptic prophage, Rac, and a number of genes originated probably from plasmids.
研究論文（学術雑誌）, 英語 - A 460-kb DNA sequence of the escherichia coli K-12 genome corresponding to the 40.1-50.0 min region on the linkage map
Takeshi Itoh; Hiroji Aiba; Tomoya Baba; Kouji Hayashi; Toshifumi Inada; Katumi Isono; Hiroaki Kasai; Shigenobu Kimura; Madoka Kitakawa; Masanari Kitagawa; Kozo Making; Takeyoshi Miki; Kiyoshi Mizobuchi; Hirotada Mori; Tomoko Mori; Kouji Motomura; Shinsuke Nakade; Yoshikazu Nakamura; Hiroko Nashimoto; Yoshitaka Nishio; Taku Oshima; Noriko Saito; Gen-Ichi Sampei; Yasushi Seki; Suharnan Sivasundaram; Hideaki Tagami; Jun-Ichi Takeda; Keiko Takemoto; Chieko Wada; Yoshihiro Yamamoto; Takashi Horiuchi
DNA Research, Universal Academy Press Inc., 3巻, 6号, 掲載ページ 379-392, 出版日 1996年, 査読付, The 465,813 base pair sequence corresponding to the 40.1-50.0 min region on the genetic map of Escherichia coli K-12 (W3110) was determined. Analysis of the sequence revealed that this region contained at least 466 potential open reading frames, of which 187 (40%) were previously reported, 105 (23%) were homologous to other known genes, 103 (22%) were identical or similar to hypothetical genes registered in databases, and the remaining 71 (15%) did not show a significant similarity to any other gene. At the 45.2-46.0 min region, we found a very large cluster of about 30 genes, whose functions are involved in the biosynthesis of polysaccharides as the components of outer membranes. In addition, we identified a new asn-tRNA gene, designated asnW, between the asnT and asnU genes and a new lysogenic phage attachment site as the crs-element.
研究論文（学術雑誌）, 英語 - STRUCTURAL COMPARISON OF THE FREE AND DNA-BOUND FORMS OF THE PURINE REPRESSOR DNA-BINDING DOMAIN
A NAGADOI; S MORIKAWA; H NAKAMURA; M ENARI; K KOBAYASHI; H YAMAMOTO; G SAMPEI; K MIZOBUCHI; MA SCHUMACHER; RG BRENNAN; Y NISHIMURA
STRUCTURE, CURRENT BIOLOGY LTD, 3巻, 11号, 掲載ページ 1217-1224, 出版日 1995年11月, 査読付, Background: The purine repressor (PurR) regulates genes that encode enzymes for purine biosynthesis. PurR has a two domain structure with an N-terminal DNA-binding domain (DBD) and a C-terminal corepressor binding domain (CBD). The three-dimensional structure of a ternary complex of PurR bound to both corepressor and a specific DNA sequence has recently been determined by X-ray crystallography.
Results: We have determined the solution structure of the PurR DBD by NMR. It contains three helices, with the first and second helices forming a helix-turn-helix motif. The tertiary structure of the three helices is very similar to that of the corresponding region in the ternary complex. The structure of the hinge helical region, however, which makes specific base contacts in the minor groove of DNA, is disordered in the DNA-free form.
Conclusion: The stable formation of PurR hinge helices requires PurR dimerization, which brings the hinge regions proximal to each other. The dimerization of the hinge helices is likely to be controled by the CBD dimerization interface, but is induced by specific-DNA binding.
研究論文（学術雑誌）, 英語 - Conformational changes of purine repressor DNA-binding domain upon complexation with DNA
Nagadoi, A; Nakazawa, K; Morikawa, S; Nakamura, H; Sampei, G; Mizobuchi, K; Yamamoto, H; Schumacher, M. A; Brennan, R. G; Nishimura, Y
Nucleic Acids Symp. Ser., 掲載ページ 63-64, 出版日 1995年, 査読付
研究論文（国際会議プロシーディングス）, 英語 - 15N and 13C labeling of Escherichia coli tRNAs toward the NMR analysis
Kawai, G; Takayanagi, M; Hayashi, N; Niimi, T; Sampei, G; Mizobuchi, K; Miyazawa,T; Yokoyama, S; Watanabe, K
Nucleic Acids Symp. Ser., 掲載ページ 131-132, 出版日 1992年
研究論文（国際会議プロシーディングス）, 英語 - Regulatory Network Coregulated by PurR/PUR box System
Sampei, G; Yonetani, Y; Nakamura, K; Mizobuchi, K
Cold Spring Harbor Laboratory Meeting on Molecular Genetics of Bacteria and Phages, 掲載ページ 176, 出版日 1990年08月
研究論文（国際会議プロシーディングス）, 英語 - Identification and Sequence Analysis of Escherichia coli purE and purK Genes Encoding 5'-Phosphoribosyl-5-Amino-4-imidazole Carboxylase for De Novo Purine Biosynthesis
Wakako Watanabe; Gen-ichi Sampei; Atsu Aiba; Kiyoshi Mizobuchi
Journal of Bacteriology, 171巻, 1号, 掲載ページ 198-204, 出版日 1989年12月, 査読付
研究論文（学術雑誌）, 英語 - THE ORGANIZATION OF THE PURL GENE ENCODING 5'-PHOSPHORIBOSYLFORMYLGLYCINAMIDE AMIDOTRANSFERASE OF ESCHERICHIA-COLI
G SAMPEI; K MIZOBUCHI
JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, AMER SOC BIOCHEMISTRY MOLECULAR BIOLOGY INC, 264巻, 35号, 掲載ページ 21230-21238, 出版日 1989年12月, 査読付
研究論文（学術雑誌）, 英語 - NUCLEOTIDE-SEQUENCE OF THE ESCHERICHIA-COLI PURF GENE ENCODING AMIDOPHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE FOR DE-NOVO PURINE NUCLEOTIDE SYNTHESIS
G SAMPEI; K MIZOBUCHI
NUCLEIC ACIDS RESEARCH, OXFORD UNIV PRESS UNITED KINGDOM, 16巻, 17号, 掲載ページ 8717-8717, 出版日 1988年09月, 査読付
研究論文（学術雑誌）, 英語
書籍等出版物
講演・口頭発表等
- 高度好熱菌プリンオペロンに存在するorfの遺伝子破壊と表現型解析
佐々木 麗央; 三瓶 嚴一
ポスター発表, 日本語, 第43回日本分子生物学会年会, 日本分子生物学会, オンライン
発表日 2020年12月02日 - ヌクレオチド合成系の起源と進化
三瓶嚴一
口頭発表（招待・特別）, 日本語, 生物環境イノベーション研究部門・公開シンポジウム ～生物進化の立場から生物環境を考える～, 招待, 東京理科大学 研究推進機構 総合研究院, 東京理科大学葛飾キャンパス図書館ホール, 国内会議
発表日 2020年11月12日 - 高度好熱菌ピリミジンヌクレオチド生合成系オペロンの転写開始点解析
齊藤 有紀; 小池 奈緒美; 青木 優里; 河合 剛太; 三瓶 嚴一
ポスター発表, 日本語, 第42回日本分子生物学会年会, 日本分子生物学会, 横浜
発表日 2019年12月06日 - 2種類の高度好熱菌Thermus thermophilus HB8由来PRPP synthetaseの酵素活性
若林 新; 河合 剛太; 三瓶 嚴一
ポスター発表, 日本語, 第42回日本分子生物学会年会, 日本分子生物学会, 福岡
発表日 2019年12月03日 - NGS解析による高度好熱菌からの新規small non-coding RNAの探索
青木 優里; 小池 奈緒美; 齊藤 有紀; 三瓶 嚴一; 河合 剛太
ポスター発表, 日本語, 第41回日本分子生物学会年会, 日本分子生物学会, 横浜
発表日 2018年11月30日 - 高度好熱菌Thermus thermophilus HB8由来IMP dehydrogenase (GuaB)の酵素活性特性の評価
計良 哲巧; 河合 剛太; 三瓶 嚴一
ポスター発表, 日本語, 第41回日本分子生物学会年会, 日本分子生物学会, 横浜
発表日 2018年11月30日 - 好熱好酸性アーキアSulfolobus tokodaii由来プリンヌクレオチド生合成の酵素FAICAR synthetaseの構造機能解析
三五 ちはる; 三瓶 嚴一; 河合 剛太; 根本 直樹
ポスター発表, 日本語, 第41回日本分子生物学会年会, 日本分子生物学会, 横浜
発表日 2018年11月28日 - 好熱好酸性アーキアSulfolobus tokodaii由来プリンヌクレオチド生合成の酵素FAICAR
三五 ちはる; 三瓶 嚴一; 河合 剛太; 根本 直樹
ポスター発表, 日本語, 第41回日本分子生物学会年会, 日本分子生物学会, 横浜
発表日 2018年11月28日 - Thermus thermophilus 由来チミジル酸合成酵素の立体構造とC末端ドメインの機能の解析
小川 青葉; 三瓶 嚴一; 河合 剛太
ポスター発表, 日本語, 第41回日本分子生物学会年会, 日本分子生物学会, 横浜
発表日 2018年11月28日 - 高度好熱菌ピリミジンヌクレオチド生合成系オペロンの転写開始点解析
齊藤 有紀; 小池 奈緒美; 青木 優里; 河合 剛太; 三瓶 嚴一
ポスター発表, 日本語, 第41回日本分子生物学会年会, 日本分子生物学会, 横浜
発表日 2018年11月28日 - 高度好熱菌プリンヌクレオチド生合成系オペロンの転写開始点解析
小池 奈緒美; 青木 優里; 河合 剛太; 三瓶 嚴一
ポスター発表, 日本語, 第41回日本分子生物学会年会, 日本分子生物学会, 横浜
発表日 2018年11月28日 - Gene organizations and their regulation in the nucleotide biosynthetic pathway
Gen-ichi Sampei; Gota Kawai
ポスター発表, 英語, 高度好熱菌 Thermus thermophilus発見50周年記念研究会, Thermus thermophilus Anniversary Committee, 静岡県 熱川ハイツ研修センター, 国際会議
発表日 2018年09月28日 - 好熱性メタン菌由来purPとpurOによる大腸菌purH遺伝子の相補
天貝 雄歩; 三瓶 嚴一; 河合 剛太; 根本 直樹
ポスター発表, 日本語, 生命科学系学会合同年次大会，第40回日本分子生物学会年会，第90回日本生化学会大会, 日本分子生物学会，日本生化学会, 神戸
発表日 2017年12月08日 - 好熱性メタン菌由来purPとpurOによる大腸菌purH遺伝子の相補
天貝 雄歩; 三瓶 嚴一; 河合 剛太; 根本 直樹
ポスター発表, 日本語, 生命科学系学会合同年次大会，第40回日本分子生物学会年会，第90回日本生化学会大会, 日本分子生物学会，日本生化学会, 神戸
発表日 2017年12月08日 - DNAマイクロアレイと次世代シーケンサーによるThermus themophilus HB8のRNomics
河合 剛太; 青木 優里; 大津 舞菜; 小池 奈緒美; 三瓶 嚴一
ポスター発表, 日本語, 生命科学系学会合同年次大会，第40回日本分子生物学会年会，第90回日本生化学会大会, 日本分子生物学会，日本生化学会, 神戸
発表日 2017年12月06日 - プリンヌクレオチド生合成系の編成
三瓶 嚴一; 河合 剛太
口頭発表（一般）, 日本語, 生命システム原材料の起源と進化研究会第3回研究交流会, 千葉県御宿, 国内会議
発表日 2017年09月06日 - 高度好熱菌プリンヌクレオチド生合成系オペロンのリプレッサーに関する研究
橋本 晃成; 河合 剛太; 三瓶 嚴一
口頭発表（一般）, 日本語, 生命システム原材料の起源と進化研究会第3回研究交流会, 千葉県御宿, 国内会議
発表日 2017年09月05日 - 高度好熱菌由来プリンヌクレオチド生合成系の初期2段階に関与するPurF・PurDに関する研究
山岡 翔一; 河合 剛太; 三瓶 嚴一
口頭発表（一般）, 日本語, 生命システム原材料の起源と進化研究会第3回研究交流会, 千葉県御宿, 国内会議
発表日 2017年09月05日 - 高度好熱菌由来IMP脱水素酵素（GuaB)の活性測定と結晶化
計良 哲巧; 河合 剛太; 三瓶 嚴一
口頭発表（一般）, 日本語, 生命システム原材料の起源と進化研究会第3回研究交流会, 千葉県御宿, 国内会議
発表日 2017年09月05日 - 高度好熱菌プリンヌクレオチド生合成系におけるオペロンの転写開始点の解析
小池 奈緒美; 河合 剛太; 青木 優里; 大津 舞菜; 三瓶 嚴一
口頭発表（一般）, 日本語, 生命システム原材料の起源と進化研究会第3回研究交流会, 千葉県御宿, 国内会議
発表日 2017年09月05日 - 高度好熱菌ピリミジンヌクレオチド生合成系におけるオペロンの転写開始点の解析
齊藤 有紀; 河合 剛太; 青木 優里; 大津 舞菜; 三瓶 嚴一
口頭発表（一般）, 日本語, 生命システム原材料の起源と進化研究会第3回研究交流会, 千葉県御宿, 国内会議
発表日 2017年09月05日 - ヌクレオチド生合成系遺伝子の編成
三瓶嚴一; 河合剛太
口頭発表（一般）, 日本語, 第39回日本分子生物学会年会, 日本分子生物学会, 横浜
発表日 2016年12月02日 - プリンヌクレオチド生合成系における反応の系統的理解
河合剛太; 三瓶嚴一
口頭発表（一般）, 日本語, 第89回日本生化学会大会, 日本生化学会, 仙台
発表日 2016年09月26日 - 高度好熱菌由来PRPP合成酵素(TtPrs)の結晶化と活性測定
青木 秀彰; 河合 剛太; 三瓶 嚴一
口頭発表（一般）, 日本語, 生命システム原材料の起源と進化研究会第2回研究交流会, 千葉県御宿, 国内会議
発表日 2016年08月05日 - 高度好熱菌由来PRPP合成酵素(TtPrs)の結晶化と活性測定
青木 秀彰; 河合 剛太; 三瓶 嚴一
口頭発表（一般）, 日本語, 生命システム原材料の起源と進化研究会第2回研究交流会, 千葉県御宿, 国内会議
発表日 2016年08月05日 - 高度好熱菌由来PurUの活性測定
佐藤 広大; 三瓶 嚴一
口頭発表（一般）, 日本語, 生命システム原材料の起源と進化研究会第2回研究交流会, 千葉県御宿, 国内会議
発表日 2016年08月05日 - 高度好熱菌由来PurK，PurEの立体構造解析および相互作用解析
下邨 正裕; 河合 剛太; 三瓶 嚴一
口頭発表（一般）, 日本語, 生命システム原材料の起源と進化研究会第2回研究交流会, 千葉県御宿, 国内会議
発表日 2016年08月05日 - 高度好熱菌プリンヌクレオチド生合成系オペロンの発現制御に関する研究
橋本 晃成; 河合 剛太; 三瓶 嚴一
口頭発表（一般）, 日本語, 生命システム原材料の起源と進化研究会第2回研究交流会, 千葉県御宿, 国内会議
発表日 2016年08月05日 - 高度好熱菌由来 グルタミンPRPPアミドトランスフェラーゼに関する研究
山岡 翔一; 河合 剛太; 三瓶 嚴一
口頭発表（一般）, 日本語, 生命システム原材料の起源と進化研究会第2回研究交流会, 千葉県御宿, 国内会議
発表日 2016年08月05日 - 高度好熱菌由来PurHの構造解析と機能解析
峯山 元輝; 三瓶 嚴一
口頭発表（一般）, 日本語, 生命システム原材料の起源と進化研究会第2回研究交流会, 千葉県御宿, 国内会議
発表日 2016年08月05日 - プリンヌクレオチド生合成系遺伝子群の編成
河合剛太; 三瓶嚴一
口頭発表（一般）, 日本語, 第38回日本分子生物学会年会・第88回日本生化学会大会合同大会, 日本分子生物学会、日本生化学会, 神戸
発表日 2015年12月03日 - プリンヌクレオチド合成系の進化
三瓶嚴一; 河合剛太
口頭発表（一般）, 日本語, 第38回日本分子生物学会年会・第88回日本生化学会大会合同大会, 日本分子生物学会、日本生化学会, 神戸
発表日 2015年12月03日 - ゲノム，遺伝子編成に関する問題提起
三瓶 嚴一
口頭発表（一般）, 日本語, 生命システム原材料の起源と進化研究会第1回研究交流会, 千葉県御宿, 国内会議
発表日 2015年09月10日 - GMP合成に関与するGuaB，GuaAの構造解析および相互作用解析
山下 惇; 三瓶 嚴一
口頭発表（一般）, 日本語, 生命システム原材料の起源と進化研究会第1回研究交流会, 千葉県御宿, 国内会議
発表日 2015年09月09日 - 立体構造から見たプリンヌクレオチド生合成系酵素の起源と進化：N5-CAIR synthetase(PurK)の反応メカニズムと関連酵素群との進化的な関係
三瓶 嚴一; 河合 剛太
口頭発表（一般）, 日本語, 第87回日本生化学会大会, 国内会議
発表日 2014年10月 - 好熱菌由来 PurMタンパク質の結晶構造解析
金川 真由美; 馬場 清喜; 渡邊 雄三; 三瓶 嚴一; 河合 剛太
口頭発表（一般）, 日本語, 第87回日本生化学会大会, 国内会議
発表日 2014年10月 - Sulfolobus tokodaii 由来PurQタンパク質の無細胞合成系による調製とグルタミナーゼ活性の確認
渡辺雄三; 三瓶嚴一; 河合剛太
口頭発表（一般）, 日本語, 第87回日本生化学会大会, 国内会議
発表日 2014年10月 - プリンヌクレオチド生合成系酵素の分子進化
三瓶 嚴一; 河合 剛太
口頭発表（一般）, 日本語, 第4回モデル生物丸ごと一匹学会・第13回理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト連携研究会共催,The 4th annual meeting for whole-organism science society Joint meeting with The 13th annual meeting of structural-biological whole cell project
発表日 2014年09月 - プリン生合成系におけるグルタミンアミド基転移酵素の反応機構
渡邊 雄三; 三瓶 嚴一; 河合 剛太
口頭発表（一般）, 日本語, 第4回モデル生物丸ごと一匹学会・第13回理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト連携研究会共催,The 4nd annual meeting for whole-organism science society Joint meeting with The 13th annual meeting of structural-biological whole cell project
発表日 2014年09月 - Thermus thermophilus HB8 由来PurFとPurDの相互作用解析
石井 宏則; 河合 剛太; 三瓶 嚴一
口頭発表（一般）, 日本語, 第4回モデル生物丸ごと一匹学会・第13回理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト連携研究会共催,The 4nd annual meeting for whole-organism science society Joint meeting with The 13th annual meeting of structural-biological whole cell project
発表日 2014年09月 - プリンヌクレオチド生合成系酵素群の分子進化
河合 剛太; 渡邊 雄三; 三瓶 嚴一
口頭発表（一般）, 日本語, モデル生物丸ごと一匹学会 理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト連携研究会,The 3nd annual meeting for whole-organism science society Joint meeting with The 12th annual meeting of structural-biological whole cell project
発表日 2013年09月 - ホルミルグリシンアミドリボヌクレオチドアミドトランスフェラーゼの構造機能解析
渡邊 雄三; 三瓶 嚴一; 河合 剛太
口頭発表（一般）, 日本語, モデル生物丸ごと一匹学会 理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト連携研究会,The 3nd annual meeting for whole-organism science society Joint meeting with The 12th annual meeting of structural-biological whole cell project
発表日 2013年09月 - プリンヌクレオチド生合成系酵素群における分子進化
河合剛太; 三瓶嚴一
口頭発表（一般）, 日本語, 第86回日本生化学会大会, 日本生化学会, 横浜
発表日 2013年09月 - 立体構造から見たプリンヌクレオチド生合成系酵素の起源と進化
河合剛太; 三瓶嚴一
口頭発表（一般）, 日本語, 電気通信大学生命科学シンポジウム 『生命システム原材料の起源と進化：生化学的禁制律』, 電気通信大学, 東京
発表日 2013年03月 - Thermus thermophilus HB8由来PurUの結晶構造
Yuki Yanagida; Naoki Ogata; Mayumi Kusano; Mayumi Kanagawa; Yumiko Inoue; Seiki Baba; Gota Kawai; Gen-ichi Sampei
口頭発表（一般）, 日本語, モデル生物丸ごと一匹学会 理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト連携研究会,The 2nd annual meeting for whole-organism science society Joint meeting with The 11th annual meeting of structural-biological whole cell project
発表日 2012年09月 - Crystal structure of PurC from Sulfolobus tokodaii
Ryosuke Umebayashi; Mayumi Kanagawa; Seiki Baba; Gota Kawai; Gen-ichi Sampei
口頭発表（一般）, 日本語, モデル生物丸ごと一匹学会 理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト連携研究会,The 2nd annual meeting for whole-organism science society Joint meeting with The 11th annual meeting of structural-biological whole cell project
発表日 2012年09月 - Origin and evolution of the enzymes in the purine biosynthetic pathway: an analysis in view of protein structures
Gen-ichi Sampei; Seiki Baba; Mayumi Kanagawa; Gota Kawai
口頭発表（一般）, 日本語, モデル生物丸ごと一匹学会 理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト連携研究会,The 2nd annual meeting for whole-organism science society Joint meeting with The 11th annual meeting of structural-biological whole cell project
発表日 2012年09月 - Reaction mechanisms of the two related enzymes, PurN and PurU
Mayumi Kusano; Toshiaki Shimasaki; Gen-ichi Sampei; Gota Kawai
口頭発表（一般）, 日本語, モデル生物丸ごと一匹学会 理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト連携研究会,The 2nd annual meeting for whole-organism science society Joint meeting with The 11th annual meeting of structural-biological whole cell project
発表日 2012年09月 - 立体構造から見たプリンヌクレオチド生合成系酵素の起源と進化
河合剛太; 三瓶嚴一
口頭発表（一般）, 日本語, 2011理研・千葉工業大学共催シンポジウム「生命システム原材料の起源と進化：生体分子は如何にして作られたか？」, 独立行政法人理化学研究所、千葉工業大学（共催）, 東京
発表日 2011年11月 - 立体構造から見たプリンヌクレオチド生合成系酵素の起源と進化
三瓶嚴一; 河合剛太
口頭発表（一般）, 日本語, 第84回日本生化学会大会, 日本生化学会, 京都
発表日 2011年09月 - Dissecting enzyme mechanisms in the purine nucleotides biosynthetic pathway
Gota Kawai; Mayumi Kusano; Seiki Baba; Mayumi Kanagawa; Gen-ichi Sampei
口頭発表（一般）, 日本語, モデル生物丸ごと一匹学会 理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト連携研究会,第1回 モデル生物丸ごと一匹学会 第10回 理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト連携研究会 共催
発表日 2011年08月 - Thermus thermophilus HB8プリンヌクレオチド生合成系オペロンの発現機構解析
山本秀哉; 渡辺大河; 松浦周作; 中島健太; 河合剛太; 三瓶嚴一
口頭発表（一般）, 日本語, モデル生物丸ごと一匹学会 理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト連携研究会,第1回 モデル生物丸ごと一匹学会 第10回 理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト連携研究会 共催
発表日 2011年08月 - Sulfolobus tokodaii由来GMP合成酵素のX線結晶構造解析
鷲尾浩伸; 斎藤祐介; 渡辺拓也; 籠谷典亮; 田村さと子; 鈴木咲子; 金川真由美; 馬場清喜; 三瓶嚴一; 河合剛太
口頭発表（一般）, 日本語, モデル生物丸ごと一匹学会 理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト連携研究会,第1回 モデル生物丸ごと一匹学会 第10回 理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト連携研究会 共催
発表日 2011年08月 - プリSulfolobus tokodaii由来PurFの結晶構造
宮澤良太; 梅林亮輔; 柳田優輝; 岡田潔; 金川真由美; 馬場清喜; 河合剛太; 三瓶嚴一
口頭発表（一般）, 日本語, モデル生物丸ごと一匹学会 理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト連携研究会,第1回 モデル生物丸ごと一匹学会 第10回 理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト連携研究会 共催
発表日 2011年08月 - 立体構造から見たプリンヌクレオチド生合成系タンパク質の起源と進化
河合剛太; 三瓶嚴一
口頭発表（一般）, 日本語, 第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会大会合同大会, 日本分子生物学会、日本生化学会, 神戸
発表日 2010年12月 - N
5-CAIR synthetase (PurK)の基質認識メカニズムの解析
三瓶 嚴一; 高 広行; 田村 さと子; 馬場 清喜; 河合 剛太
口頭発表（一般）, 日本語, 第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会大会合同大会, 国際会議
発表日 2010年09月 - Thermotoga maritima由来PurKの結晶構造解析
宮澤良太; 金川真由美; 馬場清喜; 中川紀子; 海老原章郎; 河合剛太; 三瓶嚴一
口頭発表（一般）, 日本語, 理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト連携研究会,理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト第９回連携研究会
発表日 2010年08月 - プリン・ピリミジンヌクレオチド生合成系の丸ごと解析
三瓶嚴一; 宮澤良太; 山本秀哉; 鈴木咲子; 馬場清喜; 中川紀子; 海老原章郎; 河合剛太
口頭発表（一般）, 日本語, 理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト連携研究会,理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト第９回連携研究会
発表日 2010年08月 - 高度高熱菌における新規低分子RNAの検索
河合剛太; 伊藤寛啓; 島田彬人; 倉光成紀; 三瓶嚴一; 別所義隆
口頭発表（一般）, 日本語, 理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト連携研究会,理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト第９回連携研究会
発表日 2010年08月 - Geobacillus kaustophilus由来PurHの結晶構造解析
三井翔平; 金川真由美; 馬場清喜; 中川紀子; 海老原章郎; 河合剛太; 三瓶嚴一
口頭発表（一般）, 日本語, 日本分子生物学会,第32回日本分子生物学会年会
発表日 2009年12月 - プリン・ピリミジンヌクレオチド生合成系の丸ごと解析
河合剛太; 鈴木咲子; 三井翔平; 金川真由美; 馬場清喜; 中川紀子; 海老原章郎; 三瓶嚴一
口頭発表（一般）, 日本語, 理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト連携研究会,理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト第８回連携研究会
発表日 2009年08月 - Thermus thermophilus 由来PurLの結晶構造解析
鈴木咲子; 矢内久陽; 金川真由美; 田村さと子; 渡邊雄三; 布施亨太郎; 馬場清貴; 三瓶嚴一; 河合剛太
口頭発表（一般）, 日本語, 理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト連携研究会,理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト第８回連携研究会
発表日 2009年08月 - Geobacillus kaustophilus由来PurHの結晶構造解析
三井翔平; 金川真由美; 馬場清喜; 中川紀子; 海老原章郎; 河合剛太; 三瓶嚴一
口頭発表（一般）, 日本語, 理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト連携研究会,理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト第８回連携研究会
発表日 2009年08月 - Sulfolobus tokodaii由来PurSタンパク質の結晶構造解析
鈴木咲子; 田村さと子; 岡田潔; 馬場清喜; 熊坂崇; 三瓶嚴一; 河合剛太
口頭発表（一般）, 日本語, 日本分子生物学会、日本生化学会,第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会合同大会
発表日 2008年12月 - プリン・ピリミジンヌクレオチド生合成系の丸ごと解析
三瓶嚴一; 高広行; 松浦周作; 鈴木咲子; 金川真由美; 馬場清喜; 中川紀子; 海老原章郎; 河合剛太
口頭発表（一般）, 日本語, 理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト連携研究会,理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト第７回連携研究会
発表日 2008年09月 - Thermus thermophilus HB8由来PurAの結晶構造及び機能解析
高広行; 金川真由美; 北村吉章; 中川紀子; 海老原章郎; 河合剛太; 三瓶嚴一
口頭発表（一般）, 日本語, 理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト連携研究会,理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト第７回連携研究会
発表日 2008年09月 - Sulfolobus tokodaii由来PurSタンパク質の結晶構造解析
鈴木咲子; 馬場清喜; 中川紀子; 海老原章郎; 三瓶嚴一; 河合剛太
口頭発表（一般）, 日本語, 理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト連携研究会,理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト第７回連携研究会
発表日 2008年09月 - Crystal structures of GAR transformylase 1 (PurN) from A. aeolicus, S. toebii and G. kaustophilus
Gota Kawai; Mayumi Kanagawa; Seiki Baba; Takeshi Nagira; Yayoi Fujimoto; Ryosuke Oonishi; Noriko Ito; Noriko Nakagawa; Akio Ebihara; Seiki Kuramitsu; Gen-ichi Sampei
口頭発表（一般）, 英語, XXI Congress of International Union of Crystallography
発表日 2008年08月 - Crystal structures of GAR synthetase (PurD) from A. aeolicus, G. kaustophilus and T. thermophilus
Seiki Baba; Mayumi Kanagawa; Hisaaki Yanai; Takeshi Ishii; Nobuko Maoka; Nagisa Takemoto; Noriko Ito; Miwa Ohmori; Yayoi Fujimoto; Noriko Nakagawa; Akio Ebihara; Seiki Kuramitsu; Gota Kawai; Gen-ichi Sampei
口頭発表（一般）, 英語, XXI Congress of International Union of Crystallography
発表日 2008年08月 - Structural genomics on the purine nucleotides biosynthetic pathway
Gen-ichi Sampei; Seiki Baba; Mayumi Kanagawa; Noriko Nakagawa; Akio Ebihara; Seiki Kuramitsu; Gota Kawai
口頭発表（一般）, 英語, XXI Congress of International Union of Crystallography
発表日 2008年08月 - Crystal structures of N5-CAIR synthetase (PurK) from A. aeolicus, T. thermophilus and S. tokodaii
Hiroyuki Taka; Satoko Tamura; Satoshi Tsunoda; Kiyoshi Okada; Seiki Baba; Mayumi Kanagawa; Miho Manzoku; Yukiko Utsunomiya; Masami Nishida; Noriko Nakagawa; Akio Ebihara; Seiki Kuramitsu; Gota Kawai; Gen-ichi Sampei
口頭発表（一般）, 英語, XXI Congress of International Union of Crystallography
発表日 2008年08月 - Crystal structure of GMP synthetase (GuaA) from T. thermophilus
Mayumi Kanagawa; Seiki Baba; Hiroya Kawai; Yoko Fukai; Yumiko Inoue; Noriko Nakagawa; Akio Ebihara; Seiki Kuramitsu; Gota Kawai; Gen-ichi Sampei
口頭発表（一般）, 英語, XXI Congress of International Union of Crystallography
発表日 2008年08月 - Aquifex aeolicus VF5由来PurKタンパク質の結晶構造解析
田村さと子; 岡田潔; 馬場清喜; 金川真由美; 三瓶嚴一; 河合剛太
口頭発表（一般）, 日本語, 日本分子生物学会、日本生化学会,第30回日本分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会合同大会
発表日 2007年12月 - Sulfolobus tokodaii由来のdCTP deaminaseの結晶構造解析 ：ピリミジンヌクレオチド合成系のシステム生物学に向けて
金川真由美; 馬場清喜; 海老原章郎; 倉光成紀; 河合剛太; 三瓶嚴一
口頭発表（一般）, 日本語, 日本分子生物学会、日本生化学会,第30回日本分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会合同大会
発表日 2007年12月 - プリン・ピリミジンヌクレオチド生合成系の丸ごと解析
河合剛太; 田村さと子; 金川真由美; 馬場清喜; 中川紀子; 海老原章郎; 三瓶嚴一
口頭発表（一般）, 日本語, 理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト連携研究会,理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト第６回連携研究会
発表日 2007年08月 - Thermus thermophilus HB8のシステム生物学に向けて：Thermus thermophilus HB8由来GuaB,GuaA,PurAおよびPurBの結晶構造と機能
金川真由美; 馬場清喜; 海老原章郎; 倉光成紀子; 河合剛太; 三瓶嚴一
口頭発表（一般）, 日本語, 理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト連携研究会,理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト第６回連携研究会
発表日 2007年08月 - Geobacillus kaustophilus 由来PurDタンパク質の結晶構造解析
馬場清喜; 金川真由美; 中川紀子; 海老原章郎; 河合剛太; 三瓶嚴一
口頭発表（一般）, 日本語, 理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト連携研究会,理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト第６回連携研究会
発表日 2007年08月 - Thermus thermophilus HB8における遺伝子間領域の発現解析
伊藤寛啓; 中川紀子; 倉光成紀; 三瓶嚴一; 河合剛太
口頭発表（一般）, 日本語, 理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト連携研究会,理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト第５回連携研究会
発表日 2006年08月 - Geobacillus kaustophilus 由来PurDタンパク質の結晶構造解析
馬場清喜; 金川真由美; 中川紀子; 海老原章郎; 河合剛太; 三瓶嚴一
口頭発表（一般）, 日本語, 理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト連携研究会,理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト第５回連携研究会
発表日 2006年08月 - Aquifex aeolicus 由来PurKタンパク質の結晶構造解析
金川真由美; 馬場清喜; 中川紀子; 海老原章郎; 河合剛太; 三瓶嚴一
口頭発表（一般）, 日本語, 理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト連携研究会,理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト第５回連携研究会
発表日 2006年08月 - Thermus thermophilus HB8由来PurKタンパク質の結晶構造解析
角田悟; 奥田健司; 馬場清喜; 金川真由美; 中川紀子; 河合剛太; 三瓶嚴一
口頭発表（一般）, 日本語, 理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト連携研究会,理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト第５回連携研究会
発表日 2006年08月 - プリン・ピリミジンヌクレオチド生合成系の丸ごと解析
河合剛太; 田村さと子; 角田悟; 奥田健司; 岡田潔; 金川真由美; 馬場清喜; 中川紀子; 海老原章郎; 三瓶嚴一
口頭発表（一般）, 日本語, 理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト連携研究会,理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト第５回連携研究会
発表日 2006年08月 - プラスミドゲノムの編成と多様性に関する研究：IncMプラスミドpIP135のゲノム解析
冨永健一郎; 溝渕潔; 三瓶嚴一
口頭発表（一般）, 日本語, 日本分子生物学会,第28回日本分子生物学会年会
発表日 2005年12月 - 高度好熱菌Thermus thermophilus トリプトファン生合成系オペロンの発現解析
大島裕二; 秋林淳; 長岡克浩; 玉腰雅忠; 山岸明彦; 倉光成紀; 三瓶嚴一
口頭発表（一般）, 日本語, 日本分子生物学会,第28回日本分子生物学会年会
発表日 2005年12月 - Thermus thermophilus HB8由来GAR synthetaseの結晶構造
三瓶嚴一; 石井健; 矢内久陽; 馬場清喜; 真岡伸子; 中川紀子; 金川真由美; 河合剛太
口頭発表（一般）, 日本語, 日本分子生物学会,第28回日本分子生物学会年会
発表日 2005年12月 - DNAマイクロアレイによる高度好熱菌ゲノムの遺伝子間領域の発現解析
伊藤寛啓; 柏原愛子; 吉良聡; 中川紀子; 倉光成紀; 三瓶嚴一; 河合剛太
口頭発表（一般）, 日本語, 日本分子生物学会,第28回日本分子生物学会年会
発表日 2005年12月 - Thermus thermophilus HB8由来PurDタンパク質の結晶構造解析
三瓶嚴一; 石井健; 矢内久陽; 馬場清喜; 真岡伸子; 中川紀子; 金川真由美; 河合剛太
口頭発表（一般）, 日本語, 理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト連携研究会,理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト第４回連携研究会
発表日 2005年08月 - Thermus thermophilus HB8プリンヌクレオチド生合成系蛋白質PurS(TTHA1516)の結晶構造解析
矢内久陽; 金川真由美; 河合剛太; 三瓶嚴一
口頭発表（一般）, 日本語, 理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト連携研究会,理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト第４回連携研究会
発表日 2005年08月 - DNAマイクロアレイによる遺伝子間領域の発現解析
伊藤寛啓; 柏原愛子; 吉良聡; 中川紀子; 倉光成紀; 三瓶嚴一; 河合剛太
口頭発表（一般）, 日本語, 理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト連携研究会,理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト第４回連携研究会
発表日 2005年08月 - プラスミドゲノムの編成と多様性に関する研究:IncFVプラスミドF0lacのゲノム解析
外山拓哉; 三瓶嚴一; 溝渕潔
口頭発表（一般）, 日本語, 日本分子生物学会,第27回日本分子生物学会年会
発表日 2004年12月 - 高度好熱菌PurDタンパク質の結晶構造解析
三瓶嚴一; 石井健; 矢内久陽; 馬場清喜; 真岡伸子; 中川紀子; 金川真由美; 河合剛太
口頭発表（一般）, 日本語, 日本結晶学会,日本結晶学会年会2005
発表日 2004年11月 - 高度好熱菌Thermus thermophilus HB8由来GMP synthetaseの結晶構造
石井健; 馬場清喜; 金川真由美; 矢内久陽; 河合宏哉; 海老原章郎; 中川紀子; 河合剛太; 三瓶嚴一
口頭発表（一般）, 日本語, 理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト連携研究会,理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト第３回連携研究会
発表日 2004年07月 - Efficient Alignment Method for RNA Secondary Structures Including Pseudoknots
Shinnosuke Seki; Atsushi Kijima; Satoshi Kobayasi; Gen-ichi Sampei
口頭発表（一般）, 英語, IPSJ SIG Technical Report
発表日 2004年 - 高度好熱菌グアニレートキナーゼの結晶構造解析
三瓶嚴一; 金川真由美; 矢内久陽; 石井健; 河合宏哉; 深井陽子; 寺尾佳代子; 中川紀子; 真岡伸子; 河合剛太
口頭発表（一般）, 日本語, 日本結晶学会,日本結晶学会年会2003
発表日 2003年12月 - 高度好熱菌Thermus thermophilus HB8由来GMP synthetaseの結晶構造
矢内久陽; 金川真由美; 石井健; 河合宏哉; 深井陽子; 海老原章郎; 中川紀子; 河合剛太; 三瓶嚴一
口頭発表（一般）, 日本語, 日本分子生物学会,第26回日本分子生物学会年会
発表日 2003年12月 - Organization of the genes of purine nucleotide biosynthetic pathway -Approach from 3D structure of gene products-
Gen-ichi Sampei; Hisaaki Yanai; Takeshi Ishii; Hiroya Kawai; Yoko Fukai; Mayumi Kanagawa; Gota Kawai
口頭発表（一般）, 英語, 2nd Annual Meeting of Structural-Biological Whole Cell Project of Thermus thermophilus HB8
発表日 2003年08月 - プラスミドの編成と多様性に関する研究：IncFIIIプラスミドColB-K98のゲノム解析
黒田隆平; 三瓶嚴一; 溝渕潔
口頭発表（一般）, 日本語, 日本分子生物学会,第25回日本分子生物学会年会
発表日 2002年12月 - 高度好熱菌Thermus thermophilus HB8のプリンヌクレオチド生合成系タンパク質の立体構造解析
金川真由美; 河合剛太; 三瓶嚴一
口頭発表（一般）, 日本語, 理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクトストラクチュローム連携研究会,理研セミナー高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト第１回ストラクチュローム連携研究会
発表日 2002年07月 - トレオニン、メチオニン生合成系遺伝子群の編成
三瓶嚴一; 常松拓司; 秦 昌史; 溝渕 潔
口頭発表（一般）, 日本語, 日本分子生物学会,第24回日本分子生物学会年会
発表日 2001年12月 - 高度好熱菌プリン合成系タンパク質の結晶化
金川真由美; 寺尾佳代子; 増井良治; 柴田武彦; 井上頼直; 野嶽勇一; 石嶋 潤; 横山茂之; 倉光成紀; 高久 洋; 濡木 理; 河合剛太; 三瓶嚴一
口頭発表（一般）, 日本語, 日本結晶学会,日本結晶学会年会2001
発表日 2001年10月 - 高度高熱菌guanylate kinaseの結晶化
金川真由美; 増井良治; 柴田武彦; 井上頼直; 横山茂之; 倉光成紀; 高久 洋; 河合剛太; 三瓶嚴一
口頭発表（一般）, 日本語, 日本結晶学会,日本結晶学会2000年度年会
発表日 2000年10月 - プリンヌクレオチド生合成系遺伝子群の編成
三瓶嚴一; 芝 清隆; 溝渕 潔
口頭発表（一般）, 日本語, 日本分子生物学会年会,第22回日本分子生物学会年会
発表日 1999年12月 - 機能モジュールの「組み合わせ」によるゲノム多様性の分子機構
溝渕 潔; 斎藤裕弘; 鈴木卓司; 三瓶嚴一
口頭発表（一般）, 日本語, 日本分子生物学会年会,第22回日本分子生物学会年会
発表日 1999年12月 - 遺伝子の「組み合わせ」によるゲノム多様性の獲得
芝 清隆; 三瓶嚴一; 茂木浩未; 野田哲生; 溝渕 潔
口頭発表（一般）, 日本語, 日本分子生物学会,第21回日本分子生物学会年会
発表日 1998年12月 - IncI1プラスミドR64の全ゲノム解析
駒野照弥; 佐々木孝寛; 立花恵子; 古屋伸久; 斉藤裕弘; 鈴木卓司; 三瓶嚴一; 溝渕 潔
口頭発表（一般）, 日本語, 日本分子生物学会,第21回日本分子生物学会年会
発表日 1998年12月 - プラスミドゲノムの編成と多様性に関する研究：IncF２プラスミドR100の全ゲノム解析
三瓶嚴一; 関 也寸志; 清水宏明; 溝渕 潔
口頭発表（一般）, 日本語, 日本分子生物学会,第21回日本分子生物学会年会
発表日 1998年12月 - プラスミドゲノムの編成と多様性に関する研究：Fプラスミドの全ゲノム解析
清水宏明; 上原一晃; 三瓶嚴一; 溝渕 潔
口頭発表（一般）, 日本語, 日本分子生物学会年会,第21回日本分子生物学会年会
発表日 1998年12月 - ゲノムの編成と多様化
溝渕 潔; 三瓶嚴一
口頭発表（一般）, 日本語, 日本生物物理学会,第36回日本生物物理学会
発表日 1998年09月 - 乳酸菌プラスミドpLY101の全塩基配列
三瓶嚴一; 上原一晃; 溝渕 潔; 門多真理子; 白沢幸生; 郷木達雄
口頭発表（一般）, 日本語, 日本乳酸菌学会,1998年度日本乳酸菌学会研究集会
発表日 1998年07月 - Lactobacillus casei シロタ株の染色体上に存在するラクトースオペロンの構造
白沢幸生; 木脇真祐美; 上原一晃; 三瓶嚴一; 溝渕 潔; 門多真理子
口頭発表（一般）, 日本語, 日本乳酸菌学会,1998年度日本乳酸菌学会研究集会
発表日 1998年07月 - プリンリプレッサーDNA結合ドメインの構造変化
馮 梅; 長土居 有隆; 三瓶 嚴一; 溝渕 潔; 西村 善文
口頭発表（一般）, 日本語, 日本生物物理学会,第35回日本生物物理学会
発表日 1997年09月 - Organization and diversification of the genome of plasmid ColIb-P9
Koji Motomura; Shinji Masuda; Yasushi Seki; Gin-ichi Sampei; Kiyoshi Mizobuchi
口頭発表（一般）, 英語, Intenational Workshop on Recent Advance in Genome Biology of Micro-organisms, Kazusa DNA Research Institute, Makuhari
発表日 1996年10月 - PurRタンパク質DNA結合領域の2D-プロトンNMRによる構造解析
江成 政人; 山本 康裕; 三瓶 嚴一; 溝渕 潔; 西村 善文
口頭発表（一般）, 日本語, 日本生物物理学会,第29回日本生物物理学会
発表日 1991年09月
担当経験のある科目_授業
- K課程輪講
The University of Electro-Communications - K課程輪講
電気通信大学 - 化学生命工学実験第二
電気通信大学 - 化学生命工学実験第一
電気通信大学 - Instrumental Analysis
The University of Electro-Communications - 機器分析学
電気通信大学 - General Biochemistry
The University of Electro-Communications - 生物化学
電気通信大学 - Molecular Biology
The University of Electro-Communications - 分子生物学
電気通信大学 - Selected Topics in Genome Biology
The University of Electro-Communications - ゲノム生物学特論
電気通信大学 - Systems Biology
The University of Electro-Communications - システム生物学
電気通信大学 - Bioscience and Technology Laboratory ⅠI
The University of Electro-Communications - 生体機能システム実験第二
電気通信大学 - Bioscience and Technology Laboratory Ⅰ
The University of Electro-Communications - 生体機能システム実験第一
電気通信大学 - Biochemistry and Engineering
The University of Electro-Communications - 生体機能分子工学
電気通信大学