関　新之助

情報・ネットワーク工学専攻准教授
Ⅰ類（情報系）准教授
研究者情報

学位

  • 博士（理学）
  • Ph.D. (Computer Science), University of Western Ontario

研究キーワード

  • 自己組織化理論

研究分野

  • 情報通信, 計算科学
  • ナノテク・材料, ナノマイクロシステム
  • 情報通信, 情報学基礎論

経歴

  • 2018年09月 - 現在
    Ecole Normale Superieure de Lyon, Invited Professor, フランス共和国
  • 2013年09月 - 2015年03月
    Academy of Finland, Postdoctoral Researcher, Principal Investigator, フィンランド共和国
  • 2012年02月 - 2013年08月
    Aalto University, Department of Information and Computer Science, Postdoctoral Researcher, フィンランド共和国
  • 2011年05月01日 - 2012年02月15日
    京都大学, 薬学研究科, 博士研究員
  • 2010年09月 - 2011年04月
    University of Western Ontario, Department of Computer Science, Postdoctoral Researcher, カナダ

学歴

  • 2006年09月01日 - 2010年08月31日
    ウェスタンオンタリオ大学, Department of Computer Science, カナダ
  • 2004年04月01日 - 2006年03月31日
    電気通信大学, 情報工学専攻

委員歴

  • 2024年02月 - 現在
    Member, Program Committee of the IEEE 3rd Conference on Information Technology and Data Science (CITDS 2024)
  • 2023年11月 - 現在
    Member, Program Committee of the 26th International Conference on Descriptional Complexity of Formal Systems (DCFS 2024), 学協会
  • 2023年09月 - 現在
    Co-chair, Program Committee of the 30th International Conference on DNA Computing and Molecular Programming (DNA30), 学協会
  • 2023年08月 - 現在
    Member, Organizing Committee of the 28th International Conference on Implementation and Application of Automata (CIAA 2024), 学協会
  • 2023年07月 - 現在
    Member, Organizing Committee of the 21st International Conference on Unconventional Computation and Natural Computation (UCNC 2024), 学協会
  • 2022年09月 - 現在
    Member, Steering Committee of the International Conference on Machines, Computations, and Universality (MCU), 学協会
  • 2021年10月 - 現在
    Co-chair, Steering Committee of the International Conference on Unconventional Computation and Natural Computation (UCNC), Co-chair
  • 2019年09月 - 現在
    Area Editor, New Generation Computing, Editorial Board, 学協会
  • 2018年04月 - 現在
    Advisory Board, Springer Natural Computing Book-Series, 学協会
  • 2017年08月 - 現在
    Member, Steering Committee of International Conference on Developments in Language Theory (DLT), 学協会
  • 2022年09月 - 2023年09月
    Member, Program Committee of the 29th International Conference on DNA Computing and Molecular Programming (DNA29), 学協会
  • 2022年09月 - 2023年09月
    Member, Program Committee of the 27th International Conference on Implementation and Application of Automata (CIAA2023), 学協会
  • 2022年07月 - 2023年07月
    Member, Program Committee of the 25th International Conference on Descriptional Complexity of Formal Systems (DCFS 2023), 学協会
  • 2022年04月 - 2023年07月
    Member, Program Committee of the 19th Conference on Computability in Europe (CiE2023), 学協会
  • 2018年04月01日
    専門委員, 情報処理学会アルゴリズム研究会
  • 2018年04月01日
    関 新之助, 情報処理学会アルゴリズム研究会
  • 2014年10月01日
    関 新之助, 情報処理学会論文誌「数理モデル化と応用」編集委員会, 学協会
研究活動情報

受賞

  • 受賞日 2018年02月
    European Association for Theoretical Computer Science (EATCS)
    LA/EATCS Best Presentation Award
    国際学会・会議・シンポジウム等の賞
  • 受賞日 2016年07月
    CIAA 2016 Best Paper Award (Sheng Yu Award), Shinnosuke Seki;Andrew Winslow
    国際学会・会議・シンポジウム等の賞

論文

  • Towards composable computations by RNA co-transcriptional folding: A proof-of-concept demonstration of nested loops in oritatami
    Szilárd Zsolt Fazekas; Naoya Iwano; Yu Kihara; Ryuichi Matsuoka; Shinnosuke Seki; Hinano Takeuchi
    責任著者, Theoretical Computer Science, Elsevier BV, 999巻, 掲載ページ 114550-114550, 出版日 2024年06月, 査読付, 招待
    研究論文（学術雑誌）, 英語
    DOI URL
    共同研究・競争的資金等URL
  • Programmable single-stranded architectures for computing.
    Yu Kihara; Shinnosuke Seki
    責任著者, Natural Computing, 22巻, 3号, 掲載ページ 563-585, 出版日 2023年09月, 査読付, 招待
    研究論文（学術雑誌）, 英語
    URL
    DOI URL
  • Freezing 1-tag systems with states
    Szilard Zsolt Fazekas; Shinnosuke Seki
    責任著者, Electronic Proceedings in Theoretical Computer Science (EPTCS), Proceedings of the 16th International Conference on Automata and Formal Languages (AFL 2023), 386号, 掲載ページ 82-95, 出版日 2023年09月, 査読付
    研究論文（国際会議プロシーディングス）, 英語
    共同研究・競争的資金等URL
  • Ok: A kinetic model for locally reconfigurable molecular systems
    Pierre Marcus; Nicolas Schabanel; Shinnosuke Seki
    責任著者, Visions of DNA Nanotechnology at 40 for the Next 40, 掲載ページ 229-240, 出版日 2023年05月, 査読付, 招待
    研究論文（学術雑誌）, 英語
    共同研究・競争的資金等URL
  • On Algorithmic Self-Assembly of Squares by Co-Transcriptional Folding.
    Szilárd Zsolt Fazekas; Hwee Kim; Ryuichi Matsuoka; Shinnosuke Seki; Hinano Takeuchi
    Proc. ISAAC2022, LIPIcs 248巻, 掲載ページ 37:1-37:15, 出版日 2022年12月, 査読付
    研究論文（国際会議プロシーディングス）, 英語
    URL
    URL 2
    DOI URL
  • Oritatami systems assemble shapes no less complex than tile assembly model (aTAM)
    Daria Pchelina; Nicolas Schabanel; Shinnosuke Seki; Guillaume Theyssier
    Proceedings of the 39th International Symposium on Theoretical Aspects of Computer Science (STACS 2022), LIPIcs 219巻, 掲載ページ 51:1-51:23, 出版日 2022年03月09日, 査読付
    研究論文（国際会議プロシーディングス）, 英語
  • Square network on a word
    Szilard Zsolt Fazekas; Shinnosuke Seki
    Theoretical Computer Science, Elsevier, 894巻, 26号, 掲載ページ 121-134, 出版日 2021年11月, 査読付
    研究論文（学術雑誌）, 英語
    DOI URL
  • Simple intrinsic simulation of cellular automata in oritatami molecular folding model
    Daria Pchelina; Nicolas Schabanel; Shinnosuke Seki; Yuki Ubukata
    Proceedings of the 14th Latin American Theoretical Informatics Symposium (LATIN 2020), Springer, LNCS 12118巻, 掲載ページ 425-436, 出版日 2021年01月05日, 査読付
    研究論文（国際会議プロシーディングス）, 英語
  • Linear bounds on the size of the conformations in greedy deterministic oritatami
    Szilard Zsolt Fazekas; Hwee Kim; Ryuichi Matsuoka; Reoto Morita; Shinnosuke Seki
    International Journal of Foundations of Computer Science, World Scientific Publishing Company, 32巻, 5号, 掲載ページ 575-596, 出版日 2021年, 査読付
    研究論文（学術雑誌）, 英語
    URL
    DOI URL
  • A general architecture of oritatami systems for simulating arbitrary finite automata
    Yo-Sub Han; Hwee Kim; Yusei Masuda; Shinnosuke Seki
    Theoretical Computer Science, Springer, 870巻, 16号, 掲載ページ 29-52, 出版日 2021年, 査読付
    研究論文（学術雑誌）, 英語
  • Counting infinitely by oritatami co-transcriptional folding
    Kohei Maruyama; Shinnosuke Seki
    Natural Computing, Springer, 20巻, 2号, 掲載ページ 329-340, 出版日 2021年, 査読付
    研究論文（学術雑誌）, 英語
    DOI URL
  • Transcript design problem of oritatami systems
    Yo-Sub Han; Hwee Kim; Shinnosuke Seki
    Natural Computing, Springer, 19巻, 2号, 掲載ページ 323-335, 出版日 2020年, 査読付
    研究論文（学術雑誌）, 英語
  • Renewal of the major fields of New Generation Computing Vol. 38
    Masayuki Numao; Yutaka Matsuo; Shinnosuke Seki
    New Generation Computing, 38巻, 1号, 掲載ページ 1-3, 出版日 2020年, 査読付
    研究論文（学術雑誌）, 英語
    URL
    DOI URL
  • A General Architecture of Oritatami Systems for Simulating Arbitrary Finite Automata
    Yo-Sub Han; Hwee Kim; Yusei Masuda; Shinnosuke Seki
    Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics), Springer Verlag, 11601巻, 掲載ページ 146-157, 出版日 2019年
    研究論文（国際会議プロシーディングス）, 英語
    DOI URL
  • Self-attraction removal from oritatami systems
    Yo-Sub Han; Hwee Kim; Trent A. Rogers; Shinnosuke Seki
    International Journal of Foundations of Computer Science, 30巻, 6-7号, 掲載ページ 1047-1067, 出版日 2019年, 査読付
    研究論文（学術雑誌）, 英語
  • On the Power of Oritatami Cotranscriptional Folding with Unary Bead Sequence.
    Szilárd Zsolt Fazekas; Kohei Maruyama; Reoto Morita; Shinnosuke Seki
    Proceedings of the 15th International Conference on Theory and Applications of Models of Computation (TAMC 2019), Springer, LNCS 11436巻, 掲載ページ 188-207, 出版日 2019年, 査読付
    研究論文（国際会議プロシーディングス）, 英語
    DOI URL
  • Oritatami: a computational model for molecular co-transcriptional folding
    Cody Geary; Pierre-Etienne Meunier; Nicolas Schabanel; Shinnosuke Seki
    International Journal of Molecular Sciences, MDPI, 20巻, 9号, 掲載ページ 2259, 出版日 2019年, 査読付
    研究論文（学術雑誌）, 英語
  • Single-stranded architectures for computing
    Shinnosuke Seki
    Proceedings of the 23rd International Conference on Developments in Language Theory (DLT 2019), Springer, LNCS 11647巻, 掲載ページ 41-56, 出版日 2019年, 査読付, 招待
    研究論文（国際会議プロシーディングス）, 英語
  • Nondeterministic seedless oritatami systems and hardness of testing their equivalence
    Yo-Sub Han; Hwee Kim; Makoto Ota; Shinnosuke Seki
    Natural Computing, Springer, 17巻, 1号, 掲載ページ 67-79, 出版日 2018年, 査読付
    研究論文（学術雑誌）, 英語
  • Towards the algorithmic molecular self-assembly of fractals by cotranscriptional folding
    Yusei Masuda; Shinnosuke Seki; Yuki Ubukata
    Proceedings of the 23rd International Conference on Implementation and Applications of Automata (CIAA2018), Springer, LNCS巻, 10977号, 掲載ページ 261-273, 出版日 2018年, 査読付
    研究論文（国際会議プロシーディングス）, 英語
  • Know when to fold 'em: Self-assembly of shapes by folding in oritatami
    Erik Demaine; Jacob Hendricks; Meagan Olsen; Matthew J. Patitz; Trent A. Rogers; Nicolas Schabanel; Shinnosuke Seki; Hadley Thoams
    Proceedings of the 24th International Conference on DNA Computing and Molecular Programming (DNA 24), Springer, LNCS巻, 11145号, 掲載ページ 19-36, 出版日 2018年, 査読付
    研究論文（国際会議プロシーディングス）, 英語
  • Transcript design problem of oritatami systems
    Yo-Sub Han; Hwee Kim; Shinnosuke Seki
    Proceedings of the 24th International Conference on DNA Computing and Molecular Programming (DNA 24), Springer, LNCS巻, 11145号, 掲載ページ 139-154, 出版日 2018年, 査読付
    研究論文（国際会議プロシーディングス）, 英語
  • Proving the Turing universality of oritatami co-transcriptional folding
    Cody Geary; Pierre-Etienne Meunier; Nicolas Schabanel; Shinnosuke Seki
    Proceedings of the 29th International Symposium on Algorithms and Computation (ISAAC2018), Schloss Dagstuhl, LIPIcs 123巻, 掲載ページ 23:1-23:13, 出版日 2018年, 査読付
    研究論文（国際会議プロシーディングス）, 英語
  • The Complexity of Fixed-Height Patterned Tile Self-Assembly
    Shinnosuke Seki; Andrew Winslow
    INTERNATIONAL JOURNAL OF FOUNDATIONS OF COMPUTER SCIENCE, 28巻, 5号, 掲載ページ 465-482, 出版日 2017年08月, 査読付
    研究論文（学術雑誌）, 英語
    DOI URL
  • Oritatami System; a Survey and the Impossibility of Simple Simulation at Small Delays
    Trent A. Rogers; Shinnosuke Seki
    FUNDAMENTA INFORMATICAE, 154巻, 1-4号, 掲載ページ 359-372, 出版日 2017年, 査読付
    研究論文（学術雑誌）, 英語
    DOI URL
  • Self-attraction removal from oritatami systems
    Yo-Sub Han; Hwee Kim; Trent A. Rogers; Shinnosuke Seki
    Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics), Springer Verlag, 10316巻, 掲載ページ 164-176, 出版日 2017年, 査読付
    研究論文（国際会議プロシーディングス）, 英語
    DOI URL
  • The extended equation of Lyndon and Schutzenberger
    Florin Manea; Mike Muller; Dirk Nowotka; Shinnosuke Seki
    Journal of Computer and System Sciences, Elsevier, 85巻, 掲載ページ 132-167, 出版日 2016年11月26日, 査読付
    研究論文（学術雑誌）, 英語
  • Rule set design problems for oritatami system
    Makoto Ota; Shinnosuke Seki
    Theoretical Computer Science, Elsevier, 671巻, 掲載ページ 26-35, 出版日 2016年09月22日, 査読付
    研究論文（学術雑誌）, 英語
  • Programming biomolecules that fold greedily during transcription
    Cody Geary; Pierre-Etienne Meunier; Nicolas Schabanel; Shinnosuke Seki
    MFCS 2016: 41st International Symposium on Mathematical Foundations of Computer Science, LIPIcs 58巻, 掲載ページ 43:1-43:14, 出版日 2016年08月22日, 査読付
    研究論文（国際会議プロシーディングス）, 英語
  • Binary pattern tile set synthesis is NP-hard
    Lila Kari; Steffen Kopecki; Pierre-Etienne Meunier; Matthew J. Patitz; Shinnosuke Seki
    Algorithmica, Springer, 78巻, 1号, 掲載ページ 1-46, 出版日 2016年04月26日, 査読付
    研究論文（学術雑誌）, 英語
  • The Complexity of Fixed-Height Patterned Tile Self-assembly
    Shinnosuke Seki; Andrew Winslow
    Implementation and Application of Automata, 9705巻, LNCS 9705号, 掲載ページ 248-259, 出版日 2016年, 査読付
    研究論文（国際会議プロシーディングス）, 英語
    DOI URL
  • Nondeterministic seedless oritatami systems and hardness of testing their equivalence
    Yo-Sub Han; Hwee Kim; Makoto Ota; Shinnosuke Seki
    Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics), Springer Verlag, 9818巻, 掲載ページ 19-34, 出版日 2016年, 査読付
    研究論文（国際会議プロシーディングス）, 英語
    DOI URL
  • A manually-checkable proof for the NP-hardness of 11-color pattern self-assembly tileset synthesis
    Aleck Johnsen; Ming-Yang Kao; Shinnosuke Seki
    Journal of Combinatorial Optimization, Springer, 33巻, 2号, 掲載ページ 496-529, 出版日 2015年11月24日, 査読付
    研究論文（学術雑誌）, 英語
  • Program Size and Temperature in Self-Assembly
    Ho-Lin Chen; David Doty; Shinnosuke Seki
    ALGORITHMICA, 72巻, 3号, 掲載ページ 884-899, 出版日 2015年07月, 査読付
    研究論文（学術雑誌）, 英語
    DOI URL
  • Dynamic Simulation of 1D Cellular Automata in the Active aTAM
    Natasa Jonoska; Daria Karpenko; Shinnosuke Seki
    NEW GENERATION COMPUTING, 33巻, 3号, 掲載ページ 271-295, 出版日 2015年07月, 査読付
    研究論文（学術雑誌）, 英語
    DOI URL
  • 3-color bounded patterned self-assembly
    Lila Kari; Steffen Kopecki; Shinnosuke Seki
    NATURAL COMPUTING, 14巻, 2号, 掲載ページ 279-292, 出版日 2015年06月, 査読付
    研究論文（学術雑誌）, 英語
    DOI URL
  • Computational complexity of inverse word search problem
    Hiro Ito; Shinnosuke Seki
    IET Conference Publications, Institution of Engineering and Technology, 2015巻, 673号, 掲載ページ 41-44, 出版日 2015年
    研究論文（国際会議プロシーディングス）, 英語
  • Square-Density Increasing Mappings
    Florin Manea; Shinnosuke Seki
    COMBINATORICS ON WORDS, WORDS 2015, 9304巻, 掲載ページ 160-169, 出版日 2015年, 査読付
    研究論文（国際会議プロシーディングス）, 英語
    DOI URL
  • Semilinear Sets and Counter Machines: a Brief Survey
    Oscar H. Ibarra; Shinnosuke Seki
    FUNDAMENTA INFORMATICAE, 138巻, 1-2号, 掲載ページ 61-76, 出版日 2015年, 査読付
    研究論文（学術雑誌）, 英語
    DOI URL
  • Binary Pattern Tile Set Synthesis Is NP-hard
    Lila Kari; Steffen Kopecki; Pierre-Etienne Meunier; Matthew J. Patitz; Shinnosuke Seki
    Automata, Languages, and Programming, Pt I, 9134巻, 掲載ページ 1022-1034, 出版日 2015年, 査読付
    研究論文（国際会議プロシーディングス）, 英語
    DOI URL
  • Transfer matrix analysis of one-dimensional majority cellular automata with thermal noise
    Remi Lemoy; Alexander Mozeika; Shinnosuke Seki
    JOURNAL OF PHYSICS A-MATHEMATICAL AND THEORETICAL, 47巻, 10号, 掲載ページ 105001-105001, 出版日 2014年03月, 査読付
    研究論文（学術雑誌）, 英語
    DOI URL
  • A Stronger Square Conjecture on Binary Words
    Natasa Jonoska; Florin Manea; Shinnosuke Seki
    SOFSEM 2014: THEORY AND PRACTICE OF COMPUTER SCIENCE, 8327巻, 掲載ページ 339-350, 出版日 2014年, 査読付
    研究論文（国際会議プロシーディングス）, 英語
  • Operational State Complexity under Parikh Equivalence
    Giovanna J. Lavado; Giovanni Pighizzini; Shinnosuke Seki
    DESCRIPTIONAL COMPLEXITY OF FORMAL SYSTEMS, DCFS 2014, 8614巻, 掲載ページ 294-305, 出版日 2014年, 査読付
    研究論文（国際会議プロシーディングス）, 英語
  • Generalised Lyndon-Schutzenberger Equations
    Florin Manea; Mike Mueller; Dirk Nowotka; Shinnosuke Seki
    MATHEMATICAL FOUNDATIONS OF COMPUTER SCIENCE 2014, PT I, 8634巻, 掲載ページ 402-+, 出版日 2014年, 査読付
    研究論文（国際会議プロシーディングス）, 英語
  • On computational complexity of graph inference from counting
    Szilárd Zsolt Fazekas; Hiro Ito; Yasushi Okuno; Shinnosuke Seki; Kei Taneishi
    Natural Computing, Springer, 12巻, 4号, 掲載ページ 589-603, 出版日 2013年12月, 査読付
    研究論文（学術雑誌）, 英語
    DOI URL
  • On the open problem of Ginsburg concerning semilinear sets and related problems
    Oscar H. Ibarra; Shinnosuke Seki
    THEORETICAL COMPUTER SCIENCE, 501巻, 掲載ページ 11-19, 出版日 2013年08月, 査読付
    研究論文（学術雑誌）, 英語
    DOI URL
  • The power of nondeterminism in self-assembly
    Nathan Bryans; Ehsan Chiniforooshan; David Doty; Lila Kari; Shinnosuke Seki
    Theory of Computing, 9巻, 掲載ページ 1-29, 出版日 2013年, 査読付
    研究論文（学術雑誌）, 英語
  • On the behavior of tile assembly system at high temperatures
    Shinnosuke Seki; Yasushi Okuno
    Computability, IOS Press, 2巻, 2号, 掲載ページ 107-124, 出版日 2013年, 査読付
    研究論文（学術雑誌）, 英語
    DOI URL
  • Convering nondeterministic automata and context-free grammars into Parikh equivalent one-way and two-way deterministic automata
    Giovanna J. Lavado; Giovanni Pighizzini; Shinnosuke Seki
    Information and Computation, Elsevier, 228-229巻, 掲載ページ 1-15, 出版日 2013年, 査読付
    研究論文（学術雑誌）, 英語
  • On the boundedness property of semilinear sets
    Oscar H. Ibarra; Shinnosuke Seki
    TAMC 2013: Proceedings of the 10th Annual Conference on Theory and Applications of Models of Computation, Springer, LNCS 7876巻, 掲載ページ 156-168, 出版日 2013年, 査読付
    研究論文（国際会議プロシーディングス）, 英語
  • Combinatorial optimization in pattern assembly (extended abstract)
    関新之助
    UCNC 2013: Proceedings of the Unconventional Computation and Natural Computation - 12th International Conference, Springer, LNCS 7956巻, 掲載ページ 220-231, 出版日 2013年, 査読付
    研究論文（国際会議プロシーディングス）, 英語
  • 3-Color Bounded Patterned Self-assemblyY
    Lila Kari; Steffen Kopecki; Shinnosuke Seki
    DNA COMPUTING AND MOLECULAR PROGRAMMING, DNA 2013, 8141巻, 掲載ページ 105-117, 出版日 2013年, 査読付
    研究論文（国際会議プロシーディングス）, 英語
  • Computing Minimum Tile Sets to Self-Assemble Color Patterns
    Aleck C. Johnsen; Ming-Yang Kao; Shinnosuke Seki
    ALGORITHMS AND COMPUTATION, 8283巻, 掲載ページ 699-710, 出版日 2013年, 査読付
    研究論文（国際会議プロシーディングス）, 英語
  • One-reversal counter machines and multihead automata: Revisited
    Ehsan Chiniforooshan; Mark Daley; Oscar H. Ibarra; Lila Kari; Shinnosuke Seki
    THEORETICAL COMPUTER SCIENCE, 454巻, 掲載ページ 81-87, 出版日 2012年10月, 査読付
    研究論文（学術雑誌）, 英語
    DOI URL
  • CHARACTERIZATIONS OF BOUNDED SEMILINEAR LANGUAGES BY ONE-WAY AND TWO-WAY DETERMINISTIC MACHINES
    Oscar H. Ibarra; Shinnosuke Seki
    INTERNATIONAL JOURNAL OF FOUNDATIONS OF COMPUTER SCIENCE, 23巻, 6号, 掲載ページ 1291-1305, 出版日 2012年09月, 査読付
    研究論文（学術雑誌）, 英語
    DOI URL
  • Absoluteness of subword inequality is undecidable
    Shinnosuke Seki
    THEORETICAL COMPUTER SCIENCE, 418巻, 掲載ページ 116-120, 出版日 2012年02月, 査読付
    研究論文（学術雑誌）, 英語
    DOI URL
  • Iterated Hairpin Completions of Non-crossing Words
    Lila Kari; Steffen Kopecki; Shinnosuke Seki
    SOFSEM 2012: THEORY AND PRACTICE OF COMPUTER SCIENCE, 7147巻, 掲載ページ 337-+, 出版日 2012年, 査読付
    研究論文（国際会議プロシーディングス）, 英語
  • Triangular and hexagonal tile self-assembly systems
    Lila Kari; Shinnosuke Seki; Zhi Xu
    WTCS 2012: Proceedings of the International Workshop on Theoretical Computer Science, Springer, LNCS 7160巻, 掲載ページ 357-375, 出版日 2012年, 査読付
    研究論文（国際会議プロシーディングス）, 英語
  • On the behavior of tile assembly system at high temperatures
    Shinnosuke Seki; Yasushi Okuno
    CiE 2012: Proceedings of the Turing Centenary Conference - How the World Computes, LNCS 7318巻, 掲載ページ 549-559, 出版日 2012年, 査読付
    研究論文（国際会議プロシーディングス）, 英語
    URL
    URL 2
    DOI URL
  • Converting nondeterministic automata and context-free grammars into Parikh equivalent deterministic automata
    Giovanna J. Lavado; Giovanni Pighizzini; Shinnosuke Seki
    DLT 2012: Proceedings of the 16th International Conference on Developments in Language Theory, Springer, LNCS 7410巻, 掲載ページ 284-295, 出版日 2012年, 査読付
    研究論文（国際会議プロシーディングス）, 英語
  • SCHEMA FOR PARALLEL INSERTION AND DELETION: REVISITED
    Lila Kari; Shinnosuke Seki
    INTERNATIONAL JOURNAL OF FOUNDATIONS OF COMPUTER SCIENCE, 22巻, 7号, 掲載ページ 1655-1668, 出版日 2011年11月, 査読付
    研究論文（学術雑誌）, 英語
    DOI URL
  • An extension of the Lyndon-Schutzenberger result to pseudoperiodic words
    Elena Czeizler; Eugen Czeizler; Lila Kari; Shinnosuke Seki
    INFORMATION AND COMPUTATION, 209巻, 4号, 掲載ページ 717-730, 出版日 2011年04月, 査読付
    研究論文（学術雑誌）, 英語
    DOI URL
  • Block insertion and deletion on trajectories
    Bo Cui; Lila Kari; Shinnosuke Seki
    THEORETICAL COMPUTER SCIENCE, 412巻, 8-10号, 掲載ページ 714-728, 出版日 2011年03月, 査読付
    研究論文（学術雑誌）, 英語
    DOI URL
  • PROPERTIES OF PSEUDO-PRIMITIVE WORDS AND THEIR APPLICATIONS
    Lila Kari; Benoit Masson; Shinnosuke Seki
    INTERNATIONAL JOURNAL OF FOUNDATIONS OF COMPUTER SCIENCE, 22巻, 2号, 掲載ページ 447-471, 出版日 2011年02月, 査読付
    研究論文（学術雑誌）, 英語
    DOI URL
  • Triangular Tile Self-assembly Systems
    Lila Kari; Shinnosuke Seki; Zhi Xu
    DNA COMPUTING AND MOLECULAR PROGRAMMING, 6518巻, 掲載ページ 89-99, 出版日 2011年, 査読付
    研究論文（国際会議プロシーディングス）, 英語
  • Scalable, Time-Responsive, Digital, Energy-Efficient Molecular Circuits Using DNA Strand Displacement
    Ehsan Chiniforooshan; David Doty; Lila Kari; Shinnosuke Seki
    DNA COMPUTING AND MOLECULAR PROGRAMMING, 6518巻, 掲載ページ 25-36, 出版日 2011年, 査読付
    研究論文（国際会議プロシーディングス）, 英語
  • ORTHOGONAL SHUFFLE ON TRAJECTORIES
    Mark Daley; Lila Kari; Shinnosuke Seki; Petr Sosik
    INTERNATIONAL JOURNAL OF FOUNDATIONS OF COMPUTER SCIENCE, 22巻, 1号, 掲載ページ 213-222, 出版日 2011年01月, 査読付
    研究論文（学術雑誌）, 英語
    DOI URL
  • K-Comma Codes and Their Generalizations
    Bo Cui; Lila Kari; Shinnosuke Seki
    FUNDAMENTA INFORMATICAE, 107巻, 1号, 掲載ページ 1-18, 出版日 2011年, 査読付
    研究論文（学術雑誌）, 英語
    DOI URL
  • On the Regularity of Iterated Hairpin Completion of a Single Word
    Lila Kari; Shinnosuke Seki; Steffen Kopecki
    FUNDAMENTA INFORMATICAE, 110巻, 1-4号, 掲載ページ 201-215, 出版日 2011年, 査読付
    研究論文（学術雑誌）, 英語
    DOI URL
  • The Power of Nondeterminism in Self-Assembly
    Nathaniel Bryans; Ehsan Chiniforooshan; David Doty; Lila Kari; Shinnosuke Seki
    PROCEEDINGS OF THE TWENTY-SECOND ANNUAL ACM-SIAM SYMPOSIUM ON DISCRETE ALGORITHMS, 掲載ページ 590-602, 出版日 2011年, 査読付
    研究論文（国際会議プロシーディングス）, 英語
  • One-Reversal Counter Machines and Multihead Automata: Revisited
    Ehsan Chiniforooshan; Mark Daley; Oscar H. Ibarra; Lila Kari; Shinnosuke Seki
    SOFSEM 2011: THEORY AND PRACTICE OF COMPUTER SCIENCE, 6543巻, 掲載ページ 166-177, 出版日 2011年, 査読付
    研究論文（国際会議プロシーディングス）, 英語
  • Characterizations of bounded semilinear languages by one-way and two-way deterministic machines
    Oscar H. Ibarra; Shinnosuke Seki
    AFL 2011: Proceedings of the 13th International Conference on Automata and Formal Languages, 掲載ページ 211-224, 出版日 2011年, 査読付
    研究論文（国際会議プロシーディングス）, 英語
  • Program Size and Temperature in Self-assembly
    Ho-Lin Chen; David Doty; Shinnosuke Seki
    ALGORITHMS AND COMPUTATION, 7074巻, 掲載ページ 445-+, 出版日 2011年, 査読付
    研究論文（国際会議プロシーディングス）, 英語
  • On a special class of primitive words
    Elena Czeizler; Lila Kari; Shinnosuke Seki
    THEORETICAL COMPUTER SCIENCE, 411巻, 3号, 掲載ページ 617-630, 出版日 2010年01月, 査読付
    研究論文（学術雑誌）, 英語
    DOI URL
  • An Improved Bound for an Extension of Fine and Wilf's Theorem and Its Optimality
    Lila Kari; Shinnosuke Seki
    FUNDAMENTA INFORMATICAE, 101巻, 3号, 掲載ページ 215-236, 出版日 2010年, 査読付
    研究論文（学術雑誌）, 英語
    DOI URL
  • Schema for Parallel Insertion and Deletion
    Lila Kari; Shinnosuke Seki
    DEVELOPMENTS IN LANGUAGE THEORY, 6224巻, 掲載ページ 267-278, 出版日 2010年, 査読付
    研究論文（国際会議プロシーディングス）, 英語
  • Twin-roots of words and their properties
    Lila Kari; Kalpana Mahalingam; Shinnosuke Seki
    THEORETICAL COMPUTER SCIENCE, 410巻, 24-25号, 掲載ページ 2393-2400, 出版日 2009年05月, 査読付
    研究論文（学術雑誌）, 英語
    DOI URL
  • On pseudoknot-bordered words and their properties
    Lila Kari; Shinnosuke Seki
    JOURNAL OF COMPUTER AND SYSTEM SCIENCES, 75巻, 2号, 掲載ページ 113-121, 出版日 2009年02月, 査読付
    研究論文（学術雑誌）, 英語
    DOI URL
  • An Efficient Multiple Alignment Method for RNA Secondary Structures Including Pseudoknots
    Shinnosuke Seki; Satoshi Kobayashi
    NATURAL COMPUTING, PROCEEDINGS, 1巻, 掲載ページ 179-+, 出版日 2009年, 査読付
    研究論文（国際会議プロシーディングス）, 英語
  • Towards the Sequence Design Preventing Pseudoknot Formation
    Lila Kari; Shinnosuke Seki
    NATURAL COMPUTING, PROCEEDINGS, 1巻, 掲載ページ 101-110, 出版日 2009年, 査読付
    研究論文（国際会議プロシーディングス）, 英語
  • Duplication in DNA Sequences
    Masami Ito; Lila Kari; Zachary Kincaid; Shinnosuke Seki
    ALGORITHMIC BIOPROCESSES, LNCS 5257巻, 掲載ページ 43-+, 出版日 2009年, 査読付
    研究論文（国際会議プロシーディングス）, 英語
    DOI URL
  • On the Reversibility of Parallel Insertion, and Its Relation to Comma Codes
    Bo Cui; Lila Kari; Shinnosuke Seki
    ALGEBRAIC INFORMATICS, 5725巻, 掲載ページ 204-219, 出版日 2009年, 査読付
    研究論文（国際会議プロシーディングス）, 英語
  • An Extension of the Lyndon Schutzenberger Result to Pseudoperiodic Words
    Elena Czeizler; Eugen Czeizler; Lila Kari; Shinnosuke Seki
    DEVELOPMENTS IN LANGUAGE THEORY, PROCEEDINGS, 5583巻, 掲載ページ 183-+, 出版日 2009年, 査読付
    研究論文（国際会議プロシーディングス）, 英語
  • On a special class of primitive words
    Elena Czeizler; Lila Kari; Shinnosuke Seki
    MATHEMATICAL FOUNDATIONS OF COMPUTER SCIENCE 2008, PROCEEDINGS, 5162巻, 掲載ページ 265-277, 出版日 2008年, 査読付
    研究論文（国際会議プロシーディングス）, 英語
  • A grammatical approach to the alignment of structure-annotated strings
    S Seki; S Kobayashi
    IEICE TRANSACTIONS ON INFORMATION AND SYSTEMS, E88D巻, 12号, 掲載ページ 2727-2737, 出版日 2005年12月, 査読付
    研究論文（学術雑誌）, 英語
    DOI URL
  • Efficient learning of k-reversible context-free grammars from positive structural examples
    S Seki; S Kobayashi
    GRAMMATICAL INFERENCE: ALGORITHMS AND APPLICATIONS, PROCEEDINGS, 3264巻, 掲載ページ 285-287, 出版日 2004年, 査読付
    研究論文（学術雑誌）, 英語
  • Hierarchical Alignment of RNA secondary structures including pseudoknots
    Shinnosuke Seki; Atsushi Kijima; Satoshi Kobayashi; Genichi Sanpei
    GIW 2004: Proceedings of the 15th International Conference on Genome Informatics, 掲載ページ 117-1-117-2, 出版日 2004年, 査読付
    研究論文（国際会議プロシーディングス）, 英語

MISC

  • RNA折り紙
    関 新之助
    筆頭著者, 出版日 2019年, 電子情報通信学会誌, 102巻, 4号, 掲載ページ 330-334, 日本語, 査読付, 招待
  • Cotranscriptional folding: A frontier in molecular engineering a challenge for computer scientists
    Shinnosuke Seki
    SIAM (Society for Industrial and Applied Mathematics), 出版日 2017年05月01日, SIAM News, Not assigned yet巻, 英語, 査読付, 記事・総説・解説・論説等（学術雑誌）

書籍等出版物

  • Proceedings of the 30th International Conference on DNA Computing and Molecular Programming
    Jaimie Marie Stewar; Shinnosuke Seki
    共編者(共編著者), Schloss Dagstuhl, 出版日 2024年09月09日, ISBN 9783959773447
  • Special issue of New Generation Computing devoted to Hagiya-sensei's 64th birthday.
    英語, 共編者(共編著者), Springer, 出版日 2022年08月
  • Special issue of Natural Computing devoted to the International Conference on Unconventional Computation and Natural Computation (UCNC 2019)
    Ian McQuillan; Shinnosuke Seki
    英語, 共編者(共編著者), Springer, 出版日 2021年
  • Special issue of International Journal of Foundations of Computer Science (IJFCS) devoted to Developments in Language Theory 2018
    Shinnosuke Seki
    英語, 編者(編著者), World Scientific, 出版日 2020年09月
  • Proceedings of the 18th International Conference on Unconventional Computation and Natural Computation (UCNC2019, Tokyo, Japan, June 3-7, 2019)
    英語, 共編者(共編著者), Springer, 出版日 2019年
  • Proceedings of the 18th International Conference on Unconventional Computation and Natural Computation
    英語, 共編者(共編著者), Springer, 出版日 2019年
  • Proceedings of the 22nd International Conference on Developments in Language Theory (DLT2018, Tokyo, Japan, September 10-14, 2018)
    学術書, 英語, 共編者(共編著者), Springer, 出版日 2018年08月06日
  • Encyclopedia of Algorithms
    Shinnosuke Seki
    事典・辞書, 英語, 単著, Patterned Self-Assembly Tile Set Synthesis, Springer, 出版日 2016年
  • 自然計算についてのハンドブック
    Lila Kari; Shinnosuke Seki; Petr Sosik
    学術書, 英語, 分担執筆, Springer, 出版日 2012年
  • 言語理論の進展に関する第１４回国際会議紀要
    Yuan Gao; Hanlin Lu; Shinnosuke Seki; Sheng Yu
    学術書, 英語, 編者(編著者), Springer, 出版日 2010年

講演・口頭発表等

  • RNA Co-transcriptionality: How can/should we program RNA for computations?
    Shinnosuke Seki
    公開講演，セミナー，チュートリアル，講習，講義等, 英語, Aalto Theory Seminar, 招待
    発表日 2025年03月19日
  • RNA co-transcriptionality: How can/should we program RNA for computations?
    Shinnosuke Seki
    公開講演，セミナー，チュートリアル，講習，講義等, 英語, Hamilton Institute Seminar, 招待
    発表日 2024年12月04日
  • RNA co-transcriptionality
    Shinnosuke Seki
    公開講演，セミナー，チュートリアル，講習，講義等, 英語, One FLAT seminar, 招待
    発表日 2024年11月20日
  • Shifts as a driving force for computing by co-transcriptional folding
    Shinnosuke Seki
    公開講演，セミナー，チュートリアル，講習，講義等, 英語, Seminar at California Institute of Technology, 招待
    発表日 2024年09月13日
  • How complex shapes can RNA fold into?
    Shinnosuke Seki
    口頭発表（招待・特別）, 英語, 17th International Conference on Reachability Problems (RP 2023), 招待, 査読付
    発表日 2023年10月13日
    開催期間 2023年10月11日- 2023年10月13日
    共同研究・競争的資金等URL
  • Freezing 1-Tag systems with states
    Szilard Zsolf Fazekas
    口頭発表（一般）, 英語, 16th International Conference on Automata and Formal Languages (AFL 2023), 査読付
    発表日 2023年09月06日
    開催期間 2023年09月05日- 2023年09月07日
    共同研究・競争的資金等URL
  • On algorithmic self-assembly of squares by co-transcriptional folding
    Ryuichi Matsuoka
    口頭発表（一般）, 英語, The 33rd International Symposium on Algorithms and Computation (ISAAC 2022), Hanyang University, Seoul, Republic of Korea, 査読付
    発表日 2022年12月20日
    開催期間 2022年12月19日- 2022年12月21日
    共同研究・競争的資金等URL
  • Single-stranded architectures for computing by RNA co-transcriptional folding
    Shinnosuke Seki
    公開講演，セミナー，チュートリアル，講習，講義等, 英語, 招待, Ajou University, Suwon, Republic of Korea
    発表日 2022年12月15日
  • Single-stranded architectures for RNA co-transcriptional folding
    Shinnosuke Seki
    口頭発表（招待・特別）, 英語, Moving and Computing 2022 (MaC2022), 招待, University of Pisa, Pisa, Italy, 国際会議
    発表日 2022年09月19日
  • Single-stranded architectures for RNA co-transcriptional folding
    Shinnosuke Seki
    口頭発表（招待・特別）, 英語, Dagstuhl seminar 22381: Rational Design of Ribonucleic Acids, 招待, Schloss Dagstuhl, Dagstuhl, Germany, 国際会議
    発表日 2022年09月19日
  • Turedo a new computational model for molecular nanobots?
    Nicolas Schabanel
    口頭発表（招待・特別）, 英語, Computability in Europe (CiE 2022), 招待, Swansea University, 国際会議
    発表日 2022年07月14日
  • Oritatami systems assemble shapes no less complex than tile assembly model
    Nicolas Schabanel
    口頭発表（一般）, 英語, 39th International Symposium on Theoretical Aspects of Computer Science (STACS 2022), 国際会議
    発表日 2022年03月15日
  • Algorithmic self-assembly of squares in oritatami
    松岡 龍一
    口頭発表（一般）, 英語, 2021年度 冬のLAシンポジウム, 京都大学数理解析研究所, 国内会議
    発表日 2021年02月01日
  • Simple intrinsic simulation of cellular automata in oritatami molecular folding model
    Daria Pchelina
    口頭発表（一般）, 英語, 14th Latin American Symposium on Theoretical Informatics (LATIN 2020), 招待, 国際会議
    発表日 2021年01月05日
  • Les oritatamis tracent des dessins indécidables
    Nicolas Schabanel
    口頭発表（一般）, フランス語, Journées SDA2 2020: Systèmes Dynamiques, Automates et Algorithmes, Caen, France, 国際会議
    発表日 2020年12月04日
  • Single-stranded architectures for computing
    Shinnosuke Seki
    口頭発表（一般）, 英語, 1st International Conference on Information Technology and Data Science, 招待, University of Debrecen, Debrecen, Hungary, 国際会議
    発表日 2020年11月06日
  • A single-stranded architecture for infinite counting
    Shinnosuke Seki
    公開講演，セミナー，チュートリアル，講習，講義等, 英語, 招待, Politecnico di Torino (Torino, Italy)
    発表日 2020年01月27日
  • Counting infinitely by oritatami co-transcriptional folding
    Kohei Maruyama
    口頭発表（一般）, 英語, SOFSEM2020: 46th International Conference on Current Trends in Theory and Practice of Informatics, Limassol, Cyprus, 国際会議
    発表日 2020年01月20日
  • Single-stranded architectures for computing
    Shinnosuke Seki
    口頭発表（招待・特別）, 英語, 23rd International Conference on Developments in Language Theory (DLT 2019), 招待, University of Warsaw, Warsaw, Poland, 国際会議
    発表日 2019年08月05日
  • A general architecture of oritatami systems for simulating arbitrary finite automata
    Shinnosuke Seki
    口頭発表（一般）, 英語, CIAA2019: 24th International Conference on Implementation and Application of Automata, Slovak Academy of Science, Kosice, Slovakia, 国際会議
    発表日 2019年07月22日
  • On the power of oritatami cotranscriptional folding with unary bead sequence
    Kohei Maruyama; Reoto Morita
    口頭発表（一般）, 英語, TAMC2019: 15th Annual Conference on Theory and Applications of Models of Computation, 国際会議
    発表日 2019年04月13日
  • Proving the Turing universality of oritatami cotranscriptional folding
    Nicolas Schabanel
    口頭発表（一般）, 英語, 29th International Symposium on Algorithms and Computation (ISAAC2018), 国際会議
    発表日 2018年12月16日
  • Know when to fold 'em: Self-assembly of shapes by folding in oritatami
    Nicolas Schabanel
    口頭発表（一般）, 英語, DNA24: 24th International Conference on DNA Computing and Molecular Programming, 国際会議
    発表日 2018年10月08日
  • Transcript desing problem of oritatami systems
    Hwee Kim
    口頭発表（一般）, 英語, DNA24: 24th International Conference on DNA Computing and Molecular Programming, 国際会議
    発表日 2018年10月08日
  • Towards the algorithmic molecular self-assembly of fractals by cotranscriptional folding
    Yusei Masuda; Yuki Ubukata
    口頭発表（一般）, 英語, 23rd International Conference on Implementation and Application of Automata (CIAA 2018), 国際会議
    発表日 2018年07月30日
  • Proving Turing universality of cotranscriptional folding
    Shinnosuke Seki
    口頭発表（一般）, 英語, 2018 Zassenhaus Groups and Friends Conference, 招待, University of South Florida, Tampa, FL, USA, 国際会議
    発表日 2018年04月06日
  • Self-Assembly of shapes by cotranscriptional folding
    Shinnosuke Seki
    口頭発表（一般）, 英語, 招待, Department of Mathematics and Statistics, University of South Florida
    発表日 2018年04月02日
  • Cotranscriptional Folding: A Frontier in Molecular Engineering
    Shinnosuke Seki
    口頭発表（一般）, 英語, 京都大学数理解析研究所RIMS共同研究（公開型）「代数系、論理、言語とその周辺領域」, 国内会議
    発表日 2018年02月20日
  • Proving Turing universality of cotranscriptional folding
    Shinnosuke Seki
    口頭発表（一般）, 日本語, 京都大学数理解析研究所RIMS共同研究（公開型）「アルゴリズムと計算理論の基礎と応用」, 国内会議
    発表日 2018年02月05日
  • Turing completeness of RNA cotarnsccriptional folding
    Shinnosuke Seki
    口頭発表（招待・特別）, 英語, SICE Molecular Robotics Seminar, 4th JST Seminar on Ethical Issues for Molecular Robots, 招待, Hakata, Japan, 国内会議
    発表日 2018年01月19日
  • Self-attraction removal from oritatami systems
    Hwee Kim
    口頭発表（一般）, 英語, 19th International Conference on Descriptional Complexity of Formal Systems, Milan, Italy, 国際会議
    発表日 2017年07月03日
  • Bit string bifurcation by cotranscriptional folding
    Yusei Masuda; Yuki Ubukata
    口頭発表（一般）, 英語, 1st International Workshop on Oritatami, Shinnosuke Seki, University of Arkansas, 国際会議
    発表日 2017年06月06日
  • Bit string bifurcation by cotranscriptional folding
    Yusei Masuda; Yuki Ubukata
    口頭発表（一般）, 英語, 11th International Workshop on Natural Computing, Akita International University, 国際会議
    発表日 2017年05月13日
  • Self-assembly at nano scale by molecular Xerox
    Shinnosuke Seki
    口頭発表（招待・特別）, 英語, 11th International Workshop on Natural Computing, 招待, Akita International University, Akita, Japan, 国際会議
    発表日 2017年05月13日
  • 分子コピー機を用いたナノスケール自己組織化
    関 新之助
    口頭発表（一般）, 日本語, 第2回 若手研究者のための熱利用・環境技術ワークショップ, 招待, 化学工学会エネルギー部会熱利用分科会, 東京都八王子市, 国内会議
    発表日 2016年12月02日
  • Oritatami, a novel frontier in molecular self-assembly
    Shinnosuke Seki
    口頭発表（招待・特別）, 英語, 招待, Yonsei University
    発表日 2016年11月21日
  • Oritatami, a novel mathematical model of RNA cotranscriptional folding
    Shinnosuke Seki
    公開講演，セミナー，チュートリアル，講習，講義等, 英語, 招待, Akita University, Akita, Japan
    発表日 2016年10月20日
  • Nondeterministic seedless oritatami systems and hardness of testing their equivalence
    Hwee Kim
    口頭発表（一般）, 英語, The 22nd International Conference on DNA Computing and Molecular Programming (DNA 22), Munich, Germany, 国際会議
    発表日 2016年09月04日
  • Programming biomolecules that fold greedily during transcription
    Pierre-Etienne Meunier
    口頭発表（一般）, 英語, 41st International Symposium on Mathematical Foundations of Computer Science (MFCS 2016), 国際会議
    発表日 2016年08月22日
  • The complexity of fixed-height patterned tile self-assembly
    Shinnosuke Seki
    口頭発表（一般）, 英語, 21st International Conference on Implementation and Application of Automata (CIAA 2016), Seoul, Republic of Korea, 国際会議
    発表日 2016年07月19日
  • Folding Turing is hard but feasible
    Nicolas Schabanel
    口頭発表（一般）, 英語, Highlights of Algorithms (HALG 2016), Paris, France, 国際会議
    発表日 2016年06月06日
  • Molecular cotranscriptional folding: A novel challenge in theory and applications of self-assembly
    Shinnosuke Seki
    公開講演，セミナー，チュートリアル，講習，講義等, 英語, 招待, University of South Florida, Tampa, Florida, USA
    発表日 2016年01月25日
  • Molecular cotranscriptional folding: A novel topic in theory and applications of self-assembly
    関 新之助
    口頭発表（招待・特別）, 英語, 5th Interdisciplinary Research and Global Outlook (IRAGO2015)
    発表日 2015年10月22日
  • Square-density increasing mappings
    関 新之助
    口頭発表（一般）, 英語, 10th International Conference on Combinatorics on Words (WORDS2015), 国際会議
    発表日 2015年09月14日
  • Computational complexity of inverse word search problem
    Hiro Ito
    口頭発表（一般）, 英語, 12th International Symposium on Operations Research and Its Applications (ISORA2015), 国際会議
    発表日 2015年08月21日
  • Efficient universal computation by molecular cotranscriptional folding
    Shinnosuke Seki
    口頭発表（一般）, 英語, 21st International Conference on DNA Computing and Molecular Programming (DNA21), Wyss Institute for Biologically inspired Engineering at Harvard University, 国際会議
    発表日 2015年08月17日
  • Binary pattern tile set synthesis is NP-hard
    関 新之助
    口頭発表（一般）, 英語, 42nd International Colloquium on Automata, Languages, and Programming (ICALP2015), 国際会議
    発表日 2015年07月04日
  • 折り畳み：共転写性フォールディングの数理モデル
    関 新之助
    公開講演，セミナー，チュートリアル，講習，講義等, 英語, 招待, Turku, Finland, 国際会議
    発表日 2015年03月04日
  • 一般化Lyndon-Schutzenberger方程式
    Florin Manea
    口頭発表（一般）, 英語, MFCS2014: 39th International Symposium on Mathematical Foundations of Computer Science, Budapest, Hungary, 国際会議
    発表日 2014年08月25日
  • パリキ合同に基づく操作の状態複雑性
    関 新之助
    シンポジウム・ワークショップパネル（公募）, 英語, DCFS2014: 16th International Workshop on Descriptional Complexity of Formal Systems, Turku, Finland, 国際会議
    発表日 2014年08月05日
  • DNA pattern self-assembly: Introduction and recent breakthroughs
    Nicolas Schabanel
    口頭発表（招待・特別）, 英語, Complexite et Algorithmes: Algorithmes naturels, 招待, Universite Paris Diderot, LIAFA, Paris, France, 国際会議
    発表日 2014年06月09日
  • Stronger square conjecture on binary words
    関 新之助
    口頭発表（一般）, 英語, SOFSEM2014: 40th International Conference on Current Trends in Theory and Practice of Computer Science, 国際会議
    発表日 2014年01月25日
  • A stronger square conjecture on binary words
    関 新之助
    口頭発表（招待・特別）, 英語, 招待, Slovak Academy of Science, Kosice, Slovakia
    発表日 2014年01月24日
  • Computing minimum tile sets to self-assembly color patterns
    Aleck Johnson
    口頭発表（一般）, 英語, ISAAC2013: 24th International Symposium on Algorithms and Computation, Hong Kong, 国際会議
    発表日 2013年12月16日
  • How many repetitions can you put on a sequence?
    関 新之助
    口頭発表（招待・特別）, 英語, 招待, University of North Florida, Jacksonville, FL, USA
    発表日 2013年11月07日
  • Combinatorial optimization in pattern-assembly
    関 新之助
    口頭発表（招待・特別）, 英語, 招待, University of North Florida, Jacksonville, FL, USA
    発表日 2013年11月06日
  • Combinatorial optimization in pattern-assembly
    関 新之助
    口頭発表（招待・特別）, 英語, 招待, Northwestern University, Evanston, IL, USA
    発表日 2013年10月13日
  • 3-color bounded patterned self-assembly
    Steffen Kopecki
    口頭発表（一般）, 英語, DNA 19: 19th International Conference on DNA Computing and Molecular Programming, Tempe, Arizona, USA, 国際会議
    発表日 2013年09月22日
  • Combinatorial optimization in pattern assembly (extended abstract)
    関 新之助
    口頭発表（一般）, 英語, UCNC2013: 12th International Conference on Unconventional Computation and Natural Computation, Milan, Italy, 国際会議
    発表日 2013年07月01日
  • On the boundedness property of semilinear sets
    関 新之助
    口頭発表（一般）, 英語, TAMC2013: 10th Annual Conference on Theory and Applications of Models of Computation, Hong Kong, 国際会議
    発表日 2013年05月20日
  • DNA pattern self-assembly
    関 新之助
    口頭発表（招待・特別）, 英語, 招待, Yonsei University, Seoul, Republic of Korea
    発表日 2013年05月15日
  • DNA pattern self-assembly
    関 新之助
    口頭発表（招待・特別）, 英語, Helsinki Institute for Information Technology (HIIT), Helsinki, Finland
    発表日 2013年04月24日
  • Roles that temperature plays in self-assembly
    関 新之助
    口頭発表（招待・特別）, 英語, 招待, University of South Florida, Tampa, FL, USA
    発表日 2012年11月30日
  • Combinatorial optimization in pattern assembly
    関 新之助
    口頭発表（招待・特別）, 英語, 招待, California Institute of Technology, Pasadena, California, USA
    発表日 2012年11月02日
  • Descriptional complexity in Parikh equivalence
    関 新之助
    口頭発表（招待・特別）, 英語, 招待, University of Western Ontario, London, ON, Canada
    発表日 2012年10月18日
  • Conveting nondeterministic automata and context-free grammars into Parikh equivalent deterministic automata
    Giovanni Pighizzini
    口頭発表（一般）, 英語, DLT2012: 16th International Conference on Developments in Language Theory, Taipei, Taiwan, 国際会議
    発表日 2012年08月14日
  • On the behavior of tile assembly system at high temperatures
    関 新之助
    口頭発表（一般）, 英語, CiE2012: Turing Centenary Conference - How the World Computes, Cambridge, UK, 国際会議
    発表日 2012年06月18日
  • Triangular and hexagonal tile self-assembly systems
    Zhi Xu
    口頭発表（一般）, 英語, WTCS2012: International Workshop on Theoretical Computer Science, Auckland, New Zealand, 国際会議
    発表日 2012年02月21日
  • On the behavior of tile assembly system at high temperatures
    関 新之助
    口頭発表（招待・特別）, 英語, Slovak Academy of Science, Kosice, Slovakia
    発表日 2012年01月30日
  • Iterated hairpin completions of non-crossing words
    関 新之助
    口頭発表（一般）, 英語, SOFSEM2012: 38th International Conference on Current Trends in Theory and Practice of Computer Science, Spindleruv Mlyn, Czech Republic, 国際会議
    発表日 2012年01月21日
  • In the century of communication
    関 新之助
    口頭発表（招待・特別）, 英語, 招待, 島根大学, 松江、日本
    発表日 2011年12月13日
  • Program size and temperature in self-assembly
    David Doty
    口頭発表（一般）, 英語, ISAAC2011: 22nd International Symposium on Algorithms and Computation, Yokohama, Japan, 国際会議
    発表日 2011年12月05日
  • Roles that temperature play in self-assembly
    関 新之助
    口頭発表（招待・特別）, 英語, 招待, University of Western Ontario, London, ON, Canada
    発表日 2011年11月10日
  • Number theory and computational efficiency in chemoinformatics
    関 新之助
    口頭発表（招待・特別）, 英語, 招待, University of Western Ontario, London, ON, Canada
    発表日 2011年11月03日
  • Number theory and computational efficiency in chemoinformatics
    関 新之助
    口頭発表（招待・特別）, 英語, 招待, University of Pavol Jozef Safarik, Kosice, Slovakia
    発表日 2011年08月25日
  • An introduction to the world of self-assembly
    関 新之助
    口頭発表（招待・特別）, 英語, 招待, Slovak Academy of Science, Kosice, Slovakia
    発表日 2011年08月24日
  • Characterizations of bounded semilinear languages by one-way and two-way deterministic machines
    関 新之助
    口頭発表（一般）, 英語, AFL2011: 13th International Conference on Automata and Formal Languages, Debrecen, Hungary, 国際会議
    発表日 2011年08月20日
  • Scalable, time-responsive, digital, energy-efficient, moleculer circuits using DNA strand displacement
    David Doty
    ポスター発表, 英語, DNA16: 16th International Conference on DNA Computing and Molecular Programming, Hong Kong, 国際会議
    発表日 2011年06月14日
  • One-reversal counter machines and multihead automata: revisited
    関 新之助
    口頭発表（一般）, 英語, SOFSEM2011: 37th International Conference on Current Trends in Theory and Practice of Computer Science, High Tatras, Slovakia, 国際会議
    発表日 2011年01月22日
  • Power of nondeterminism in self-assembly
    David Doty
    口頭発表（一般）, 英語, SODA2011: ACM-SIAM Symposium on Discrete Algorithms, San Fransisco, California, USA, 国際会議
    発表日 2011年01月22日
  • Schema for parallel insertion and deletion
    関 新之助
    口頭発表（一般）, 英語, DLT2010: 14th International Conference on Developments in Language Theory, London, ON, Canada, 国際会議
    発表日 2010年08月17日
  • Triangular tile self-assembly systems
    関 新之助
    ポスター発表, 英語, DNA16: 16th International Conference on DNA Computing and Molecular Programming, Hong Kong, 国際会議
    発表日 2010年06月14日
  • Schema for parallel insertion and deletion
    関 新之助
    口頭発表（招待・特別）, 英語, Workshop on Formal Languages and Automata III, 招待, 京都産業大学, Kyoto, Japan, 国際会議
    発表日 2009年12月12日
  • An extension of fundamental notions in combinatorics on words inspired by DNA information encoding
    関 新之助
    口頭発表（招待・特別）, 英語, 招待, Universitate Potsdam, Potsdam, Germany
    発表日 2009年07月06日
  • An extension of the Lyndon-Schutzenberger result to pseudoperiodic words
    関 新之助
    口頭発表（一般）, 英語, DLT2009: 13th International Conference on Developments in Language Theory, Stuttgard, Germany, 国際会議
    発表日 2009年06月30日
  • On the reversibility of parallel insertion, and its relation to comma codes
    Bo Cui
    口頭発表（一般）, 英語, CAI2009: 3rd International Conference on Algebraic Informatics, Thessaloniki, Greece, 国際会議
    発表日 2009年05月19日
  • Duplication in DNA sequences
    Zachary Kincaid
    口頭発表（一般）, 英語, DLT2008: 12th International Conference on Developments in Language Theory, Kyoto, Japan, 国際会議
    発表日 2008年09月16日
  • On a special class of primitive words
    Elena Czeizler
    口頭発表（一般）, 英語, MFCS2008: 33rd International Symposium on Mathematical Foundations of Computer Science, Torun, Poland, 国際会議
    発表日 2008年08月27日
  • Towards the sequence design preventing pseudoknot formation
    関 新之助
    口頭発表（一般）, 英語, IWNC2007: 2nd International Workshop on Natural Computing, Nagoya, Japan, 国際会議
    発表日 2007年12月10日
  • An efficient multiple alignment method for DNA secondary structures including pseudoknots
    関 新之助
    口頭発表（一般）, 英語, IWNC2007: 2nd International Workshop on Natural Computing, Nagoya, Japan, 国際会議
    発表日 2007年12月10日
  • Hierarchical alignment of RNA secondary structures including pseudoknots
    関 新之助
    ポスター発表, 英語, GIW2004: 15th International Workshop on Genome Informatics, Yokohama, Japan, 国際会議
    発表日 2004年12月13日
  • Efficient learning of k-reversible context-free grammars from positive structural examples
    関 新之助
    ポスター発表, 英語, ICGI: 7th International Colloquium on Grammatical Inferences, Athens, Greece, 国際会議
    発表日 2004年10月11日

担当経験のある科目_授業

  • 形式言語理論
    2021年10月 - 現在
    電気通信大学
  • MICS実験第2
    2020年10月 - 現在
    電気通信大学
  • 情報領域演習第2
    2020年04月 - 現在
    電気通信大学
  • 大学院技術英語
    2020年04月 - 現在
    電気通信大学
  • 情報領域演習第1
    2017年10月 - 2023年03月
    電気通信大学
  • MICS実験第一
    電気通信大学
  • K過程輪講
    電気通信大学
  • 総合コミュニケーション科学
    電気通信大学
  • Combinatorics
    Aalto University

共同研究・競争的資金等の研究課題

  • Secondary Structure Design for Cotranscriptional 3D RNA Origami Wireframes
    Pekka Orponen; Shinnosuke Seki
    Aalto Science Institute (AScI), AScI Visiting Researcher Funding, Aalto University, 研究代表者
    研究期間 2025年03月
  • 文字列の辞書式順序の組合せ論とその応用
    坂内 英夫
    研究期間 2020年04月01日 - 2024年03月31日
  • 共転写性フォールディングの本質的計算完全性
    研究期間 2020年04月01日 - 2023年03月31日
  • 万能折り畳みシステムの小型化とその限界
    研究期間 2018年06月29日 - 2020年03月31日
  • 国際会議UCNC2019への助成
    Shinnosuke Seki
    立石科学技術振興財団
    研究期間 2018年09月25日 - 2019年06月07日
  • 国際会議DLT2018への助成
    関 新之助
    情報通信研究機構, Support for the 22nd International Conference on Developments in Language Theory (DLT 2018), 研究代表者
    研究期間 2018年04月01日
  • 共転写性フォールディングによる自己組織化システムの実際的設計と最適化
    研究期間 2016年04月01日 - 2018年03月31日
  • 国際会議DLT2018への助成
    Shinnosuke Seki
    電気通信普及財団, シンポジウム・セミナー 振興普及援助
    研究期間 2017年09月01日
  • 機関選抜のため、研究テーマはなし
    関 新之助
    科学技術振興機構, 研究代表者
    研究期間 2015年08月06日 - 2017年03月31日
  • 国際会議DLT2018への助成
    （株）久保田情報技研, 国際会議DLT2018開催支援寄付金
    研究期間 2017年
  • 共転写性フォールディングの数理モデル化とチューリング完全性
    関 新之助
    研究代表者
    研究期間 2015年04月01日 - 2016年03月31日
  • 分子自己組織化システムの実際的な設計とその最適化
    関 新之助
    Academy of Finland, 研究代表者
    研究期間 2013年09月01日 - 2015年03月31日